Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 EDN3-201ENST00000311585 2655 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 CLCN2-202ENST00000344937 3187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 MFSD14B-201ENST00000375344 3420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 AC010931.2-202ENST00000514871 2566 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 DTNB-228ENST00000496972 2328 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 PIGW-204ENST00000614443 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 SLC25A34-201ENST00000294454 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 CAMLG-201ENST00000297156 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
USP39Q53GS9 YY1AP1-201ENST00000295566 2626 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 TRPC6-203ENST00000360497 2631 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 AL136379.1-201ENST00000623471 2642 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 CATSPER2P1-203ENST00000429276 1466 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 RAPSN-203ENST00000524487 1462 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 MTA3-203ENST00000406652 5484 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 CYP27B1-201ENST00000228606 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 AC104836.1-202ENST00000636805 6041 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 NUP98-201ENST00000324932 6973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 SPATA21-201ENST00000335496 2015 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 OSCP1-204ENST00000433045 1381 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 HSD17B6-205ENST00000554643 1751 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 AC126365.1-201ENST00000578585 1514 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 PDGFRL-203ENST00000541323 1905 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 WDR6-222ENST00000615452 1949 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 UNC5B-202ENST00000373192 6451 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 PI16-203ENST00000611814 2083 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 MPV17-201ENST00000233545 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 GSTT2B-201ENST00000290765 1099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 C9orf24-201ENST00000297623 1151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 AC091046.1-201ENST00000331871 207 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 C9orf24-205ENST00000379133 712 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 FKBP1B-201ENST00000380986 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 MIR33B-201ENST00000385104 96 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 CD8B-204ENST00000393759 1096 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 TSPO-203ENST00000396265 1075 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 BUD31-202ENST00000403633 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 AC007274.2-201ENST00000421675 662 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 AL591684.1-201ENST00000434533 234 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 LINC01006-204ENST00000435354 545 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 AL596276.2-201ENST00000447525 331 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 AL136982.2-201ENST00000451760 234 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 MESTP3-201ENST00000503460 968 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 AC008443.1-201ENST00000511331 1000 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 C12orf73-211ENST00000553183 660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 AL135838.1-202ENST00000556411 441 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 LINC02332-201ENST00000557232 386 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 AC023824.4-202ENST00000569557 849 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 SRD5A3-AS1-211ENST00000599135 737 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 AC008763.1-201ENST00000601797 843 ntTSL 3 BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 PDE4A-203ENST00000380702 4781 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 ELAC1-201ENST00000269466 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 FLOT2-201ENST00000394906 2756 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 PARN-202ENST00000420015 2360 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 PPM1B-204ENST00000378551 3877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 AMZ1-201ENST00000312371 5516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 ABLIM3-206ENST00000506113 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 MTA2-201ENST00000278823 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 DBH-AS1-201ENST00000425189 2139 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 ZBTB7C-204ENST00000586438 4899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 PCSK2-205ENST00000536609 2275 ntTSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 SELENOV-201ENST00000335426 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 RCHY1-202ENST00000380840 1735 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 TNIP1-219ENST00000524280 1716 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 POLD3-208ENST00000532497 1700 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 SELENOV-205ENST00000622070 1704 ntTSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 INPP5K-204ENST00000421807 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 KCTD15-201ENST00000284006 4918 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 SGK3-211ENST00000522398 3106 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 CLUHP2-201ENST00000426660 1303 ntBASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 IGHA2-202ENST00000497872 1320 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 RPA3-201ENST00000223129 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 TNFSF13-202ENST00000349228 2036 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 SUPT20H-201ENST00000350612 2739 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 PLEKHN1-201ENST00000379407 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 CAMK2D-205ENST00000394524 5294 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 ZNF385A-201ENST00000338010 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 DIO3OS-208ENST00000556120 2473 ntTSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 NOTCH4-201ENST00000375023 6745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.14■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 EEPD1-205ENST00000534978 2769 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 REEP3-201ENST00000373758 5205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 KIF1BP-214ENST00000638119 2537 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 ZNF628-203ENST00000598519 3847 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 GLI2-203ENST00000361492 6768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 MAGEA8-204ENST00000535454 2112 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 CSNK1A1-202ENST00000377843 2559 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 KMT2E-202ENST00000311117 6874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 SNPH-202ENST00000381873 4995 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 TCAF1-205ENST00000479870 5733 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 RANBP1-201ENST00000331821 837 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 NIPAL3-204ENST00000374399 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 CCDC40-202ENST00000374876 2010 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 MBTD1-201ENST00000376381 1420 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 VCX3B-201ENST00000381029 756 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 IYD-204ENST00000392255 1180 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 NME2-201ENST00000393183 568 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 MRPL23-204ENST00000397297 613 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 GHSR-202ENST00000427970 912 ntBASIC15.13■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 EGFR-206ENST00000454757 5464 ntTSL 1 (best) BASIC15.13■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 AL157935.2-201ENST00000476274 1071 ntTSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 AC124301.1-201ENST00000524885 602 ntTSL 3 BASIC15.13■□□□□ 0.01
USP39Q53GS9 FAAP24-204ENST00000590179 784 ntTSL 2 BASIC15.13■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.6 ms