Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 HHATL-205ENST00000441594 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 BCAT2-201ENST00000316273 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 NDRG2-202ENST00000298687 2122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 NDRG2-203ENST00000350792 2127 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 CYB5R2-201ENST00000299498 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 TEX38-201ENST00000334122 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 KRTAP12-2-201ENST00000360770 739 ntAPPRIS P1 BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 TPT1P9-201ENST00000413759 514 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 PPP1R2P4-201ENST00000424051 595 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 CRIP1P2-201ENST00000425396 228 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 AC093484.1-201ENST00000441875 477 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 GABARAPL1-203ENST00000535576 792 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 BX088702.1-201ENST00000610784 235 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 AC134878.2-201ENST00000620700 1265 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 PIK3R6-203ENST00000614407 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 SIPA1-209ENST00000534313 3521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 PAF1-201ENST00000221265 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 FAM20A-205ENST00000592554 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 RASGRP2-201ENST00000354024 2310 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 BPGM-201ENST00000344924 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 DPEP1-201ENST00000261615 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 CBFB-201ENST00000290858 3136 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 AC003986.2-201ENST00000419944 1711 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 MRPL57-201ENST00000309594 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 P2RX5-207ENST00000551178 1863 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 LXN-201ENST00000264265 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 ZNF684-201ENST00000372696 1009 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 TISP43-202ENST00000409982 1039 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 CIDEC-204ENST00000430427 877 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 PLA2G6-210ENST00000435484 612 ntTSL 4 BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 AC025171.3-201ENST00000509036 472 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 CHFR-203ENST00000432561 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 TAB2-209ENST00000637181 4230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 SCGN-202ENST00000377961 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 ICAM3-201ENST00000160262 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 GAREM2-201ENST00000401533 4161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 AC007952.5-201ENST00000572818 1486 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 RRP1-207ENST00000497547 3022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 SEMA3B-213ENST00000618865 2925 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 GINS2-201ENST00000253462 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 MPP1-205ENST00000413259 2195 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 CTCFL-210ENST00000481655 1512 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 PRODH2-201ENST00000301175 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 AC090696.1-201ENST00000419100 418 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 LINC00278-201ENST00000425031 528 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 AC027612.2-201ENST00000436174 1145 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 SELENOK-205ENST00000541726 814 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 CSRP2-207ENST00000552330 910 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 TSHR-206ENST00000554435 1089 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 LIMD2-210ENST00000582055 509 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 AC245595.2-201ENST00000620141 1144 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 ERAS-202ENST00000636362 826 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 MBIP-211ENST00000621657 1809 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 ZNF454-202ENST00000519564 2142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 ADAMTSL5-201ENST00000330475 2857 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 CD276-213ENST00000561213 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 SPO11-203ENST00000371263 1834 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 MIB2-202ENST00000378708 3012 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 NANOS3-201ENST00000339133 581 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 FCN2-202ENST00000350339 943 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 RIC3-205ENST00000425599 867 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 LYPLAL1-AS1-201ENST00000441331 724 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 RBM14-205ENST00000443702 732 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 URAHP-205ENST00000610227 398 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 AC113385.2-201ENST00000614465 762 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 LRRC6-213ENST00000620350 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 DENND5B-201ENST00000354285 3132 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 TUBAL3-201ENST00000380419 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 RHBG-204ENST00000537040 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 AL121753.2-201ENST00000624581 1461 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 LOXL3-203ENST00000409249 2431 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 ZNF586-202ENST00000396150 1977 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 AC011462.1-202ENST00000540732 1960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 RTKN-203ENST00000305557 2646 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 PRAL-201ENST00000624952 3286 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 COQ7-201ENST00000321998 2657 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 AC022532.1-201ENST00000624563 1728 ntBASIC15.08■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 RIBC1-202ENST00000375327 1420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 HIGD2B-201ENST00000311755 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 AL021453.1-201ENST00000333487 2989 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 HCRTR1-201ENST00000373705 1170 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 MAD2L2-206ENST00000376672 1002 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 RN7SKP212-201ENST00000410851 328 ntBASIC15.08■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 AC133141.1-201ENST00000443015 339 ntBASIC15.08■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 OR52X1P-201ENST00000446117 914 ntBASIC15.08■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 AC092284.1-201ENST00000511386 1289 ntBASIC15.08■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 AC079174.1-201ENST00000552486 312 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 AC010551.3-201ENST00000563772 463 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 CLDN6-203ENST00000572154 461 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 BX322562.1-201ENST00000617004 561 ntBASIC15.08■□□□□ 0.01
COL6A3P12111 TEKT4P2-202ENST00000559466 1312 ntBASIC15.08■□□□□ 0
COL6A3P12111 GRIN2C-202ENST00000347612 2929 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
COL6A3P12111 RHOT1-201ENST00000333942 3133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
COL6A3P12111 ST3GAL3-201ENST00000262915 2470 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
COL6A3P12111 ABI3-201ENST00000225941 2109 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
COL6A3P12111 PARVB-203ENST00000404989 1591 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
COL6A3P12111 FOXH1-201ENST00000377317 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
COL6A3P12111 DNM2-201ENST00000355667 3541 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
COL6A3P12111 AP4M1-205ENST00000422582 1814 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
COL6A3P12111 NGFR-201ENST00000172229 3417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.2 ms