Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC18.84■□□□□ 0.612e-6■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 GOLGA4-202ENST00000361924 7772 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.08□□□□□ -0.322e-6■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 GOLGA4-201ENST00000356847 7673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.84□□□□□ -0.352e-6■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 GOLGA4-207ENST00000437131 6947 ntTSL 1 (best)2.42□□□□□ -2.022e-6■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 ATXN2L-216ENST00000564656 552 ntTSL 413.53□□□□□ -0.241e-7■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 IST1-203ENST00000378799 4843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.17□□□□□ -0.144e-7■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 IST1-219ENST00000541571 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.38□□□□□ -0.434e-7■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 IST1-201ENST00000329908 2356 ntTSL 1 (best) BASIC12.01□□□□□ -0.494e-7■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 IST1-221ENST00000544564 1500 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.53□□□□□ -0.564e-7■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 IST1-205ENST00000439924 1841 ntTSL 510.75□□□□□ -0.694e-7■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 IST1-206ENST00000456820 2031 ntTSL 510.35□□□□□ -0.754e-7■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 IST1-202ENST00000378798 2255 ntTSL 1 (best) BASIC10.34□□□□□ -0.754e-7■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 IST1-215ENST00000538850 1125 ntTSL 3 BASIC10.09□□□□□ -0.794e-7■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 IST1-226ENST00000606369 3583 ntTSL 2 BASIC9.97□□□□□ -0.814e-7■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 IST1-213ENST00000538565 1245 ntTSL 29.4□□□□□ -0.94e-7■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 IST1-208ENST00000535424 4082 ntTSL 5 BASIC9.05□□□□□ -0.964e-7■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 USP10-210ENST00000563892 570 ntTSL 316.74■□□□□ 0.272e-16■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 MYO19-205ENST00000611063 582 ntTSL 49.69□□□□□ -0.862e-16■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 USP10-212ENST00000566378 465 ntTSL 58.2□□□□□ -1.12e-16■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 USP10-209ENST00000563433 540 ntTSL 24.35□□□□□ -1.712e-16■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 SPHK1-206ENST00000590379 588 ntTSL 319.03■□□□□ 0.642e-6■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 WDR43-202ENST00000407426 3533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.193e-7■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 DDX17-205ENST00000432525 1354 ntTSL 29.86□□□□□ -0.831e-6■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 WDR59-222ENST00000570070 565 ntTSL 49.46□□□□□ -0.91e-35■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 MMP24-AS1-201ENST00000424358 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.32■□□□□ 0.24e-7■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 MMP24-AS1-209ENST00000456790 712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.134e-7■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 MMP24-AS1-203ENST00000435366 1499 ntTSL 215.62■□□□□ 0.094e-7■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 MMP24-AS1-204ENST00000438751 670 ntTSL 314.26□□□□□ -0.134e-7■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 MMP24-AS1-208ENST00000456350 634 ntTSL 414.11□□□□□ -0.154e-7■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 MMP24-AS1-202ENST00000433764 569 ntTSL 414.09□□□□□ -0.154e-7■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 MMP24-AS1-206ENST00000454184 547 ntTSL 413.85□□□□□ -0.194e-7■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 MMP24-AS1-210ENST00000566203 915 ntTSL 413.85□□□□□ -0.194e-7■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 MMP24-AS1-207ENST00000455178 395 ntTSL 512.15□□□□□ -0.464e-7■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 MMP24-AS1-212ENST00000635104 1227 ntTSL 510.68□□□□□ -0.74e-7■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 SESTD1-203ENST00000428443 10615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.95□□□□□ -0.825e-7■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 SESTD1-202ENST00000426988 724 ntTSL 35.65□□□□□ -1.55e-7■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 SESTD1-201ENST00000335289 1675 ntTSL 54.19□□□□□ -1.745e-7■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 RBM14-RBM4-202ENST00000421355 2034 ntTSL 219.67■□□□□ 0.742e-7■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 RBM14-207ENST00000461478 693 ntTSL 218.62■□□□□ 0.572e-7■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 RBM14-201ENST00000310137 2828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.362e-7■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 RBM14-202ENST00000393979 1426 ntTSL 1 (best) BASIC15.89■□□□□ 0.132e-7■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 RBM14-205ENST00000443702 732 ntTSL 3 BASIC11.78□□□□□ -0.522e-7■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 RBM14-204ENST00000409738 372 ntTSL 1 (best) BASIC11.2□□□□□ -0.622e-7■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 RBM14-RBM4-204ENST00000511114 523 ntTSL 411.11□□□□□ -0.632e-7■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 RBM14-203ENST00000409372 876 ntTSL 2 BASIC10.65□□□□□ -0.72e-7■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 CCDC93-201ENST00000319432 6896 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC8.32□□□□□ -1.083e-6■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 CCDC93-202ENST00000376300 6899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC8.32□□□□□ -1.083e-6■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 MIR6872-201ENST00000612981 62 ntBASIC6.59□□□□□ -1.353e-7■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 CLCN7-214ENST00000569851 1014 ntTSL 516.12■□□□□ 0.171e-6■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 CLCN7-208ENST00000564968 652 ntTSL 413.16□□□□□ -0.31e-6■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 