Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 ANAPC15-208ENST00000538393 867 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 SSTR5-AS1-201ENST00000565992 575 ntTSL 4 BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 ZSCAN32-210ENST00000573830 668 ntTSL 3 BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 SMIM24-203ENST00000587847 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 RPS5-209ENST00000601521 1203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 LCN9-204ENST00000619315 528 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 DDIAS-203ENST00000525361 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 PUS7-202ENST00000469408 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 HNRNPUL1-220ENST00000602130 2932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 TSPAN11-201ENST00000261177 5505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AATBC-201ENST00000400385 4598 ntTSL 2 BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 TUFT1-201ENST00000353024 2107 ntTSL 2 BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 TCP11L1-201ENST00000334274 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 ARMC8-220ENST00000489213 1714 ntTSL 5 BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 TLL1-201ENST00000061240 6708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 CHRNA7-201ENST00000306901 6181 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 MAPK3-212ENST00000484663 2567 ntTSL 1 (best) BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 SLC12A9-201ENST00000354161 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 TRAK1-208ENST00000484786 2008 ntTSL 5 BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 ARHGEF5-201ENST00000056217 5544 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 EGFR-203ENST00000344576 2864 ntTSL 1 (best) BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 TMEM115-201ENST00000266025 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 SERPINE2-202ENST00000409304 2161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 SYN1-202ENST00000340666 3172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 PPM1J-202ENST00000464951 2474 ntTSL 1 (best) BASIC11.57□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 IL12RB2-206ENST00000544434 3782 ntTSL 1 (best) BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 COL4A3-202ENST00000396578 8097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 GPD1L-201ENST00000282541 4060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AGAP7P-201ENST00000582299 2062 ntBASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AGAP14-201ENST00000624701 2060 ntBASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 MEGF8-201ENST00000251268 9549 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 SLC39A8-202ENST00000394833 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 OR2I1P-210ENST00000642037 4691 ntBASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 EIF2AK4-208ENST00000559624 3548 ntTSL 1 (best) BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 JAKMIP1-204ENST00000409831 2371 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 GGACT-202ENST00000455100 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 COL4A3BP-204ENST00000405807 2843 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 FLNA-207ENST00000422373 8486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 SLC12A8-207ENST00000469902 2989 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 KLF5-201ENST00000377687 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 ZNF286A-218ENST00000583566 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 SLC5A10-202ENST00000395643 1982 ntTSL 1 (best) BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 PTPN20-206ENST00000395722 1995 ntTSL 1 (best) BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AMOTL2-201ENST00000249883 4488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 SNX5-202ENST00000377768 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 SCNN1D-205ENST00000379116 3044 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 UGT8-201ENST00000310836 4084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 LHX5-201ENST00000261731 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 GAL-201ENST00000265643 818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 OXA1L-201ENST00000285848 1719 ntTSL 1 (best) BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 TMEM141-201ENST00000290079 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 BOLA3-201ENST00000295326 444 ntTSL 1 (best) BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 NOL4L-202ENST00000326071 701 ntTSL 1 (best) BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 BEX5-201ENST00000333643 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 THEG-202ENST00000346878 1211 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 ALDH3B2-201ENST00000349015 2649 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 TPD52L2-205ENST00000352482 2339 ntTSL 1 (best) BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 C1orf159-201ENST00000379319 1097 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 ADAMTSL1-207ENST00000380566 2321 ntTSL 1 (best) BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AL157392.1-201ENST00000412388 373 ntTSL 2 BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 POM121L8P-201ENST00000417732 1281 ntBASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AC127070.2-201ENST00000424075 555 ntTSL 2 BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 GINS3-203ENST00000426538 1728 ntTSL 1 (best) BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 ADAMTSL1-210ENST00000431052 824 ntTSL 2 BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 FAM8A4P-201ENST00000435433 1213 ntBASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 POM121L9P-203ENST00000441984 1285 ntBASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AL160290.2-201ENST00000448347 831 ntTSL 3 BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 SCARNA20.5-201ENST00000516991 142 ntBASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 GLIS2-AS1-201ENST00000576080 340 ntTSL 2 BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 MIF4GD-208ENST00000579297 1419 ntTSL 2 BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AC007743.1-201ENST00000596663 3075 ntTSL 2 BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AC004466.1-201ENST00000599515 1080 ntBASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AC008750.3-201ENST00000601148 437 ntTSL 5 BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 ZMIZ1-205ENST00000611351 2196 ntTSL 1 (best) BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 TPD52L2-210ENST00000615907 2310 ntTSL 4 BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 RETN-203ENST00000629642 400 ntTSL 5 BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AC044839.1-204ENST00000634777 1058 ntTSL 5 BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 LINC00639-201ENST00000553932 4496 ntTSL 2 BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 SUPT20H-212ENST00000475892 2836 ntTSL 1 (best) BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 C3orf62-201ENST00000343010 4235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 DNAJC22-201ENST00000395069 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AC093525.2-201ENST00000564543 1944 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 NEDD4L-202ENST00000356462 3335 ntTSL 1 (best) BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 ANKRD30BP2-201ENST00000435744 1610 ntBASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 ABHD18-206ENST00000611882 1493 ntTSL 1 (best) BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 AURKC-203ENST00000448930 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 MECR-202ENST00000373791 2416 ntTSL 2 BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 USP19-203ENST00000398892 4622 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 THBS2-206ENST00000617924 5280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 JAKMIP1-205ENST00000410077 1835 ntTSL 2 BASIC11.56□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 GPR153-201ENST00000377893 4082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 ADD2-208ENST00000430656 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 TMEM181-201ENST00000367090 5390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 SFTA3-204ENST00000518529 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 NACC1-201ENST00000292431 4445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 TUBA8-202ENST00000330423 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 MEN1-207ENST00000377326 3150 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 TIMP2-201ENST00000262768 3652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 NUDT16-202ENST00000521288 6108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.56
HOXD3P31249 TNFRSF14-AS1-201ENST00000416860 3522 ntTSL 2 BASIC11.55□□□□□ -0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.7 ms