Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 UNC13A-204ENST00000550896 5200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 PLPP3-201ENST00000371250 3292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 CNKSR1-214ENST00000531191 2673 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 CMTM3-203ENST00000460097 1797 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 HS1BP3-203ENST00000406618 1375 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 EDN2-201ENST00000372587 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 MASP2-202ENST00000400898 726 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 ZNF815P-202ENST00000422825 805 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 AP001790.1-201ENST00000511947 570 ntTSL 4 BASIC15.17■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 AC005865.1-202ENST00000543036 641 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 AC012645.3-203ENST00000567153 520 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 GLIS2-AS1-201ENST00000576080 340 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 SLC35G4-201ENST00000588001 1017 ntAPPRIS P1 BASIC15.17■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 AC020911.1-201ENST00000591038 578 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 AC004466.1-201ENST00000599515 1080 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 AL033527.4-201ENST00000641026 673 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 PXK-204ENST00000383716 3035 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 RUNX1-202ENST00000344691 7274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 PLD3-204ENST00000409281 2115 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 TUBA8-202ENST00000330423 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 AL365199.1-201ENST00000421320 1714 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 TGFB1-201ENST00000221930 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 DMTN-202ENST00000358242 2772 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 CABP4-201ENST00000325656 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 RABEPK-206ENST00000628863 1537 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 SCARB1-202ENST00000339570 3329 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 CCDC85A-201ENST00000407595 3982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 PGR-210ENST00000619228 3038 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 REXO1L2P-201ENST00000425429 2069 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 LINC01010-201ENST00000431422 2069 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 PID1-202ENST00000392054 2745 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 DSE-202ENST00000359564 4037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 CYP27B1-201ENST00000228606 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 HYAL1-201ENST00000266031 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 TBC1D2-203ENST00000375064 3174 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 DNM1-208ENST00000486160 3181 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 MAGEA12-201ENST00000357916 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 FANCA-213ENST00000563673 1694 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 WAPL-202ENST00000298767 6333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 SYNGR2-207ENST00000590201 2239 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 TET2-207ENST00000513237 10166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 TET2-209ENST00000540549 10166 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 FGF1-201ENST00000337706 1469 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 DNAJC19-201ENST00000382564 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 UVSSA-206ENST00000507531 2597 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 ULK4-203ENST00000420927 1904 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 BRAT1-201ENST00000340611 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 GRAMD4-202ENST00000406902 4484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 HDHD3-201ENST00000238379 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 UPK3A-201ENST00000216211 1051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 LCN9-201ENST00000277526 531 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 UBXN1-202ENST00000301935 1153 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 TPM2-202ENST00000360958 1189 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 RPF1-202ENST00000370656 724 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 SNX21-203ENST00000372541 771 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 DBI-203ENST00000393103 599 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 DRGX-202ENST00000434016 955 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 FAM162A-202ENST00000469967 1015 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 ROPN1-207ENST00000484329 566 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 COX14-203ENST00000550487 739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 AC106820.3-201ENST00000561653 397 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 YIF1B-215ENST00000592246 936 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 SCN1B-204ENST00000596348 1176 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 AC010328.2-201ENST00000597698 1111 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 AC008750.3-201ENST00000601148 437 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 SMIM22-211ENST00000615889 1047 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 LCN9-204ENST00000619315 528 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 AC093326.2-201ENST00000640770 729 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 IQCE-203ENST00000402050 6844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 SH2B1-201ENST00000322610 3095 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 SLC25A4-201ENST00000281456 4440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 SLC40A1-201ENST00000261024 3442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 NUCKS1-201ENST00000367142 6496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 ADHFE1-203ENST00000396623 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 MIF4GD-208ENST00000579297 1419 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 TSPAN5-201ENST00000305798 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 KIAA1755-206ENST00000496900 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 AC073264.3-201ENST00000636941 2577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 CENPBD1P1-204ENST00000487264 1308 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 TMPRSS4-214ENST00000523251 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 PHLDB1-202ENST00000361417 5753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 DCTN1-203ENST00000409240 4365 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 NYAP1-201ENST00000300179 3581 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 TINF2-202ENST00000399423 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 KCNJ18-201ENST00000567955 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 GRAMD1C-201ENST00000358160 4177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 TACR2-201ENST00000373306 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 NRCAM-217ENST00000613830 3025 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 NRIP1-203ENST00000400202 7671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 PCDHGB8P-201ENST00000502926 1973 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 EPS8L2-218ENST00000530636 2469 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 GOLGA8M-201ENST00000563027 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 CORO2B-201ENST00000261861 3569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 CORO2B-204ENST00000566799 3566 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 ANGPTL8-201ENST00000252453 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 NPPC-201ENST00000295440 500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 SPAG11B-203ENST00000359758 612 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 TCEAL1-203ENST00000372626 721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 APOC3-202ENST00000375345 604 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
DKK3Q9UBP4 IFITM3-201ENST00000399808 808 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.5 ms