CLCN7-206ENST00000563822 851 ntTSL 512.69□□□□□ -0.381e-6■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 TIAL1-208ENST00000470635 336 ntTSL 37.32□□□□□ -1.244e-18■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC19.61■□□□□ 0.732e-11■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 STAU1-208ENST00000437404 1085 ntTSL 1 (best)17.75■□□□□ 0.432e-11■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 PCMTD2-204ENST00000369758 3212 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.072e-11■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 PCMTD2-211ENST00000610196 476 ntTSL 314.92□□□□□ -0.022e-11■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 LLGL2-213ENST00000579092 766 ntTSL 214.38□□□□□ -0.112e-11■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 STAU1-203ENST00000360426 3211 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.332e-11■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 PCMTD2-207ENST00000609372 1321 ntTSL 4 BASIC12.42□□□□□ -0.422e-11■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 STAU1-202ENST00000347458 3136 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.19□□□□□ -0.462e-11■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 STAU1-204ENST00000371792 3130 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.19□□□□□ -0.462e-11■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 STAU1-205ENST00000371802 3154 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.73□□□□□ -0.532e-11■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 STAU1-207ENST00000371856 3684 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.46□□□□□ -0.572e-11■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 PCMTD2-203ENST00000308824 3843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.39□□□□□ -0.592e-11■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 STAU1-201ENST00000340954 3334 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.28□□□□□ -0.62e-11■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 STAU1-206ENST00000371828 3411 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.15□□□□□ -0.622e-11■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 STAU1-209ENST00000456866 643 ntTSL 510.95□□□□□ -0.662e-11■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 AC099811.2-201ENST00000585562 646 ntTSL 37.41□□□□□ -1.222e-11■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 PCMTD2-206ENST00000609297 584 ntTSL 47.21□□□□□ -1.262e-11■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 PCMTD2-208ENST00000609764 572 ntTSL 46.22□□□□□ -1.412e-11■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 PCMTD2-210ENST00000610074 541 ntTSL 45.34□□□□□ -1.552e-11■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 PCM1-221ENST00000524203 401 ntTSL 34.58□□□□□ -1.682e-11■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 SLC25A39-216ENST00000592857 837 ntTSL 319.56■□□□□ 0.723e-6■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 SLC25A39-204ENST00000585523 574 ntTSL 417.13■□□□□ 0.333e-6■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 SLC25A39-208ENST00000586633 566 ntTSL 314.67□□□□□ -0.063e-6■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 SLC25A39-214ENST00000591151 636 ntTSL 211.94□□□□□ -0.53e-6■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 SLC26A6-218ENST00000482282 1029 ntTSL 513.11□□□□□ -0.319e-13■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 SPHK1-203ENST00000545180 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21■□□□□ 0.951e-6■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 SPHK1-209ENST00000591762 2502 ntTSL 219.03■□□□□ 0.641e-6■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 SPHK1-205ENST00000588682 858 ntTSL 317.3■□□□□ 0.361e-6■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 SYNJ2-205ENST00000449320 680 ntTSL 48.11□□□□□ -1.114e-7■□□□□ 11.2
SF3A3Q12874 METTL17-219ENST00000555902 868 ntTSL 37.93□□□□□ -1.142e-16■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 HNRNPA2B1-206ENST00000490912 5328 ntTSL 216.2■□□□□ 0.181e-23■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 DHRS2-209ENST00000557535 927 ntTSL 514.96□□□□□ -0.019e-16■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 DHRS2-204ENST00000553600 844 ntTSL 213.94□□□□□ -0.189e-16■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 HNRNPA2B1-202ENST00000356674 1711 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.29□□□□□ -0.61e-23■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 SMG1-202ENST00000446231 16115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.83□□□□□ -12e-6■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 SMG1-211ENST00000565324 12465 ntTSL 1 (best)5.48□□□□□ -1.532e-6■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 ALDH4A1-203ENST00000432718 844 ntTSL 314.5□□□□□ -0.091e-15■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.345e-9■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 SNHG7-202ENST00000416970 789 ntTSL 1 (best)21.99■■□□□ 1.115e-9■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 HNF1A-206ENST00000538646 1649 ntTSL 1 (best)21.84■■□□□ 1.095e-9■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 HNF1A-202ENST00000400024 2337 ntTSL 2 BASIC19.56■□□□□ 0.725e-9■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 C19orf48-207ENST00000596655 1639 ntTSL 219.42■□□□□ 0.75e-9■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 HNF1A-209ENST00000541924 1594 ntTSL 1 (best)18.98■□□□□ 0.635e-9■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 HNF1A-216ENST00000617366 2473 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.555e-9■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 CDK4-201ENST00000257904 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.515e-9■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 HNF1A-203ENST00000402929 3002 ntTSL 217.99■□□□□ 0.475e-9■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 CDK4-202ENST00000312990 1650 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.465e-9■□□□□ 11.1
SF3A3Q12874 HNF1A-215ENST00000615446 2344 ntTSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.425e-9■□□□□ 11.1
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