Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 ARHGAP36-201ENST00000276211 3083 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
BRPF3Q9ULD4 CMA1-201ENST00000206446 633 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
BRPF3Q9ULD4 PKIG-203ENST00000372887 769 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
BRPF3Q9ULD4 XAGE1A-203ENST00000375602 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
BRPF3Q9ULD4 XAGE1B-203ENST00000375616 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
BRPF3Q9ULD4 ING1-204ENST00000375775 1074 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
BRPF3Q9ULD4 HMGN1P19-201ENST00000436976 333 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
BRPF3Q9ULD4 RHOA-206ENST00000454011 889 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
BRPF3Q9ULD4 GUSBP11-206ENST00000455485 3816 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
BRPF3Q9ULD4 HSPB7-207ENST00000487046 844 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
BRPF3Q9ULD4 NEIL2-207ENST00000528323 998 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
BRPF3Q9ULD4 NAALADL1-208ENST00000528884 973 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
BRPF3Q9ULD4 TPRX2P-201ENST00000535362 881 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
BRPF3Q9ULD4 PXN-AS1-204ENST00000542265 854 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
BRPF3Q9ULD4 AL096870.1-201ENST00000555591 930 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.21■□□□□ 0.51
BRPF3Q9ULD4 RARRES2P5-201ENST00000564013 466 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
BRPF3Q9ULD4 MIR8072-201ENST00000614241 80 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
BRPF3Q9ULD4 SDR16C5-202ENST00000396721 2399 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
BRPF3Q9ULD4 CILP2-202ENST00000586018 4234 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
BRPF3Q9ULD4 ENO2-211ENST00000541477 2549 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
BRPF3Q9ULD4 COL6A1-207ENST00000612273 3251 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
BRPF3Q9ULD4 FAM129B-202ENST00000373314 3760 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
BRPF3Q9ULD4 CD2BP2-203ENST00000569466 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
BRPF3Q9ULD4 AGFG1-202ENST00000373671 1669 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
BRPF3Q9ULD4 ZMYND15-204ENST00000573751 2409 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
BRPF3Q9ULD4 TMEM63B-202ENST00000323267 3198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
BRPF3Q9ULD4 GJB4-201ENST00000339480 2840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
BRPF3Q9ULD4 NR3C1-209ENST00000503201 2594 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
BRPF3Q9ULD4 PPP2R5C-204ENST00000422945 4481 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
BRPF3Q9ULD4 PDGFA-201ENST00000354513 1308 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
BRPF3Q9ULD4 ADPRHL1-202ENST00000375418 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
BRPF3Q9ULD4 PRKD1-209ENST00000616995 3498 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
BRPF3Q9ULD4 AC012435.1-201ENST00000563287 3385 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 CEACAM19-202ENST00000403660 1982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 ATRNL1-201ENST00000355044 8479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 ATG9A-201ENST00000361242 3130 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 ZNF785-201ENST00000395216 3282 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 LIMS1-202ENST00000338045 1876 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 AGBL2-205ENST00000528244 2929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 PELP1-201ENST00000301396 3673 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 RGS9-202ENST00000443584 2078 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 FUT1-201ENST00000310160 4246 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 SPCS1-201ENST00000233025 1082 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 TMEM41A-201ENST00000296254 1060 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 SYCE1-202ENST00000343131 1113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 MFAP2-201ENST00000375534 970 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 RPL5P21-201ENST00000404620 815 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 CD81-207ENST00000481687 890 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 RBAKDN-201ENST00000498308 514 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 LINC02356-202ENST00000552663 314 ntTSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 LAT-209ENST00000564277 921 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 AURKB-214ENST00000585124 1227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 SMCO4-206ENST00000596676 180 ntAPPRIS P1 BASIC18.2■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 PDCD6-212ENST00000614778 1050 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 AC092634.8-201ENST00000639687 773 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 NACAD-202ENST00000490531 4780 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 FBXO21-202ENST00000427718 4138 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 ANKRD20A19P-202ENST00000442969 2796 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 FAM120C-201ENST00000328235 3716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 C12orf43-202ENST00000445832 2397 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 LHFPL4-201ENST00000287585 4880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 DMAP1-203ENST00000372289 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 SNHG20-204ENST00000566583 1338 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 LRRC20-201ENST00000355790 3414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 LAT-202ENST00000360872 1459 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 CD300LG-206ENST00000588884 1459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 TLL1-201ENST00000061240 6708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 DRC3-202ENST00000399182 1923 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 ABAT-203ENST00000425191 1923 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 TMEM132E-203ENST00000631683 4379 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 AL356258.1-201ENST00000605929 2246 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 SFMBT1-201ENST00000394752 4548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 SCN3B-201ENST00000299333 5665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 ACVR1B-206ENST00000542485 2362 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 CCDC90B-213ENST00000529611 1986 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 PPP4R3B-205ENST00000616288 4310 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 DYNC1I2-203ENST00000409197 2572 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 DYNC1I2-206ENST00000409773 2583 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 TAOK2-204ENST00000543033 4072 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 ERCC1-201ENST00000013807 1278 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 MORN4-202ENST00000370635 419 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 AC236430.1-201ENST00000402231 743 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 ANXA6-215ENST00000523714 2451 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 AC233702.7-201ENST00000536958 924 ntTSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 TRAPPC2L-206ENST00000564365 1060 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 GOLGA8H-201ENST00000566740 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 GOLGA8J-201ENST00000567927 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 PNPLA5-204ENST00000593866 2197 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 LINC02560-201ENST00000596379 459 ntBASIC18.19■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 PCDHGC4-204ENST00000618371 812 ntTSL 3 BASIC18.19■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 COL18A1-AS1-201ENST00000397787 3425 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 ADD2-202ENST00000355733 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 ZNF655-212ENST00000424881 4666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 ZNF674-AS1-201ENST00000421685 2078 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 BAIAP2-201ENST00000321280 1939 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 TDRD10-201ENST00000368480 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 TSN-212ENST00000536142 3328 ntTSL 2 BASIC18.19■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 SNRPN-201ENST00000346403 1304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.19■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 KIF21A-202ENST00000361961 6601 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
BRPF3Q9ULD4 ZDHHC11-209ENST00000511539 1303 ntTSL 1 (best) BASIC18.19■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.9 ms