Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 ALDH3A2-221ENST00000581518 2785 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 CLCN7-202ENST00000382745 4720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 ZNF7-202ENST00000446747 2242 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 EPHA5-202ENST00000354839 3427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 FIS1-201ENST00000223136 734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 EIF3G-201ENST00000253108 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 MAPK15-203ENST00000395108 765 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 IFITM3-201ENST00000399808 808 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 KLK4-202ENST00000431178 481 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 MRPL36-204ENST00000508987 686 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 FAM86HP-204ENST00000513466 959 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 AC093525.1-201ENST00000569317 596 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 RN7SL560P-201ENST00000577943 264 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 EEF1DP1-201ENST00000585891 896 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 CYGB-203ENST00000589145 788 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 AC003070.2-201ENST00000589730 386 ntTSL 3 BASIC15.11■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 ZNF347-208ENST00000601804 496 ntTSL 4 BASIC15.11■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 NKPD1-201ENST00000317951 4233 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 TMEM258-207ENST00000543510 1692 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 ARNT2-209ENST00000622346 2932 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 CICP14-201ENST00000629111 2732 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 NAXD-202ENST00000424185 2311 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 SNX2-201ENST00000379516 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 BCAR3-210ENST00000539242 2114 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 SCAF11-204ENST00000395454 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 USP42-201ENST00000306177 5155 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.11■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 ANKRD33-202ENST00000340970 1507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 CD27-201ENST00000266557 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 FXYD3-202ENST00000346446 1320 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 TUBB1P2-201ENST00000422712 1306 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 TUBB1P1-201ENST00000503144 1300 ntBASIC15.11■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 CNOT3-204ENST00000447684 2765 ntTSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 KHK-201ENST00000260598 2397 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.11■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 DUOX1-202ENST00000389037 5483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 SLC5A7-202ENST00000409059 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 IDH2-201ENST00000330062 2694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 KDM6A-212ENST00000543216 5655 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 LAMC1-201ENST00000258341 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 EIF4G3-212ENST00000602326 6196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 TNKS1BP1-207ENST00000532437 5952 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 RBM12-201ENST00000359646 5332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 INPP4A-202ENST00000409016 9996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 LINC01136-203ENST00000457348 2539 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 PER1-201ENST00000317276 4707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 PTGES3L-AARSD1-202ENST00000409103 1670 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 ALPL-207ENST00000540617 2131 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 RER1-203ENST00000378513 3000 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 TSC2-202ENST00000350773 5532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 SH3KBP1-201ENST00000379697 1944 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 TMEM230-201ENST00000202834 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 CPSF7-205ENST00000439958 3524 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 ST7L-207ENST00000369669 1743 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 TPGS2-202ENST00000383056 1726 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 TEX29-201ENST00000283547 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 ANAPC11-202ENST00000357385 881 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 NCR3-204ENST00000376073 1097 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 TISP43-201ENST00000409793 538 ntTSL 4 BASIC15.1■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 LINC02158-201ENST00000432377 897 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 AP000350.4-201ENST00000433835 788 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 KLC4-205ENST00000458460 1251 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 CDC23-208ENST00000505120 455 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 RIT1-205ENST00000539040 919 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 AP002360.2-202ENST00000572035 738 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 AL121944.1-201ENST00000605945 686 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 LINC00658-202ENST00000420529 1542 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 REXO1L6P-201ENST00000603433 1515 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 CICP24-201ENST00000605464 2705 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 NEBL-203ENST00000417816 3008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 BCAT2-201ENST00000316273 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 TRMT11-201ENST00000334379 1565 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 OGFOD2-202ENST00000397389 2308 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 GOLGA8R-201ENST00000327271 1896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 NEK2-201ENST00000366998 1865 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 PLEKHG3-202ENST00000394691 4397 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 AP002414.2-201ENST00000591780 3365 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 AGAP4-208ENST00000618171 2387 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 ST3GAL3-209ENST00000361400 2195 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 RUBCNL-212ENST00000631139 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 STYXL1-201ENST00000248600 1415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 SIK3-201ENST00000375300 6213 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 EIF4G1-202ENST00000346169 5516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 FASTKD5-201ENST00000380266 2874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 LINC02395-201ENST00000546821 3157 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 RABL2B-202ENST00000395590 2380 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 RNF157-AS1-204ENST00000590137 1812 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 TSHR-202ENST00000342443 1281 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 SMIM11A-203ENST00000399299 1033 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 ZNF815P-202ENST00000422825 805 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 GOLGA2P4-201ENST00000441462 777 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 FAM162A-202ENST00000469967 1015 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 NCK2-206ENST00000522586 490 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 VPS18-202ENST00000558474 873 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 AC010491.1-202ENST00000567048 528 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 CYBA-208ENST00000567174 1085 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 AC024941.2-201ENST00000625763 493 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 AL590644.3-201ENST00000635428 1228 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 MED15-202ENST00000292733 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 USP35-204ENST00000530267 2419 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 STAT1-203ENST00000392323 2723 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
LHX3Q9UBR4 RIMS1-210ENST00000491071 5047 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 71.9 ms