Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 BAK1-202ENST00000374467 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 RCL1-204ENST00000381750 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 TGFB1I1-203ENST00000394863 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 PPIL6-202ENST00000424445 4031 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 KIAA1468-202ENST00000398130 6178 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 CACNA1A-240ENST00000637432 7809 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 ASAH1-221ENST00000636128 1608 ntTSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 APOLD1-201ENST00000326765 4724 ntTSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 RTF1-201ENST00000389629 5021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 NDUFC2-201ENST00000281031 2518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 FXR1-214ENST00000480918 1996 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 ATG10-202ENST00000355178 1438 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 SIX5-204ENST00000622857 1401 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 DLX3-201ENST00000434704 2602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 TNPO2-218ENST00000592287 2914 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 PDHX-201ENST00000227868 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 TMEM201-201ENST00000340305 3851 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 PID1-202ENST00000392054 2745 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 CLPB-209ENST00000538039 3078 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 BRD1-205ENST00000457780 4997 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 SLC35G1-201ENST00000371408 3490 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 GMNN-201ENST00000230056 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 SIVA1-202ENST00000347067 550 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 AC093423.3-201ENST00000370453 654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 COLEC11-205ENST00000402922 1134 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 UBE2F-202ENST00000409332 1138 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 FAM8A3P-201ENST00000427218 844 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 AL022068.1-202ENST00000432171 794 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 U52111.1-201ENST00000434284 914 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 OST4-202ENST00000447619 458 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 AL627443.1-201ENST00000456477 1035 ntTSL 3 BASIC18.4■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 SLC16A9-202ENST00000395348 4178 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 NFE2L1-214ENST00000582155 1998 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 PRPS2-203ENST00000398491 1348 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 PLAU-202ENST00000446342 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 TBC1D1-219ENST00000615497 2383 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 CABLES2-201ENST00000279101 3785 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 KRT8P44-201ENST00000441609 1350 ntBASIC18.4■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 CALM3-212ENST00000599839 1355 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 AMBP-201ENST00000265132 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 UBE3A-209ENST00000625778 3217 ntTSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 SF1-205ENST00000377394 2854 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 NIN-203ENST00000382041 6496 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 AL121757.1-201ENST00000430097 1836 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 FUK-201ENST00000288078 4081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 GLB1L2-205ENST00000535456 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 RHOH-224ENST00000622175 2254 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.39■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 AC012414.7-201ENST00000621235 1507 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 FBN2-205ENST00000508989 4987 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.54
BRPF3Q9ULD4 LZTS1-201ENST00000265801 5459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 NFIC-201ENST00000341919 1573 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 TOE1-201ENST00000372090 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 KBTBD4-202ENST00000430070 2372 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 AC009690.1-201ENST00000379915 4374 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 SPATA21-201ENST00000335496 2015 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 IFNAR1-201ENST00000270139 6139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 PCDHA3-202ENST00000532566 4594 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 AUTS2-217ENST00000611706 4583 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 PRRG1-203ENST00000463135 1663 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 FADS2-210ENST00000522056 1689 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 TNFRSF11A-206ENST00000617039 3756 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 ACADM-218ENST00000541113 2535 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 SIGLEC16-202ENST00000602139 2510 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 B4GALT6-201ENST00000237019 2128 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 HCST-201ENST00000246551 613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 PTTG1-202ENST00000393964 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 EFHD1-202ENST00000409613 1156 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 AC015922.1-201ENST00000421102 1152 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 AL669970.3-201ENST00000435284 428 ntTSL 3 BASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 TMPRSS11CP-201ENST00000453277 683 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 AL161908.2-201ENST00000457964 394 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 FAU-205ENST00000527548 538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 AP000943.3-201ENST00000536540 954 ntTSL 3 BASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 PSMD7-204ENST00000567958 692 ntTSL 3 BASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 PRR29-204ENST00000577953 565 ntTSL 4 BASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 AC141424.1-203ENST00000599026 887 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 SLC32A1-201ENST00000217420 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 AC134312.1-201ENST00000378417 3468 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 HSPH1-202ENST00000380405 3480 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 TRMT1-201ENST00000221504 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 STIP1-201ENST00000305218 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 KRT15-201ENST00000254043 5237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 ZNF84-202ENST00000392319 7020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 URAHP-202ENST00000409873 1349 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 SLC2A4-204ENST00000571308 1768 ntTSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 MAPKAP1-204ENST00000373498 3131 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 GRIN1-206ENST00000371559 3577 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 CARNMT1-202ENST00000376834 4130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 MFSD11-217ENST00000590514 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 PDE3A-201ENST00000359062 7576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 MED22-209ENST00000610888 3867 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 FAM153B-220ENST00000515817 1966 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 CNTN1-203ENST00000547702 3033 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 CDPF1-204ENST00000404744 1541 ntTSL 3 BASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 SLC22A6-204ENST00000458333 1521 ntTSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 MLXIPL-204ENST00000414749 3224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 CACNA1A-202ENST00000573710 7569 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 SNHG22-201ENST00000589499 1615 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 SYDE1-201ENST00000342784 3264 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
BRPF3Q9ULD4 HS2ST1-201ENST00000370550 6736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.3 ms