Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 PRDX5-202ENST00000347941 463 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 PRKN-203ENST00000366894 1157 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 AC018685.2-201ENST00000414065 547 ntTSL 4 BASIC15.08■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 CGB8-201ENST00000448456 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 HSPB7-207ENST00000487046 844 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 DOC2GP-202ENST00000514950 1163 ntBASIC15.08■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 EVX1-AS-202ENST00000519050 576 ntTSL 4 BASIC15.08■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 AC136601.1-201ENST00000521803 666 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 ERGIC1-212ENST00000523291 586 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 WDR25-203ENST00000542471 1214 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 PPHLN1-221ENST00000552761 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 RRP7BP-205ENST00000566851 833 ntBASIC15.08■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 AC011499.1-201ENST00000586012 581 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 RNA5-8SN1-201ENST00000610460 153 ntBASIC15.08■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 RNA5-8SN5-202ENST00000612463 153 ntBASIC15.08■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 RNA5-8SN4-201ENST00000613359 153 ntBASIC15.08■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 AC093512.1-201ENST00000617969 520 ntBASIC15.08■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 RNA5-8SN5-201ENST00000619471 153 ntBASIC15.08■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 KIF22-208ENST00000569382 2020 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 PCDHGA11-201ENST00000398587 4647 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 RGR-201ENST00000358110 1349 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 SUGP2-202ENST00000337018 3640 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 KIF19-202ENST00000389916 3643 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 TERT-201ENST00000310581 4018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 CTTN-202ENST00000346329 3272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 ZFPL1-201ENST00000294258 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 SH3PXD2B-203ENST00000519643 1394 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 PORCN-201ENST00000326194 1755 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 ADRB2-201ENST00000305988 3443 ntAPPRIS P1 BASIC15.08■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 AL121757.1-201ENST00000430097 1836 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 PCDHGB5-202ENST00000621169 2670 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.08■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 TPO-201ENST00000329066 3138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 INTS11-204ENST00000421495 1868 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 P2RX5-207ENST00000551178 1863 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 IL12A-201ENST00000305579 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 ECHDC2-203ENST00000371522 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 RAB5B-202ENST00000448789 1530 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 CSGALNACT1-211ENST00000522854 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 ZFHX2-205ENST00000615307 1972 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 GAD2-201ENST00000259271 2462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 KIAA1217-203ENST00000376452 6052 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 CIAPIN1-213ENST00000569370 1559 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 CTD-2194D22.4-201ENST00000514569 1635 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 TJP2-208ENST00000535702 3984 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 DMTN-203ENST00000381470 2601 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 PNPLA5-204ENST00000593866 2197 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 IRAK1-203ENST00000369980 3666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 RBFADN-204ENST00000568911 5187 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 ZNF772-202ENST00000356584 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 SP140L-204ENST00000444636 1781 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 H2BFWT-201ENST00000217926 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 C10orf62-201ENST00000370640 1208 ntAPPRIS P1 BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 ZDHHC12-201ENST00000372663 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 KRTAP10-2-201ENST00000391621 1149 ntAPPRIS P1 BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 COLEC11-205ENST00000402922 1134 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 TPT1P11-201ENST00000458482 498 ntBASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 AC092183.1-201ENST00000469884 875 ntBASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 SERF1B-208ENST00000515588 792 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 GLI4-203ENST00000517468 963 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 AC100818.1-201ENST00000524167 563 ntTSL 4 BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 AJ003147.2-201ENST00000576468 629 ntTSL 3 BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 AL390955.2-201ENST00000603032 514 ntBASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 AGAP1-213ENST00000619456 1057 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 ZNF354B-201ENST00000322434 2802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 CEP131-208ENST00000575907 3444 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 KHK-201ENST00000260598 2397 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 CHFR-204ENST00000443047 2990 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 DACH1-204ENST00000620444 4627 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 PCM1-201ENST00000325083 6820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 FERMT3-201ENST00000279227 2489 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 FERMT3-202ENST00000345728 2481 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 TRIP10-208ENST00000596758 1920 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 CDCA7-202ENST00000347703 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 BARHL2-201ENST00000370445 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 AL591623.1-201ENST00000417786 1960 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 DRC3-216ENST00000584166 1953 ntTSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 FKBP6-204ENST00000431982 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 COL1A2-201ENST00000297268 5411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 ACIN1-203ENST00000357481 2563 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 KLHDC8A-202ENST00000367156 3177 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 KCND3-201ENST00000302127 2659 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 TDRKH-204ENST00000368825 2651 ntTSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 PCDHGA6-202ENST00000610583 5650 ntAPPRIS P1 BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 RPS6KL1-210ENST00000555647 3309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 BCAR3-210ENST00000539242 2114 ntTSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 CKMT2-201ENST00000254035 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 CELF1-201ENST00000310513 4583 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 NDUFV1-202ENST00000415352 1512 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 TMEM40-204ENST00000435218 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 NMNAT3-201ENST00000296202 1569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.07■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 AC015802.6-201ENST00000640006 5654 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 SNUPN-206ENST00000564675 1682 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 CYB561-201ENST00000360793 3001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 AC055811.4-201ENST00000624039 1754 ntBASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 RUSC1-202ENST00000368347 2503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 CASC2-203ENST00000435944 3270 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 MAGIX-208ENST00000616266 3295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 PSD-209ENST00000611678 3382 ntTSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 IMPA1-201ENST00000256108 2690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
VPS39Q96JC1 PRNP-201ENST00000379440 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.06■□□□□ 0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 62.6 ms