Protein–RNA interactions for Protein: P62684

HERVK_113, Endogenous retrovirus group K member 113 Gag polyprotein, humanhuman

Predictions only

Length 666 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HERVK_113P62684 AC100818.1-201ENST00000524167 563 ntTSL 4 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 CCKBR-204ENST00000531712 463 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 MRPL51-202ENST00000537701 601 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 AL161670.2-201ENST00000557650 1227 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 AC106738.2-201ENST00000559802 557 ntTSL 4 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 C1QTNF1-AS1-202ENST00000581579 865 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 AL133499.1-201ENST00000596207 608 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 AC008763.1-201ENST00000601797 843 ntTSL 3 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 PCBP2-OT1-201ENST00000634357 590 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 AC002472.3-201ENST00000640124 621 ntBASIC17.38■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 NR1H3-235ENST00000616973 1919 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 ANKRD23-201ENST00000318357 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 RGPD5-202ENST00000272454 2907 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 ISCA2-204ENST00000556816 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 SLC6A13-203ENST00000445055 1950 ntTSL 2 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 DRC3-216ENST00000584166 1953 ntTSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 MLPH-203ENST00000409373 2031 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 TIRAP-203ENST00000392680 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 PRRT2-207ENST00000572820 2403 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.38■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 STK40-202ENST00000373129 3846 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 NDRG2-202ENST00000298687 2122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 NDRG2-203ENST00000350792 2127 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 ING1-203ENST00000375774 2870 ntTSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 AC023024.1-201ENST00000558838 2590 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 SEC13-208ENST00000397109 1467 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 PLEKHB2-207ENST00000438882 1460 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 PDE4C-202ENST00000355502 5979 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 SPRY1-207ENST00000610581 2608 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 POM121-203ENST00000434423 3750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 SNX5-202ENST00000377768 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 TMEM184C-204ENST00000508208 1528 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 B4GALT3-201ENST00000319769 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 APBB1-218ENST00000608655 1920 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 NFATC1-207ENST00000545796 3558 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 TRIM62-204ENST00000543586 1638 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 WASH3P-204ENST00000558784 1644 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 NDRG2-206ENST00000397844 2096 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 RHOG-203ENST00000396979 1289 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 LINC02158-201ENST00000432377 897 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 RHOG-204ENST00000533217 886 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 FAM86B1-218ENST00000534520 808 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 AL928654.3-201ENST00000552675 445 ntTSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 AC100827.2-201ENST00000563214 1194 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 CMTM3-215ENST00000568477 687 ntTSL 3 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 AL445483.1-201ENST00000568695 736 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 SPCS2P2-201ENST00000603270 608 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 MIR6727-201ENST00000620702 65 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 LINC01669-205ENST00000624561 713 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 CLIC6-202ENST00000360731 3860 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 MROH6-201ENST00000398882 3469 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 CREB3L3-201ENST00000078445 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 WDR45-224ENST00000485908 1301 ntTSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 LAPTM4A-201ENST00000175091 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 PPP1R21-201ENST00000281394 3137 ntTSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 EXOC7-213ENST00000467929 2260 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 RAD23B-201ENST00000358015 4119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 MTCL1-205ENST00000517570 6009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 BPIFB2-201ENST00000170150 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 INE2-201ENST00000630399 1874 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 ZNF212-201ENST00000335870 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 QRICH2-205ENST00000636395 5677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 ALOX15B-204ENST00000572022 2396 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 MECR-202ENST00000373791 2416 ntTSL 2 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 SCML4-201ENST00000369020 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 C6orf223-201ENST00000336600 3581 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 AC105250.1-201ENST00000509378 2057 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 AC009093.2-202ENST00000620513 2079 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 CA10-203ENST00000451037 3189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 TSPAN3-201ENST00000267970 6467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 CICP24-201ENST00000605464 2705 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 RAI1-201ENST00000353383 7662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 ETV5-206ENST00000434744 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 CRISPLD2-203ENST00000564567 1651 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 STMN1-203ENST00000399728 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 SCRIB-202ENST00000356994 5218 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 SERPING1-204ENST00000378324 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 P3H1-201ENST00000236040 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 B3GALNT1-203ENST00000392781 3606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 AC087481.3-201ENST00000602886 1894 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 TBC1D3P5-202ENST00000581469 2513 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 HMGN3-201ENST00000275036 831 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 HMGN3-202ENST00000344726 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 AC011450.1-202ENST00000358234 573 ntTSL 4 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 FGF14-202ENST00000376143 744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 IGHV3-21-201ENST00000390607 430 ntAPPRIS P1 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 MPV17-204ENST00000399052 749 ntTSL 4 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 AC007274.2-201ENST00000421675 662 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 C14orf178-202ENST00000439131 632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 FTLP1-201ENST00000449155 526 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 CDC23-208ENST00000505120 455 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 HNRNPA1P36-201ENST00000521313 955 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 GATD1-205ENST00000524550 995 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 AP003065.1-201ENST00000540912 562 ntTSL 4 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 CD63-214ENST00000552692 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 RANGRF-205ENST00000580434 749 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 LGALS9C-215ENST00000584941 1104 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 CROCCP3-204ENST00000590118 574 ntTSL 4 BASIC17.36■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 AF254983.2-201ENST00000612331 135 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 AC090616.6-203ENST00000579186 1945 ntBASIC17.36■□□□□ 0.37
HERVK_113P62684 CXorf40B-202ENST00000370404 1316 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66 ms