Protein–RNA interactions for Protein: O75056

SDC3, Syndecan-3, humanhuman

Predictions only

Length 442 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC3O75056 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SDC3O75056 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
SDC3O75056 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SDC3O75056 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SDC3O75056 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SDC3O75056 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
SDC3O75056 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC22.45■■□□□ 1.19
SDC3O75056 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SDC3O75056 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SDC3O75056 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SDC3O75056 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
SDC3O75056 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
SDC3O75056 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SDC3O75056 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SDC3O75056 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SDC3O75056 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SDC3O75056 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SDC3O75056 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SDC3O75056 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SDC3O75056 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SDC3O75056 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SDC3O75056 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SDC3O75056 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SDC3O75056 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SDC3O75056 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SDC3O75056 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SDC3O75056 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
SDC3O75056 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SDC3O75056 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
SDC3O75056 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SDC3O75056 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SDC3O75056 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SDC3O75056 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SDC3O75056 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
SDC3O75056 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SDC3O75056 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
SDC3O75056 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SDC3O75056 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SDC3O75056 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SDC3O75056 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SDC3O75056 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SDC3O75056 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SDC3O75056 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SDC3O75056 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SDC3O75056 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SDC3O75056 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SDC3O75056 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SDC3O75056 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SDC3O75056 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SDC3O75056 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SDC3O75056 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SDC3O75056 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SDC3O75056 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SDC3O75056 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SDC3O75056 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SDC3O75056 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SDC3O75056 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SDC3O75056 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
SDC3O75056 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SDC3O75056 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SDC3O75056 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SDC3O75056 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SDC3O75056 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SDC3O75056 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SDC3O75056 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SDC3O75056 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
SDC3O75056 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SDC3O75056 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SDC3O75056 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SDC3O75056 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SDC3O75056 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SDC3O75056 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SDC3O75056 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SDC3O75056 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
SDC3O75056 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SDC3O75056 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SDC3O75056 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SDC3O75056 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SDC3O75056 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SDC3O75056 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SDC3O75056 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SDC3O75056 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SDC3O75056 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SDC3O75056 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SDC3O75056 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SDC3O75056 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SDC3O75056 MATK-202ENST00000395040 1907 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SDC3O75056 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
SDC3O75056 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SDC3O75056 GJD3-201ENST00000578689 885 ntAPPRIS P1 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SDC3O75056 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SDC3O75056 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SDC3O75056 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SDC3O75056 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SDC3O75056 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SDC3O75056 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SDC3O75056 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SDC3O75056 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SDC3O75056 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SDC3O75056 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.5 ms