Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

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Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 RGS10-202ENST00000369103 804 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 PNRC1-203ENST00000369472 816 ntTSL 2 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 UCK1-203ENST00000372211 2114 ntTSL 3 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 VCX3B-201ENST00000381029 756 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 SPTLC1P5-201ENST00000450718 252 ntBASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 NME2-204ENST00000503064 749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 AC090735.1-201ENST00000523881 488 ntTSL 4 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 MAGEA8-204ENST00000535454 2112 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 MSRB3-209ENST00000540804 884 ntTSL 2 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 TMEM208-207ENST00000563953 887 ntTSL 2 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 COG4-212ENST00000564653 590 ntTSL 5 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 TBC1D16-203ENST00000570373 961 ntTSL 5 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 MIR4683-201ENST00000579659 81 ntBASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 RN7SL190P-201ENST00000582519 257 ntBASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 PSENEN-203ENST00000591949 833 ntTSL 2 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 AC010323.1-201ENST00000598884 580 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 AP001505.2-201ENST00000616815 443 ntBASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 AC091544.8-201ENST00000619490 361 ntBASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 CU633904.3-201ENST00000624042 1029 ntBASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 LRWD1-209ENST00000626402 138 ntTSL 3 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 RETN-203ENST00000629642 400 ntTSL 5 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 PDPK1-201ENST00000268673 4728 ntTSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 AL359258.3-201ENST00000622910 2331 ntBASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 PLEKHB2-207ENST00000438882 1460 ntTSL 2 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 ZNF767P-201ENST00000463567 3520 ntTSL 2 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 SUMO1-203ENST00000392246 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 SGCE-205ENST00000437425 1508 ntTSL 2 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 TEX28-203ENST00000617225 1525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 GSDMA-203ENST00000635792 1546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 ALPI-201ENST00000295463 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 MYEF2-215ENST00000610570 2591 ntTSL 5 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 LSP1-204ENST00000406638 2640 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 DISC1-222ENST00000622252 6927 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 FLOT2-201ENST00000394906 2756 ntTSL 5 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 ARMC8-220ENST00000489213 1714 ntTSL 5 BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 BMP4-206ENST00000559087 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 AC022532.1-201ENST00000624563 1728 ntBASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 INPP5K-204ENST00000421807 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 FAM189B-202ENST00000361361 3082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.55□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 PCNX4-203ENST00000406854 4666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 CHRD-201ENST00000204604 3521 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 AHCY-201ENST00000217426 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 TBC1D3P5-202ENST00000581469 2513 ntTSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 TRMT2A-202ENST00000403707 2928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 CNDP2-201ENST00000324262 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 AKAP12-204ENST00000402676 8432 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 TIMP2-201ENST00000262768 3652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 PSME1-201ENST00000206451 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 MBD3L5-201ENST00000329753 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 TMEM254-204ENST00000372277 366 ntTSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 CD8B-204ENST00000393759 1096 ntTSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 RAB1A-201ENST00000398529 1198 ntTSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 CRCP-204ENST00000398684 492 ntTSL 2 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 AL133466.1-201ENST00000447582 150 ntBASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 RNMTL1P1-201ENST00000454103 560 ntBASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 MAATS1-203ENST00000463700 939 ntTSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 RN7SL11P-201ENST00000471305 293 ntBASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 AC074194.1-201ENST00000505025 622 ntTSL 4 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 AC106794.1-201ENST00000506935 792 ntBASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 AC245884.6-201ENST00000515672 1067 ntBASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 AC100818.1-201ENST00000524167 563 ntTSL 4 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 RCE1-204ENST00000525356 1270 ntTSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 CHMP4BP1-201ENST00000556017 588 ntBASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 SMIM24-203ENST00000587847 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 AL136301.1-201ENST00000615830 422 ntBASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 AC015967.2-201ENST00000624092 234 ntBASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 AC006435.4-201ENST00000625037 234 ntBASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 AL356737.1-201ENST00000634391 234 ntBASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 PARD6G-201ENST00000353265 3868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 NOL9-201ENST00000377705 6649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 AP4E1-201ENST00000261842 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 PUDP-202ENST00000412827 1376 ntTSL 2 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 AP000593.2-201ENST00000542775 1433 ntBASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 CHAT-212ENST00000640822 1412 ntTSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 CAMK2D-207ENST00000505990 1802 ntTSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 MGRN1-206ENST00000586183 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 DRC3-216ENST00000584166 1953 ntTSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 ZNF208-205ENST00000601773 2027 ntTSL 2 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 ALPL-207ENST00000540617 2131 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 CNDP1-201ENST00000358821 2215 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 THUMPD3-210ENST00000515662 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 SLC17A9-201ENST00000370349 2594 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 AC073324.2-201ENST00000626532 2941 ntTSL 4 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 DHX36-202ENST00000329463 2985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 CDH23-202ENST00000299366 3954 ntTSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 GRM7-215ENST00000486284 4241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.54□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 PTPRU-204ENST00000428026 5550 ntTSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 SYNCRIP-202ENST00000369622 3023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 PCDHGB2-202ENST00000622527 2588 ntAPPRIS P1 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 LIPE-AS1-205ENST00000594688 2383 ntTSL 2 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 ZNF398-205ENST00000491174 2232 ntTSL 2 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 AL109954.1-202ENST00000564051 2148 ntBASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 APBB1-219ENST00000608704 2095 ntTSL 5 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 TUB-AS1-201ENST00000506601 2021 ntTSL 2 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 C11orf16-201ENST00000326053 1908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 ACTL6A-202ENST00000429709 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 ACTL8-201ENST00000375406 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 PCBP2-202ENST00000359462 1814 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 CEP70-213ENST00000489254 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.53□□□□□ -0.08
CCDC3Q9BQI4 UBAC2-AS1-201ENST00000426037 1771 ntTSL 2 BASIC14.53□□□□□ -0.08
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