Protein–RNA interactions for Protein: O95484

CLDN9, Claudin-9, humanhuman

Predictions only

Length 217 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLDN9O95484 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 THRA-209ENST00000584985 2421 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CLDN9O95484 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CLDN9O95484 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CLDN9O95484 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CLDN9O95484 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CLDN9O95484 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CLDN9O95484 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CLDN9O95484 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CLDN9O95484 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CLDN9O95484 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CLDN9O95484 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CLDN9O95484 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CLDN9O95484 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CLDN9O95484 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CLDN9O95484 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CLDN9O95484 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CLDN9O95484 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CLDN9O95484 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CLDN9O95484 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
CLDN9O95484 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CLDN9O95484 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CLDN9O95484 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CLDN9O95484 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CLDN9O95484 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLDN9O95484 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLDN9O95484 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLDN9O95484 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLDN9O95484 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLDN9O95484 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLDN9O95484 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLDN9O95484 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLDN9O95484 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLDN9O95484 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLDN9O95484 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLDN9O95484 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLDN9O95484 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLDN9O95484 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CLDN9O95484 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
CLDN9O95484 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CLDN9O95484 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CLDN9O95484 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.2 ms