Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

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Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 COPS3-201ENST00000268717 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 CAPN2-201ENST00000295006 3573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 MPV17-201ENST00000233545 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 COX4I1-201ENST00000253452 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 MRPL55-214ENST00000366741 603 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 MRPL55-218ENST00000366747 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 SF3B5-201ENST00000367569 693 ntAPPRIS P1 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 MRPL43-206ENST00000370236 866 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 MRPL43-207ENST00000370241 824 ntTSL 5 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 CSNK2B-201ENST00000375865 908 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 KCNAB2-207ENST00000378111 822 ntTSL 3 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 KRTAP20-4-201ENST00000382828 224 ntAPPRIS P1 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 ERBB3-202ENST00000411731 1027 ntTSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 MNX1-AS2-201ENST00000429228 374 ntTSL 3 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AL589986.1-201ENST00000429230 789 ntTSL 5 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AL136088.1-202ENST00000525871 439 ntTSL 2 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 TMEM91-211ENST00000544232 725 ntTSL 3 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 CRHR1-208ENST00000577353 1206 ntTSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AC026740.1-201ENST00000607068 791 ntBASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 LINC01278-203ENST00000608788 820 ntTSL 5 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 LINC01278-207ENST00000610234 555 ntTSL 4 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AL162426.1-201ENST00000624141 743 ntBASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AC100757.4-201ENST00000626934 759 ntBASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AL590644.3-201ENST00000635428 1228 ntTSL 5 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 GRM1-201ENST00000282753 6622 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AC091100.1-201ENST00000558424 2354 ntTSL 2 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 DNAJC22-201ENST00000395069 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 SEMA5B-201ENST00000195173 4523 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 EPB41L3-206ENST00000544123 3972 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 SLC24A3-201ENST00000328041 3929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 PNPLA5-202ENST00000381198 2000 ntTSL 2 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 FAM86B1-216ENST00000533852 2043 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 CES4A-207ENST00000540947 2284 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AC004899.1-201ENST00000424687 1714 ntBASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 IQCF3-205ENST00000456080 1685 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 CD19-201ENST00000324662 1932 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 KLC4-204ENST00000453940 1945 ntTSL 2 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 KCNJ18-201ENST00000567955 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 CDKN2B-AS1-208ENST00000580576 2175 ntTSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 LDLR-204ENST00000545707 2429 ntTSL 2 BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 MAP1LC3B-201ENST00000268607 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.49□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 COL7A1-201ENST00000328333 9276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 MED26-201ENST00000263390 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 DHFR-201ENST00000439211 3917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 TIFA-201ENST00000361717 4157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 DBH-AS1-201ENST00000425189 2139 ntTSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 INTS14-204ENST00000442903 1863 ntTSL 2 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 LILRP1-201ENST00000444199 1370 ntBASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 WASH3P-204ENST00000558784 1644 ntTSL 5 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 INE2-201ENST00000630399 1874 ntBASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 CDH1-202ENST00000422392 2567 ntTSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 PAPOLA-201ENST00000216277 4519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 CHN2-201ENST00000222792 3530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 CYP1A1-203ENST00000395049 1594 ntTSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 CTSD-211ENST00000637387 1597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 DUSP13-208ENST00000478873 1335 ntTSL 5 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 VSIR-201ENST00000394957 4689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AC112484.1-201ENST00000508239 2291 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 INPP5B-204ENST00000373026 3230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AGPAT1-202ENST00000375104 2017 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 ANKRD44-203ENST00000409153 2724 ntTSL 2 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 PPM1F-202ENST00000397495 1778 ntTSL 2 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 ORAOV1-201ENST00000279147 2478 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 SMURF2-201ENST00000262435 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 ADHFE1-203ENST00000396623 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 RAB40AL-201ENST00000218249 1029 ntAPPRIS P1 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 MAX-201ENST00000246163 897 ntTSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 IP6K2-205ENST00000413298 792 ntTSL 3 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 LINC01352-201ENST00000431347 962 ntTSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 VAMP8-203ENST00000432071 664 ntTSL 3 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 FOXP4-AS1-203ENST00000439386 404 ntTSL 3 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 BMS1P17-203ENST00000444357 552 ntTSL 4 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 DNAJC27-AS1-207ENST00000451291 488 ntTSL 3 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AC104073.2-201ENST00000453737 312 ntBASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 Z84485.1-202ENST00000499560 1230 ntTSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
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CCDC3Q9BQI4 TPD52L1-208ENST00000528193 789 ntTSL 5 BASIC14.48□□□□□ -0.09
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CCDC3Q9BQI4 ADIG-204ENST00000537425 770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AL928654.3-201ENST00000552675 445 ntTSL 3 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 CD63-214ENST00000552692 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 SYT17-208ENST00000568433 812 ntTSL 3 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AC138696.2-201ENST00000607376 223 ntBASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 BMS1P22-203ENST00000609679 552 ntTSL 4 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 KIRREL1-204ENST00000368173 7519 ntTSL 2 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 CSK-210ENST00000567571 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 GTF2IRD1-203ENST00000455841 3315 ntTSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 PHF19-203ENST00000419155 3525 ntTSL 2 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 ACTA1-202ENST00000366684 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 UPB1-202ENST00000382760 1928 ntTSL 5 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 UPK3B-202ENST00000334348 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 ODF2-202ENST00000372791 2375 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 CRB2-201ENST00000359999 3659 ntTSL 2 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 PLVAP-201ENST00000252590 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AC092053.3-201ENST00000641308 4975 ntBASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 STYXL1-201ENST00000248600 1415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 ACOT7-203ENST00000377845 1432 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 B3GNT4-206ENST00000546192 2749 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 HIBCH-202ENST00000392332 2463 ntTSL 1 (best) BASIC14.48□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AP002360.1-202ENST00000530460 2462 ntAPPRIS ALT2 BASIC14.48□□□□□ -0.09
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