Protein–RNA interactions for Protein: P48059

LIMS1, LIM and senescent cell antigen-like-containing domain protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 325 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS1P48059 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.01■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC21■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC21■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC21■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC21■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.99■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC20.98■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC20.98■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.97■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC20.97■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC20.97■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC20.97■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC20.96■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC20.96■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
LIMS1P48059 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC20.95■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC20.93■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.92■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
LIMS1P48059 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.4 ms