Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 ELAVL1-205ENST00000596459 1473 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 CSTB-201ENST00000291568 2164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 TEAD3-202ENST00000402886 2729 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 DNAI1-209ENST00000614641 2598 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 NCOA6-206ENST00000612493 4082 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 BTNL8-206ENST00000508408 1717 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 ABHD16A-201ENST00000395952 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 ATP6V1C1-202ENST00000518738 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 NFATC4-201ENST00000250373 4749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 FP565260.2-201ENST00000623476 1599 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 LINC01136-203ENST00000457348 2539 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 ICA1L-201ENST00000358299 3457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 PES1-201ENST00000335214 1988 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 BARHL2-201ENST00000370445 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 CAPN7-201ENST00000253693 4353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 PABPC4-202ENST00000372857 3048 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 PDE1B-201ENST00000243052 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 MPV17-201ENST00000233545 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 COX6A2-201ENST00000287490 440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 FCRLB-201ENST00000336830 1193 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 GAS5-209ENST00000430245 723 ntTSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 MUC1-218ENST00000471283 635 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 SERPINA13P-202ENST00000478994 924 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 AC021723.1-201ENST00000486306 515 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 CRYGN-205ENST00000491928 698 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 AC022447.6-201ENST00000515522 438 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 ATF7-204ENST00000548118 774 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 EMC4-209ENST00000559421 497 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 TUBB8-202ENST00000562809 820 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 TMEM208-207ENST00000563953 887 ntTSL 2 BASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 AC123786.1-201ENST00000581626 661 ntTSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 RN7SL163P-201ENST00000583100 276 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 PRCD-210ENST00000592014 462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 ZNF586-206ENST00000599802 581 ntTSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 AL118558.3-201ENST00000607414 1079 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 RECQL4-209ENST00000617875 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 TUBA3D-201ENST00000321253 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 TMEM9-204ENST00000367334 1529 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 TMBIM7P-202ENST00000641474 1516 ntBASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 ZFP36-203ENST00000597629 1786 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 RPH3AL-201ENST00000323434 2809 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 ALDOA-228ENST00000627059 2402 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 LCMT1-203ENST00000399069 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 CARD11-203ENST00000396946 4366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 GABPB1-202ENST00000359031 1633 ntTSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 KNSTRN-202ENST00000416151 1899 ntTSL 3 BASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 SLC1A6-201ENST00000221742 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 SLC35A1-202ENST00000369556 1720 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 TMEM189-203ENST00000371656 1973 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 PDE9A-208ENST00000398225 1963 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 XKR7-201ENST00000562532 7844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 NR4A3-204ENST00000618101 5706 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 PIP5K1C-202ENST00000537021 3326 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 TOPAZ1-201ENST00000309765 5334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 ATL3-203ENST00000538786 1920 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 TSFM-207ENST00000540550 1935 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 PCCB-215ENST00000482086 1436 ntTSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 ENO2-211ENST00000541477 2549 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 DENND1A-202ENST00000373620 3612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 RBBP4-204ENST00000414241 1788 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 DNAJA1-201ENST00000330899 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 DLGAP1-213ENST00000534970 2365 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 SLC2A11-203ENST00000345044 3219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 CSH1-201ENST00000316193 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 HIST1H1B-201ENST00000331442 681 ntAPPRIS P1 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 RPL35-201ENST00000348462 455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 HLA-J-204ENST00000495278 958 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 AP002748.3-205ENST00000525142 567 ntTSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 AP002748.3-203ENST00000533502 581 ntTSL 3 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 AC008115.1-201ENST00000542291 150 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 AL160314.3-201ENST00000556041 767 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 AC027237.1-201ENST00000560942 655 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 DBNDD1-206ENST00000568838 993 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 STRADA-221ENST00000582137 1238 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 LINC00658-206ENST00000600157 901 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 ARL16-215ENST00000622299 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 RPL35-206ENST00000629845 340 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 PCBP2-OT1-201ENST00000634357 590 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 AC004923.1-202ENST00000642106 209 ntBASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 GNE-202ENST00000396594 5298 ntTSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 CXCL12-201ENST00000343575 1857 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 LINGO1-201ENST00000355300 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 AC055854.1-203ENST00000521141 1630 ntTSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 FP565260.6-204ENST00000620528 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 ZNF134-201ENST00000396161 4914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 ZNF485-201ENST00000361807 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 SLCO5A1-203ENST00000524945 3725 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 SCML4-201ENST00000369020 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 RASGRF1-202ENST00000419573 6294 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 RTN3-205ENST00000356000 2645 ntTSL 2 BASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 CLCN7-202ENST00000382745 4720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 GLIPR1L2-204ENST00000550916 2609 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 STBD1-201ENST00000237642 3420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.98■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 REM1-201ENST00000201979 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 PHF8-203ENST00000338946 4651 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 GRN-222ENST00000639447 1314 ntTSL 2 BASIC16.97■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 XKR9-203ENST00000520030 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 TBX5-203ENST00000405440 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 TNKS1BP1-207ENST00000532437 5952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
SMARCA1P28370 SLC39A8-202ENST00000394833 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.97■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.7 ms