Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 RITA1-203ENST00000552495 1898 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SHMT2P34897 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 75.2 ms