Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 SMAP1-202ENST00000370452 2491 ntTSL 2 BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 CHMP1A-201ENST00000397901 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 BANP-201ENST00000286122 2368 ntTSL 5 BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 DMTN-204ENST00000415253 2394 ntTSL 5 BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 PARN-202ENST00000420015 2360 ntTSL 2 BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 GOLGA8M-201ENST00000563027 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 ZMYND10-202ENST00000360165 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 SCLT1-209ENST00000511426 1696 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 LINC02273-201ENST00000499452 1592 ntTSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 PLEKHB2-207ENST00000438882 1460 ntTSL 2 BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 NEU2-201ENST00000233840 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 MRPL34-201ENST00000252602 968 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 LSM10-201ENST00000315732 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 TCEAL1-203ENST00000372626 721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 TMEM52-203ENST00000378602 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 BLCAP-204ENST00000397135 685 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 C2orf15-202ENST00000409684 1058 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 C17orf51-202ENST00000412778 877 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 CALR4P-201ENST00000431943 946 ntBASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 AC026434.2-201ENST00000506094 1078 ntBASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 FBXL8-208ENST00000521920 574 ntTSL 4 BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 AP006547.1-201ENST00000563435 692 ntBASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 AC012645.3-203ENST00000567153 520 ntTSL 2 BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 RPS15-202ENST00000585665 467 ntTSL 3 BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 PRCD-204ENST00000586148 630 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 PRCD-210ENST00000592014 462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 THAP4-206ENST00000612200 969 ntTSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 AC006453.4-201ENST00000636949 1252 ntBASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 ASH2L-212ENST00000545394 2808 ntTSL 2 BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 BRWD1-201ENST00000333229 10141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 ZNF706-201ENST00000311212 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 HYAL1-201ENST00000266031 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 LRIT1-201ENST00000372105 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 RAI2-204ENST00000451717 2224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 FAM156A-206ENST00000612915 2233 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 DCUN1D3-201ENST00000324344 6162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 IL1RN-203ENST00000361779 1922 ntTSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 XPO6-201ENST00000304658 4422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 DACT3-203ENST00000410105 3085 ntTSL 2 BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 CIC-207ENST00000575354 5473 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 ANKRD50-202ENST00000515641 4212 ntTSL 2 BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 HCRTR1-202ENST00000373706 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 SPATA33-210ENST00000611218 1546 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 ZXDC-202ENST00000389709 3405 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 GABARAPL1-218ENST00000546017 2294 ntTSL 2 BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 RUSC1-205ENST00000368354 3114 ntTSL 2 BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 HILPDA-201ENST00000257696 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 KCNG3-202ENST00000394973 3656 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 HNF1A-211ENST00000543427 2819 ntTSL 5 BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 ARRB2-204ENST00000412477 1779 ntTSL 2 BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 DUSP11-201ENST00000272444 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 M6PR-202ENST00000536844 2305 ntTSL 3 BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 NPHP3-AS1-201ENST00000489343 2957 ntTSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 PIGT-202ENST00000279036 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 KATNA1-201ENST00000335643 1564 ntTSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 VARS2-201ENST00000321897 4073 ntTSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 CRAT-201ENST00000318080 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 CES4A-203ENST00000535696 1472 ntTSL 2 BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 KIF22-208ENST00000569382 2020 ntTSL 5 BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 AQP1-204ENST00000441328 2487 ntTSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 SLC1A7-204ENST00000611397 2499 ntTSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 SHISA9-201ENST00000423335 4043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 ACTL7B-201ENST00000374667 2379 ntAPPRIS P1 BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 VRK3-207ENST00000594092 1831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 C1QB-201ENST00000314933 1044 ntTSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 KLK11-201ENST00000319720 1198 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 ZNF248-202ENST00000374648 1286 ntTSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 KRTAP10-13P-201ENST00000412914 571 ntBASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 CD8B2-202ENST00000417670 633 ntBASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 AL355483.2-201ENST00000421637 675 ntTSL 3 BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 ZSCAN32-204ENST00000422427 1267 ntTSL 2 BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 AL589986.1-201ENST00000429230 789 ntTSL 5 BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 FNTAP2-201ENST00000430308 634 ntBASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 AC016723.1-201ENST00000430546 633 ntTSL 3 BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 FGF13-204ENST00000436198 1165 ntTSL 2 BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 AC139149.1-202ENST00000442532 783 ntTSL 3 BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 CENPM-208ENST00000472374 541 ntTSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 RPSAP36-202ENST00000494591 1261 ntBASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 CDKN2AIP-205ENST00000510928 860 ntTSL 2 BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 AC005833.2-201ENST00000527518 1249 ntTSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 EEF1DP1-201ENST00000585891 896 ntBASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 YIF1B-215ENST00000592246 936 ntTSL 3 BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 IFITM3-204ENST00000602735 713 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 CCL5-202ENST00000605140 1244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 AL096828.3-201ENST00000615354 462 ntBASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 ZNFX1-AS1_1.1-201ENST00000615787 198 ntBASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 BRF1-201ENST00000327359 2292 ntTSL 2 BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 MAGEA2-204ENST00000611674 1728 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 TRIM56-201ENST00000306085 10952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 CD5L-201ENST00000368174 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 VAC14-202ENST00000536184 2161 ntTSL 2 BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 FASN-206ENST00000634990 8407 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 CRHBP-201ENST00000274368 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 SNRPN-202ENST00000390687 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 GNB2-202ENST00000393924 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 TSC1-202ENST00000403810 1507 ntTSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 GOPC-203ENST00000535237 4460 ntTSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 ZBTB37-203ENST00000367704 2323 ntTSL 2 BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 SNAPC1-201ENST00000216294 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
HOXD3P31249 RUFY2-204ENST00000399200 2685 ntTSL 1 (best) BASIC11.59□□□□□ -0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40 ms