Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC27.39■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC27.39■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
USP40Q9NVE5 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC27.38■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC27.36■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC27.35■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC27.35■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC27.35■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC27.35■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC27.34■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC27.33■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC27.33■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
USP40Q9NVE5 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC27.31■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC27.31■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC27.31■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC27.3■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC27.3■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
USP40Q9NVE5 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 143.8 ms