Protein–RNA interactions for Protein: P43489

TNFRSF4, Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4, humanhuman

Predictions only

Length 277 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TNFRSF4P43489 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC23.25■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC23.22■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
TNFRSF4P43489 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC23.18■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC23.16■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
TNFRSF4P43489 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.8 ms