Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 DHPS-201ENST00000210060 1363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 FARP1-214ENST00000595437 4926 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 TSPAN11-201ENST00000261177 5505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 COL11A2-202ENST00000361917 6104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 RALGDS-202ENST00000372050 3634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 AKT1S1-205ENST00000391833 3640 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 ADAMTS2-201ENST00000251582 6754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 NDUFB7-201ENST00000215565 531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 NCR1-201ENST00000291890 1155 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 TSPO-202ENST00000337554 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 NCR1-202ENST00000338835 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 NCR1-203ENST00000350790 739 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 YIPF3-202ENST00000372422 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 AC233976.1-201ENST00000425150 451 ntTSL 3 BASIC15.64■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 PSMD13-203ENST00000431206 1591 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 AC068898.1-201ENST00000440750 335 ntTSL 3 BASIC15.64■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 AP000552.1-208ENST00000452952 576 ntTSL 4 BASIC15.64■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 AL110118.2-203ENST00000557574 554 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.64■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 AC126696.2-201ENST00000563687 522 ntTSL 3 BASIC15.64■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 FLT3LG-205ENST00000596435 1034 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 AL022328.1-201ENST00000610050 478 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 MALAT1-211ENST00000617791 394 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 ETV2-208ENST00000621247 941 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 OTULIN-201ENST00000284274 7800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 CASC2-203ENST00000435944 3270 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 PPFIBP1-216ENST00000545334 2805 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 ALG1-204ENST00000588623 2671 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 FAM84A-201ENST00000295092 6355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 PATZ1-203ENST00000351933 3638 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 B4GALNT1-201ENST00000341156 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 ELF2-202ENST00000379549 3005 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 TNFSF13-201ENST00000338784 1971 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 NFYA-202ENST00000353205 1660 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 STUM-202ENST00000366789 4093 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 PHLDA1-201ENST00000266671 8069 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 UBE2I-201ENST00000325437 2832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 RASGRF2-206ENST00000638442 2842 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 HS1BP3-203ENST00000406618 1375 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 SLCO6A1-205ENST00000506729 2689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 GOLGA8R-201ENST00000327271 1896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 HPGD-202ENST00000296522 3027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 DLGAP1-213ENST00000534970 2365 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 FAM103A1-201ENST00000304191 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 SLC35E2B-203ENST00000611123 5948 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 C21orf58-204ENST00000397682 2941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 TCEA2-203ENST00000361317 1427 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 GRK6-203ENST00000393576 2792 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 USP19-205ENST00000398898 4474 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 OSBP2-201ENST00000332585 4340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 UBXN1-201ENST00000294119 1291 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 UBXN1-202ENST00000301935 1153 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 CYTL1-201ENST00000307746 1003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 RN7SKP230-201ENST00000365642 335 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 GUK1-206ENST00000366723 845 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 GNG5-201ENST00000370641 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 FES-203ENST00000394302 2133 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 AC099552.2-201ENST00000418523 456 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 NUTM2A-AS1-212ENST00000458739 733 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 FTH1P14-201ENST00000482930 551 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 MESTP3-201ENST00000503460 968 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 CD4-210ENST00000541982 1187 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 TSPAN11-204ENST00000546076 1058 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 AC243562.3-201ENST00000559866 1212 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 GNRHR2-204ENST00000604273 1078 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 SPATA21-206ENST00000612240 603 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 ZNF385A-205ENST00000546970 2494 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 TIMP2-201ENST00000262768 3652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 LINC00476-204ENST00000429781 2825 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 SLC5A10-202ENST00000395643 1982 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 FGD5-206ENST00000543601 5768 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 TMEM230-201ENST00000202834 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 XPO6-201ENST00000304658 4422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 VCAN-211ENST00000513984 1825 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 FGR-203ENST00000374005 2729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 OSBPL5-210ENST00000525498 2733 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 CRISPLD2-203ENST00000564567 1651 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 AL138725.1-201ENST00000407347 1314 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 ICAM2-201ENST00000412356 1334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 HACD3-202ENST00000442729 1332 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 ARL10-201ENST00000310389 10845 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 ALOX15-202ENST00000570836 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 ANKRD50-202ENST00000515641 4212 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 BAG4-201ENST00000287322 4453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 KRAS-202ENST00000311936 5765 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 SH3KBP1-201ENST00000379697 1944 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 BBS1-225ENST00000630659 1934 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 SOGA3-201ENST00000465909 3756 ntTSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 PIANP-202ENST00000534837 2695 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 BCKDHA-201ENST00000269980 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 MYH11-201ENST00000300036 6029 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 ARHGEF16-203ENST00000378378 3061 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 GLT1D1-201ENST00000281703 2725 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 MYH6-202ENST00000405093 5941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 PCDHA7-201ENST00000356878 2922 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 CHI3L2-212ENST00000524472 1435 ntTSL 2 BASIC15.62■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 TRMO-203ENST00000375119 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 INO80-201ENST00000361937 6439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.62■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 PTK7-210ENST00000471863 2412 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 GTF2IRD1-201ENST00000265755 3430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
HDAC4P56524 ZBTB12BP-201ENST00000314232 1122 ntBASIC15.62■□□□□ 0.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.6 ms