Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 ZBTB14-202ENST00000400143 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 CBX6-201ENST00000216083 3191 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 SLC22A6-204ENST00000458333 1521 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 MSRB3-202ENST00000355192 4289 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 PPP6R2-203ENST00000395741 3304 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 ATG3-202ENST00000402314 3010 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 ILDR1-205ENST00000462014 1612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 RGS3-208ENST00000394646 2716 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 RBM39-205ENST00000397370 612 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 MNX1-AS2-201ENST00000429228 374 ntTSL 3 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 ADH5P3-201ENST00000433842 1137 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 DNAJB3-202ENST00000449667 1266 ntBASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 PTK7-212ENST00000476760 902 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 AC018653.3-201ENST00000544657 749 ntTSL 3 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 AC009065.5-201ENST00000565937 596 ntTSL 3 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 AC009053.3-201ENST00000567148 574 ntTSL 4 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 AC008481.3-201ENST00000585656 727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 SEC11C-205ENST00000588875 718 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 LINC00623-201ENST00000613486 486 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 PDE4D-203ENST00000340635 8232 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 ASB10-204ENST00000420175 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 LINC02138-201ENST00000378340 1326 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 HCG27-201ENST00000383331 1720 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 CCT4-201ENST00000394440 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 B3GNT5-202ENST00000460419 3368 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 ZNF398-205ENST00000491174 2232 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 TGFB1I1-202ENST00000394858 1803 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 GRM1-203ENST00000361719 6754 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 OR2C3-201ENST00000366487 8467 ntAPPRIS P1 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 NFYC-205ENST00000372654 1455 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 KRT75-201ENST00000252245 2324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 KRT17-201ENST00000311208 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 GPR68-204ENST00000535815 2859 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 C15orf41-208ENST00000566621 2866 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 RHD-202ENST00000342055 1557 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 CTSD-211ENST00000637387 1597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 PDE1C-205ENST00000396191 2952 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 C12orf40-202ENST00000405531 1656 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 WRAP53-210ENST00000534050 1736 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 SPAG7-201ENST00000206020 1058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 PFN4-201ENST00000313213 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 NEK7-201ENST00000367383 586 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 NDUFA4L2-201ENST00000393825 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 RHOG-203ENST00000396979 1289 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 AL669831.5-202ENST00000457084 566 ntTSL 4 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 AC026191.1-201ENST00000491930 829 ntTSL 3 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 LINC02123-201ENST00000514869 885 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 RHOG-204ENST00000533217 886 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 LHX5-AS1-201ENST00000551357 522 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 AC007192.2-201ENST00000600364 463 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 AC091812.2-201ENST00000619081 385 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 C20orf181-201ENST00000623918 480 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 AC084121.4-201ENST00000641598 221 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 AF228730.8-201ENST00000642140 221 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 RNASE1-202ENST00000397967 1348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 CSPG4-201ENST00000308508 8290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 FOXF1-201ENST00000262426 3516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 CPSF7-205ENST00000439958 3524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 SPOCD1-201ENST00000257100 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 GLB1L3-201ENST00000389887 3566 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 NCBP2-204ENST00000427641 1946 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 USP44-203ENST00000537435 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 AC018665.1-201ENST00000622927 1362 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 TCHH-201ENST00000368804 6900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 POM121-201ENST00000358357 5320 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 ACADM-218ENST00000541113 2535 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 AC016397.2-201ENST00000624848 1985 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 FFAR4-202ENST00000371483 3653 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 DEK-201ENST00000244776 1441 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 PRRT3-203ENST00000412055 3761 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 DDO-202ENST00000368924 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 CLCNKB-204ENST00000619181 1544 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 BANP-217ENST00000479780 1551 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 AC005324.3-201ENST00000455584 5514 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 RGS9-210ENST00000635833 2308 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 CSPG4P12-202ENST00000559989 7790 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 KCNAB2-219ENST00000602612 2396 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 BTNL8-206ENST00000508408 1717 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 MKL1-202ENST00000396617 4505 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 FRZB-201ENST00000295113 3162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 NDRG4-255ENST00000570248 3207 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 MLXIPL-201ENST00000313375 3278 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 VRK3-207ENST00000594092 1831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 ADAM17-204ENST00000618923 1881 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 HGNC:18790-201ENST00000397958 2650 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 ACRBP-201ENST00000229243 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 ZNF641-201ENST00000301042 4544 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 AC019294.4-201ENST00000561777 2905 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 LGR5-201ENST00000266674 4611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 B4GALT6-201ENST00000237019 2128 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 FADS2-201ENST00000257261 2964 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 PAGE5-201ENST00000289619 741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 OR5C1-201ENST00000373680 963 ntAPPRIS P1 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 AC007388.1-210ENST00000415640 458 ntTSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 MKNK2P1-201ENST00000437526 628 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 SPDYE11-202ENST00000450699 704 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 PHF3-209ENST00000509330 2969 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 LINC01184-209ENST00000514573 609 ntTSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 NDUFA4L2-206ENST00000556732 883 ntTSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC112Q8NEF3 C14orf178-204ENST00000557011 474 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 92.6 ms