Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 PCK2-203ENST00000545054 2505 ntTSL 2 BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 RBM26-203ENST00000438737 4132 ntTSL 5 BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 TSPAN14-210ENST00000616406 2436 ntTSL 2 BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 POP4-201ENST00000221770 2321 ntTSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 PCED1B-202ENST00000546455 2328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 RIMS1-210ENST00000491071 5047 ntTSL 5 BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AGAP7P-201ENST00000582299 2062 ntBASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AGAP14-201ENST00000624701 2060 ntBASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AC026748.1-201ENST00000624349 3251 ntBASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 PRPH-201ENST00000257860 3245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 LEKR1-209ENST00000491763 1940 ntTSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 GOLGA8M-201ENST00000563027 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 TNIP1-219ENST00000524280 1716 ntTSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 RTN4IP1-201ENST00000369063 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 CECR7-202ENST00000441006 2726 ntTSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 NSUN5P1-204ENST00000428392 1562 ntTSL 2 BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AP2A2-201ENST00000332231 4656 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 NFATC1-218ENST00000592223 2531 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 PI4K2B-201ENST00000264864 3540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 LRRC47-201ENST00000378251 4310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 PITPNM1-202ENST00000436757 4216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 ARF6-201ENST00000298316 3865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AHNAK-201ENST00000257247 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 RAB41-201ENST00000276066 1071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 RAB41-202ENST00000374473 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 ZNF165-201ENST00000377325 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 BRF1-202ENST00000379932 884 ntTSL 5 BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 BANF1-202ENST00000445560 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 CGB8-201ENST00000448456 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 LDHBP1-201ENST00000455730 1119 ntBASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AC091804.1-201ENST00000486888 567 ntBASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AC105129.2-201ENST00000559536 390 ntBASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 FDPS-221ENST00000612683 1198 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AC145423.3-201ENST00000615987 467 ntBASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AC004834.1-204ENST00000640670 1055 ntTSL 5 BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 KAT5-202ENST00000352980 2059 ntTSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 CUX1-213ENST00000549414 4452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 IFT140-203ENST00000426508 5270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 MUM1-201ENST00000415183 2837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 SYT6-201ENST00000369547 4369 ntTSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 PLD3-201ENST00000356508 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 FLJ42969-201ENST00000514926 1948 ntTSL 2 BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 ALG1-204ENST00000588623 2671 ntTSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 PAK1-210ENST00000528203 1878 ntTSL 2 BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 NEDD4L-202ENST00000356462 3335 ntTSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AP4M1-201ENST00000359593 1817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AP4M1-206ENST00000429084 1836 ntTSL 5 BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 MICALL1-201ENST00000215957 4710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 CCAR2-202ENST00000389279 3980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 ALOX12B-201ENST00000319144 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AC009961.1-203ENST00000607836 2520 ntTSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 SEPT8-212ENST00000458488 1726 ntTSL 5 BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AC006058.4-201ENST00000624016 1670 ntBASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 C20orf202-201ENST00000400633 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 PKIA-202ENST00000396418 4163 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 BUD13-201ENST00000260210 2196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 CTBP1-AS2-205ENST00000578730 2757 ntTSL 2 BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AGTPBP1-201ENST00000337006 4473 ntTSL 5 BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 FAM86B1-216ENST00000533852 2043 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 SCAF1-201ENST00000360565 4306 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 ADHFE1-203ENST00000396623 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AL157414.3-201ENST00000624276 1954 ntBASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 COPS7B-224ENST00000620578 2500 ntTSL 2 BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 RNF25-201ENST00000295704 1914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 ELF2-202ENST00000379549 3005 ntTSL 2 BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 PITX2-205ENST00000394598 1906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 PDIA4-201ENST00000286091 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 OPCML-IT1-201ENST00000533859 2936 ntTSL 2 BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 SNAPC4-201ENST00000298532 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 PPP1R3G-201ENST00000405617 4907 ntAPPRIS P1 BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 DNAJC14-201ENST00000317269 3330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 CACNG5-201ENST00000307139 926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AL022323.1-201ENST00000366110 957 ntTSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 ITPA-202ENST00000399838 897 ntTSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 TMEM243-202ENST00000423734 601 ntTSL 2 BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 EIF3FP3-201ENST00000434851 1086 ntBASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 MTX1P1-201ENST00000440904 838 ntBASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 YIF1A-210ENST00000496746 667 ntTSL 2 BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 GAPDHP40-201ENST00000505218 1006 ntBASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AC012640.1-201ENST00000509915 688 ntTSL 3 BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AC090735.1-201ENST00000523881 488 ntTSL 4 BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 ENPP7P5-201ENST00000541031 1031 ntBASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 TUBB8-202ENST00000562809 820 ntTSL 5 BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AC009133.1-202ENST00000563806 494 ntTSL 3 BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AC139099.3-201ENST00000572850 472 ntTSL 5 BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 WDR45-230ENST00000634559 1192 ntTSL 5 BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 ZNF772-202ENST00000356584 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 AC244021.1-201ENST00000417218 3662 ntTSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 NOS2P2-202ENST00000639528 1659 ntTSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 TMEM169-204ENST00000437356 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 ZEB1-AS1-208ENST00000607166 2503 ntBASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 STRA6-218ENST00000574278 2455 ntTSL 2 BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 UBE3B-212ENST00000540230 1541 ntTSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 CRB2-201ENST00000359999 3659 ntTSL 2 BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 LIPE-AS1-205ENST00000594688 2383 ntTSL 2 BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 PXN-221ENST00000637617 3246 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 PKIG-204ENST00000372889 1489 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 MGEA5-202ENST00000361464 5155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 LINC00691-201ENST00000432505 2232 ntTSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
CHD3Q12873 TRPC6-203ENST00000360497 2631 ntTSL 1 (best) BASIC12.99□□□□□ -0.33
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