Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 OR2I1P-209ENST00000641730 5365 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 CRLS1-203ENST00000452938 3859 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 PDP1-201ENST00000297598 4272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 MEGF10-206ENST00000508365 2365 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 CTBP1-209ENST00000510568 4250 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 SLC35A3-221ENST00000640600 3341 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 PPP3CA-207ENST00000512215 4007 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 DUSP22-202ENST00000419235 3098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 MEOX1-202ENST00000329168 2129 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 WDR83-201ENST00000418543 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 PHYH-203ENST00000396920 1829 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 HGNC:18790-202ENST00000421177 4172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 ST14-201ENST00000278742 3539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 SLC25A33-201ENST00000302692 3854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 PACSIN2-201ENST00000263246 3249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 C14orf180-203ENST00000557649 2551 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 FGFR1OP2-201ENST00000229395 2924 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 HNRNPK-204ENST00000376263 2942 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 WDR20-205ENST00000424963 2695 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 NAXD-202ENST00000424185 2311 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 ADAD1-201ENST00000296513 1961 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 MFN2-203ENST00000444836 4531 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 ARF5-201ENST00000000233 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 WDR54-201ENST00000348227 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 CABP1-203ENST00000351200 770 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 ARMC12-203ENST00000373869 1111 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 IP6K2-205ENST00000413298 792 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 FAM58BP-201ENST00000439056 645 ntBASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 PUDPP3-201ENST00000445368 636 ntBASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 AL160290.2-202ENST00000448671 574 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 AL353637.1-201ENST00000451571 732 ntBASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 AC234782.1-201ENST00000451950 919 ntBASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 AC008267.1-201ENST00000474858 1069 ntBASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 AC091390.4-201ENST00000484974 491 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 AC125604.1-201ENST00000496255 707 ntBASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 HHIP-AS1-201ENST00000503066 897 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 AC008438.1-201ENST00000507521 549 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 HNRNPA1P36-201ENST00000521313 955 ntBASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 AL355310.3-201ENST00000526411 582 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 NDUFC2-204ENST00000528164 561 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 ADIG-204ENST00000537425 770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 AC005865.1-202ENST00000543036 641 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 SEC23A-204ENST00000548032 907 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 CD63-214ENST00000552692 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 AL132642.1-201ENST00000557646 553 ntTSL 4 BASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 CRHR1-208ENST00000577353 1206 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 AL133499.1-201ENST00000596207 608 ntBASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 NEAT1-203ENST00000601801 487 ntTSL 4 BASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 AC090164.2-201ENST00000611487 516 ntBASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 AL162426.1-201ENST00000624141 743 ntBASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 AC068587.8-201ENST00000641239 219 ntBASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 LIPE-AS1-205ENST00000594688 2383 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 AC006480.2-201ENST00000609770 1337 ntBASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 HGNC:24955-201ENST00000303177 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 NANOS1-202ENST00000425699 4017 ntAPPRIS P2 BASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 ABI3-201ENST00000225941 2109 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 NAALADL1-203ENST00000356632 2118 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 GTF3C5-204ENST00000372108 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 BET1L-201ENST00000325147 2916 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 ADAMTS14-201ENST00000373207 5260 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 SNX30-201ENST00000374232 7622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 TGFB1I1-214ENST00000567607 1770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 SIDT1-202ENST00000393830 2572 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 PCYOX1-201ENST00000264441 2959 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 TMEM200C-202ENST00000581347 10638 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 PTPN13-203ENST00000427191 8487 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 RSPH6A-202ENST00000597055 2306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 RREB1-202ENST00000349384 7440 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
USP39Q53GS9 GFRA2-204ENST00000518077 1503 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 AC023024.2-201ENST00000623561 1993 ntBASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 TAS1R1-201ENST00000333172 2892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 BRF1-203ENST00000379937 3314 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 RAB3IL1-201ENST00000301773 2125 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 LAP3-211ENST00000618908 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 AHCYL2-202ENST00000446544 5026 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 GPR153-201ENST00000377893 4082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 NPY5R-203ENST00000515560 3183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 DPEP1-202ENST00000393092 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 HAUS2-208ENST00000568876 1702 ntTSL 4 BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 PHACTR3-204ENST00000371015 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 MARVELD1-201ENST00000285605 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 RHOXF1-201ENST00000217999 769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 PSMB6-201ENST00000270586 852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 EDF1-202ENST00000371648 809 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 TMEM177-203ENST00000409951 1216 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 PSMB5-203ENST00000425762 900 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 GDAP1-202ENST00000434412 1228 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 AP001547.1-201ENST00000527440 374 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 CCKBR-204ENST00000531712 463 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 MRPL51-202ENST00000537701 601 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 MIR4683-201ENST00000579659 81 ntBASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 RANGRF-205ENST00000580434 749 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 C1QTNF1-AS1-202ENST00000581579 865 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 AC005324.6-201ENST00000587972 613 ntBASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 SELENOW-204ENST00000595615 535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 ZNF586-206ENST00000599802 581 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 SELENOW-216ENST00000612212 875 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 PSMB6-205ENST00000614486 871 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 ELP1-201ENST00000374647 5905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
USP39Q53GS9 MAGEA9-201ENST00000243314 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.4 ms