Protein–RNA interactions for Protein: Q12824

SMARCB1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1, humanhuman

Predictions only

Length 385 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCB1Q12824 CDC37-201ENST00000222005 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
SMARCB1Q12824 SURF6-201ENST00000372022 4447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
SMARCB1Q12824 RAB3IL1-201ENST00000301773 2125 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 TRPC6-206ENST00000532133 2648 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 TOB2-201ENST00000327492 4561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 GNAQ-201ENST00000286548 6539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 SLC25A36-203ENST00000446041 4638 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 ZNF7-202ENST00000446747 2242 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 AL928654.2-201ENST00000551271 2279 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 AAMP-202ENST00000420660 1761 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 PLA1A-205ENST00000494440 1775 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 IGLC7-201ENST00000390331 441 ntAPPRIS P1 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 CYP46A4P-201ENST00000414953 267 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 AL121901.1-201ENST00000419613 366 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 AL645933.1-201ENST00000440087 609 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 IGHJ2P-201ENST00000454480 60 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 PRSS30P-205ENST00000506153 699 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 SDHD-202ENST00000525291 790 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 AP003419.2-201ENST00000543494 711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 AL160314.3-201ENST00000556041 767 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 KLK3-207ENST00000595952 969 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 LINC01233-203ENST00000601708 494 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 AL606495.2-201ENST00000605867 535 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 AC068790.8-201ENST00000618862 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 AL121757.1-201ENST00000430097 1836 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 BANP-201ENST00000286122 2368 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 CHIA-206ENST00000430615 1320 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 CTSW-204ENST00000528419 1341 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 CMPK1-203ENST00000371873 2930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 PPP1R16B-202ENST00000373331 6106 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 BTNL9-201ENST00000327705 3500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 ORAOV1-201ENST00000279147 2478 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 ELF2-201ENST00000358635 3036 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 FAM90A7P-201ENST00000382628 1395 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 FAM90A23P-201ENST00000400136 1395 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 RBM12-201ENST00000359646 5332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 SF3A2-201ENST00000221494 1963 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 CDPF1-203ENST00000404583 1439 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 SEMA3G-201ENST00000231721 4899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 RECQL4-209ENST00000617875 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 ZNF79-201ENST00000342483 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 FXYD5-201ENST00000342879 1580 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 LRCH3-202ENST00000414675 2299 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 AC063926.3-201ENST00000624734 5658 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 SLC13A5-208ENST00000573648 1723 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 DNM1-208ENST00000486160 3181 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 CD68-202ENST00000380498 1771 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 MBD1-217ENST00000588937 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 ANKS6-202ENST00000375019 2586 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 CTDSP1-201ENST00000273062 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 GOLGA8S-201ENST00000562295 1878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 ZNF846-201ENST00000397902 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 TMPRSS4-201ENST00000437212 2074 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 POLD4-201ENST00000312419 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 KRTAP19-5-201ENST00000334151 461 ntAPPRIS P1 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 RGS10-202ENST00000369103 804 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 DKFZp779M0652-201ENST00000378779 649 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 ATP6V1E1-202ENST00000399796 1208 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 BX284668.5-201ENST00000422124 406 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 LINC00278-201ENST00000425031 528 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 AC078875.1-201ENST00000431907 724 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 Z97180.1-201ENST00000445173 988 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 AC006335.1-201ENST00000445200 547 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 SPTLC1P5-201ENST00000450718 252 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 AC105362.1-201ENST00000511234 564 ntTSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 MSC-AS1-204ENST00000518916 864 ntTSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 AC239802.2-201ENST00000532137 554 ntTSL 4 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 RBM8B-201ENST00000555532 525 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 AL135838.1-202ENST00000556411 441 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 AL161670.2-201ENST00000557650 1227 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 AC025810.1-201ENST00000569986 981 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 AC005962.1-201ENST00000584100 773 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 SELENOW-204ENST00000595615 535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 SELENOW-216ENST00000612212 875 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 CU633904.3-201ENST00000624042 1029 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 DPP6-203ENST00000404039 4798 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 KLK11-207ENST00000594768 1347 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 MSTO1-202ENST00000368341 2245 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 CENPT-202ENST00000440851 2200 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 MAPT-213ENST00000571987 2277 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 DMTN-204ENST00000415253 2394 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 UCN2-201ENST00000273610 1481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 KLHL26-201ENST00000300976 4407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 RBCK1-201ENST00000353660 2511 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 PTPRF-201ENST00000359947 7727 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 SUCO-204ENST00000608151 5790 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 GGACT-202ENST00000455100 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 NTM-205ENST00000425719 1607 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 XKR5-201ENST00000618742 4893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 AL157791.1-201ENST00000553667 1699 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 OGFOD1-209ENST00000568397 1681 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 ALAS2-202ENST00000335854 1795 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 SCNN1D-205ENST00000379116 3044 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 INTS11-204ENST00000421495 1868 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 SH3KBP1-201ENST00000379697 1944 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 MBLAC2-202ENST00000514906 1936 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 TRAPPC8-210ENST00000582513 3205 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 ZNF131-214ENST00000509634 3340 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 AGPAT1-202ENST00000375104 2017 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SMARCB1Q12824 ZSWIM8-221ENST00000604729 6075 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 107.6 ms