Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 ZMYND15-202ENST00000433935 2411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 MAPKAP1-204ENST00000373498 3131 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 LSS-202ENST00000397728 4936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 KYAT1-205ENST00000436267 2487 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AC036214.1-201ENST00000502766 2126 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 UCP3-202ENST00000426995 1406 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 ESRRB-207ENST00000556177 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 PHKG2-204ENST00000563588 5539 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 CLN3-229ENST00000567963 1452 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 ELN-203ENST00000320492 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 SPECC1-202ENST00000395522 2982 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 CPEB3-201ENST00000265997 4851 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 HSD17B6-201ENST00000322165 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 ABAT-203ENST00000425191 1923 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 BCAR1-205ENST00000420641 2725 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 ELAC2-201ENST00000338034 3148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 EEF1A1-202ENST00000316292 4441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 ARMC5-202ENST00000408912 3626 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 BAG4-201ENST00000287322 4453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 ARVCF-203ENST00000406259 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 PSEN2-201ENST00000366782 2465 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 SOCS2-205ENST00000548537 3733 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 HDAC9-208ENST00000417496 2524 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 MRPL43-201ENST00000299179 747 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 NAALADL1-202ENST00000355721 2100 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 KRTAP1-4-201ENST00000377747 408 ntAPPRIS P1 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 LBH-203ENST00000404397 543 ntTSL 4 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 LINC00659-201ENST00000412500 540 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 PON3-203ENST00000427422 894 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 CR589904.1-201ENST00000437830 732 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 CD81-207ENST00000481687 890 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 NEIL2-207ENST00000528323 998 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 TMEM218-210ENST00000529609 734 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 LINC01089-209ENST00000542933 1220 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AC018558.2-201ENST00000566562 480 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 MIR6074-201ENST00000612054 107 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 SELENOH-206ENST00000622257 1291 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 RAPGEF4-201ENST00000397081 4299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 CYP4B1-201ENST00000271153 2171 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 ANKRD26-201ENST00000376087 6591 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 ACY3-201ENST00000255082 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AL138725.1-201ENST00000407347 1314 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AURKC-203ENST00000448930 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 ALDH3A1-201ENST00000225740 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 EXO5-201ENST00000296380 2217 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 GNPNAT1-203ENST00000554230 2238 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 NR4A3-201ENST00000330847 4982 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AC215219.1-201ENST00000400706 1817 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 NRG2-209ENST00000541337 3723 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 RMND1-202ENST00000367303 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 CROCC-201ENST00000375541 6656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 CCNY-201ENST00000265375 4768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 CCDC187-205ENST00000638797 10126 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 PEX26-205ENST00000610387 3924 ntTSL 5 BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 SLC5A10-202ENST00000395643 1982 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 ABCG1-203ENST00000361802 3034 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 PDE4A-209ENST00000592685 2707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AC013460.1-202ENST00000435062 2253 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 IQCE-216ENST00000611775 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AHDC1-201ENST00000247087 6334 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 OSGIN1-201ENST00000343939 2391 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 DHRS4-AS1-204ENST00000555045 1848 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 IFNAR1-201ENST00000270139 6139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 RGMA-202ENST00000425933 3078 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 ZDHHC3-201ENST00000296127 3101 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 C1QB-201ENST00000314933 1044 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 HDAC8-202ENST00000373556 704 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 IGHV3-16-201ENST00000390604 425 ntAPPRIS P1 BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 TAGLN-202ENST00000392951 928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 COLEC11-205ENST00000402922 1134 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AL512638.1-201ENST00000457493 794 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AC093879.1-201ENST00000508959 1176 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 MIR210HG-203ENST00000533920 816 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AC138028.3-201ENST00000561699 213 ntTSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AL359711.2-201ENST00000563105 872 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AC004466.1-201ENST00000599515 1080 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 NPRL3-212ENST00000620134 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 KRT8P35-201ENST00000483942 1338 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 PRRG3-205ENST00000538575 1303 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 MRPL37P1-201ENST00000592451 1337 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 CUX1-215ENST00000556210 4044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 SLC7A15P-201ENST00000424028 1363 ntBASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 CEP76-201ENST00000262127 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AMIGO2-201ENST00000266581 3763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 KRT17-201ENST00000311208 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 MANBAL-204ENST00000397151 1503 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 MANBAL-205ENST00000397152 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 LINC01648-201ENST00000445180 1519 ntTSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 AMZ1-201ENST00000312371 5516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 LETMD1-206ENST00000547008 1665 ntTSL 2 BASIC16.34■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 ME2-201ENST00000321341 9415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 CENPO-202ENST00000380834 4386 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.33■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 DBNDD1-203ENST00000392973 2689 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 FAM219A-209ENST00000445726 3644 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 EML4-201ENST00000318522 5549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 CFAP52-202ENST00000396219 1912 ntTSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 RUBCNL-212ENST00000631139 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.33■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 TRIM67-201ENST00000366653 3936 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 NUBPL-201ENST00000281081 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
LIMA1Q9UHB6 UBQLN1-202ENST00000376395 4118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.33■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 70.1 ms