Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 SLC39A14-201ENST00000240095 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 CRISPLD2-203ENST00000564567 1651 ntTSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 AC010327.3-201ENST00000591665 1643 ntTSL 2 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 RBFOX2-201ENST00000262829 1538 ntTSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 KCNC1-201ENST00000265969 4295 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 MBTD1-201ENST00000376381 1420 ntTSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 PPP1CA-201ENST00000312989 1389 ntTSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 GPR153-201ENST00000377893 4082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 GSTT2B-201ENST00000290765 1099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 NFYC-202ENST00000372651 1202 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 GATD1-203ENST00000397472 790 ntTSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 SMARCE1-204ENST00000400122 1263 ntTSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 AL008707.1-201ENST00000422498 534 ntBASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 AL450469.2-201ENST00000427132 499 ntTSL 3 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 Z97180.1-201ENST00000445173 988 ntBASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 PENK-202ENST00000451791 1029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 RN7SL769P-201ENST00000469386 295 ntBASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 AL157935.2-201ENST00000476274 1071 ntTSL 5 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 SPAG5-AS1-203ENST00000554154 491 ntTSL 2 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 AC007333.1-201ENST00000568286 630 ntTSL 3 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 AC108134.4-201ENST00000570700 302 ntTSL 3 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 SMARCE1-213ENST00000578044 1184 ntTSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 SMARCE1-216ENST00000580419 1228 ntTSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 AC016629.1-201ENST00000596579 586 ntBASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 AC091812.3-201ENST00000621362 345 ntBASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 AC022748.3-201ENST00000621828 275 ntBASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 LINC01668-201ENST00000635001 513 ntTSL 4 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 NRP2-201ENST00000272849 5909 ntTSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 B3GAT1-203ENST00000524765 5737 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 VOPP1-207ENST00000428648 2866 ntTSL 2 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 CNOT8-201ENST00000285896 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 ARL10-201ENST00000310389 10845 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 CELP-203ENST00000624767 2414 ntTSL 5 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 FSD2-202ENST00000541889 2356 ntTSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 MAP2K3-202ENST00000342679 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 PLIN4-202ENST00000633942 6484 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 FBXL12-208ENST00000589626 1920 ntTSL 2 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 SCAP-215ENST00000545718 2950 ntTSL 5 BASIC14.52□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 ATP6V0D1-201ENST00000290949 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 RCHY1-202ENST00000380840 1735 ntTSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 ILF3-210ENST00000588657 2697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.52□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 GPN2-202ENST00000374135 4678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 NR3C1-209ENST00000503201 2594 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 TUBA3D-201ENST00000321253 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 CYP27B1-201ENST00000228606 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 WDR33-201ENST00000322313 9471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 PDE1C-202ENST00000396182 2420 ntTSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 PRRT2-207ENST00000572820 2403 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.52□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 CRYBG2-201ENST00000308182 5245 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC14.52□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 APBA2-205ENST00000558330 3349 ntTSL 2 BASIC14.52□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 LINC01667-202ENST00000623919 1422 ntTSL 5 BASIC14.52□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 RHOT1-203ENST00000358365 3297 ntTSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 POP4-201ENST00000221770 2321 ntTSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 OSCP1-204ENST00000433045 1381 ntTSL 5 BASIC14.52□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 IGHA2-202ENST00000497872 1320 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 TUBBP5-203ENST00000508529 1334 ntBASIC14.52□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 CPT2-201ENST00000371486 3094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 KIAA1211L-201ENST00000397899 3907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 NAGK-201ENST00000244204 1154 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 TPRKB-202ENST00000318190 819 ntTSL 5 BASIC14.52□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 ERCC1-203ENST00000340192 949 ntTSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 DPM3-202ENST00000368399 517 ntBASIC14.52□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 RHOG-203ENST00000396979 1289 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.52□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 RN7SKP175-201ENST00000408472 289 ntBASIC14.52□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 NIF3L1-205ENST00000409588 1269 ntTSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AC011742.3-201ENST00000439053 820 ntBASIC14.52□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 NDUFA6-AS1-203ENST00000439129 2950 ntTSL 5 BASIC14.52□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AC083949.1-202ENST00000458490 552 ntTSL 3 BASIC14.52□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 OARD1-204ENST00000464633 717 ntTSL 2 BASIC14.52□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 TCEAL4-208ENST00000472484 1273 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 PCOLCE2-208ENST00000485766 1088 ntTSL 5 BASIC14.52□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AC005586.1-201ENST00000488310 577 ntTSL 4 BASIC14.52□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 IMP3P2-201ENST00000489760 475 ntBASIC14.52□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AC022217.1-201ENST00000521069 738 ntBASIC14.52□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 RHOG-204ENST00000533217 886 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.52□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AP000438.1-201ENST00000543624 749 ntTSL 3 BASIC14.52□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 EID1-202ENST00000560490 584 ntTSL 3 BASIC14.52□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AC011474.2-201ENST00000579268 543 ntTSL 3 BASIC14.52□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 FBXL12-212ENST00000592067 879 ntTSL 2 BASIC14.52□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 HCG18-245ENST00000602550 559 ntTSL 4 BASIC14.52□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AL358472.3-201ENST00000608147 415 ntBASIC14.52□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AC097724.1-201ENST00000609581 426 ntBASIC14.52□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 ELOA3C-201ENST00000620688 1218 ntAPPRIS P1 BASIC14.52□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 PLEKHB2-211ENST00000628582 1297 ntTSL 2 BASIC14.52□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AC002472.3-201ENST00000640124 621 ntBASIC14.52□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 TMEM92-201ENST00000300433 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 NRXN1-222ENST00000625672 8113 ntTSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 CASQ1-201ENST00000368078 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AL137783.1-201ENST00000623494 1896 ntBASIC14.52□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 ADCYAP1-203ENST00000579794 3346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 PLPP3-201ENST00000371250 3292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 RBCK1-201ENST00000353660 2511 ntTSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 RASGEF1A-204ENST00000395810 3235 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 TMEM132E-203ENST00000631683 4379 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.52□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 TICAM2-201ENST00000427199 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 TLE3-223ENST00000560939 3021 ntTSL 5 BASIC14.52□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 KRT71-201ENST00000267119 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 MAP3K11-201ENST00000309100 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 TRIP10-210ENST00000600428 2249 ntTSL 5 BASIC14.51□□□□□ -0.09
CCDC3Q9BQI4 AQP6-204ENST00000615425 2245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.51□□□□□ -0.09
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