Protein–RNA interactions for Protein: P51956

NEK3, Serine/threonine-protein kinase Nek3, humanhuman

Predictions only

Length 506 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NEK3P51956 TDRD10-201ENST00000368480 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
NEK3P51956 LDLR-202ENST00000455727 2333 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
NEK3P51956 GRN-201ENST00000053867 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
NEK3P51956 SLC35A3-209ENST00000638338 2890 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
NEK3P51956 E2F6-212ENST00000546212 3191 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
NEK3P51956 SIGLEC8-203ENST00000430817 1528 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
NEK3P51956 SBF1-201ENST00000348911 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
NEK3P51956 TRIM17-203ENST00000366697 2652 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
NEK3P51956 KRTAP19-3-201ENST00000334063 522 ntAPPRIS P1 BASIC15.6■□□□□ 0.09
NEK3P51956 VAPA-201ENST00000340541 1227 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
NEK3P51956 ATP1A1-AS1-202ENST00000369492 1011 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
NEK3P51956 TEX30-203ENST00000376022 828 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
NEK3P51956 PGGT1B-202ENST00000379615 903 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
NEK3P51956 IFT20-203ENST00000395418 825 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
NEK3P51956 RPL5P21-201ENST00000404620 815 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
NEK3P51956 SNHG11-209ENST00000440918 556 ntTSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
NEK3P51956 AC017116.1-201ENST00000445938 708 ntTSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
NEK3P51956 AC068587.3-201ENST00000526613 355 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
NEK3P51956 ST8SIA2-202ENST00000539113 1089 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
NEK3P51956 AC008969.1-205ENST00000553254 876 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
NEK3P51956 AC009133.2-201ENST00000566537 547 ntTSL 4 BASIC15.6■□□□□ 0.09
NEK3P51956 AC133550.2-201ENST00000567731 544 ntTSL 4 BASIC15.6■□□□□ 0.09
NEK3P51956 AP001063.1-201ENST00000568332 529 ntBASIC15.6■□□□□ 0.09
NEK3P51956 IFT20-216ENST00000588477 774 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
NEK3P51956 TBCB-211ENST00000589996 724 ntTSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
NEK3P51956 FAM160B1-202ENST00000369248 5810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
NEK3P51956 CHIA-201ENST00000343320 1624 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
NEK3P51956 PCCB-218ENST00000490504 1613 ntTSL 3 BASIC15.6■□□□□ 0.09
NEK3P51956 ZC3HAV1-204ENST00000471652 3182 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
NEK3P51956 CEACAM19-202ENST00000403660 1982 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
NEK3P51956 RAB2A-201ENST00000262646 3848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
NEK3P51956 SPATA21-201ENST00000335496 2015 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
NEK3P51956 NR6A1-205ENST00000487099 7031 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
NEK3P51956 RAB29-201ENST00000235932 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
NEK3P51956 STMN1-203ENST00000399728 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
NEK3P51956 BCL9L-202ENST00000526143 5514 ntTSL 5 BASIC15.6■□□□□ 0.09
NEK3P51956 TCEA2-203ENST00000361317 1427 ntTSL 2 BASIC15.6■□□□□ 0.09
NEK3P51956 UBAC2-AS1-201ENST00000426037 1771 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 HNRNPR-204ENST00000427764 1788 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 KCNQ4-201ENST00000347132 4099 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 KLK6-203ENST00000391808 1478 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 SLC18A2-201ENST00000298472 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 CAMKK2-203ENST00000347034 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 FNDC1-201ENST00000297267 6552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 ZCCHC17-206ENST00000616393 1534 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 DUOXA1-216ENST00000613425 1867 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 MSI1-201ENST00000257552 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 DPEP1-201ENST00000261615 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 RBPMS-201ENST00000287771 2974 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 PWWP2A-201ENST00000307063 3346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 DGAT2L6-201ENST00000333026 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 XAF1-201ENST00000346752 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 TRIP10-208ENST00000596758 1920 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 FP565260.6-204ENST00000620528 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 POLR2J-201ENST00000292614 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 PDGFB-202ENST00000381551 1125 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 IGHV3-16-201ENST00000390604 425 ntAPPRIS P1 BASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 BOLA2P3-201ENST00000404566 256 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 GNB3-202ENST00000435982 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 SFTPC-202ENST00000437090 773 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 C19orf24-202ENST00000469144 668 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 LINC01585-201ENST00000500496 1295 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 SLC25A47P1-201ENST00000531577 414 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 TROAP-207ENST00000548311 623 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 AC010491.1-203ENST00000564167 638 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 CLUHP6-201ENST00000580789 941 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 PIH1D1-209ENST00000596049 992 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 AL512343.1-201ENST00000605837 169 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 AC015819.2-201ENST00000618730 555 ntTSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 Metazoa_SRP.80-201ENST00000619894 320 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 GPR39-203ENST00000622084 900 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 AC005252.2-201ENST00000624630 1141 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 USP35-204ENST00000530267 2419 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 CICP11-201ENST00000434745 2827 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 TOR2A-202ENST00000373281 2477 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 GUCD1-206ENST00000435822 3613 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 OGDH-204ENST00000443864 1744 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 PRSS30P-203ENST00000476276 2855 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 AC018665.1-201ENST00000622927 1362 ntBASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 EEF1AKMT3-201ENST00000300209 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 TJP3-202ENST00000541714 3350 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 ESRP2-202ENST00000473183 3793 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 SPIB-201ENST00000270632 1443 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 RAD51D-203ENST00000394589 2287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 LIMS1-202ENST00000338045 1876 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 MUTYH-206ENST00000372115 1888 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
NEK3P51956 ARHGAP9-213ENST00000550288 2818 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
NEK3P51956 ACP5-202ENST00000412435 1527 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
NEK3P51956 TNXB-209ENST00000613214 6842 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.09
NEK3P51956 ADAM15-203ENST00000356955 2949 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
NEK3P51956 AC084364.1-201ENST00000551967 1556 ntBASIC15.58■□□□□ 0.09
NEK3P51956 REXO1L2P-201ENST00000425429 2069 ntBASIC15.58■□□□□ 0.09
NEK3P51956 TRIM62-204ENST00000543586 1638 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.09
NEK3P51956 CHN2-201ENST00000222792 3530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
NEK3P51956 SLC52A3-202ENST00000381944 3060 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
NEK3P51956 C18orf25-203ENST00000615052 5462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
NEK3P51956 IL21R-AS1-201ENST00000563191 2615 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
NEK3P51956 COL5A1-201ENST00000371817 8471 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
NEK3P51956 DUS4L-201ENST00000265720 2220 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
NEK3P51956 TRIM67-202ENST00000444294 9320 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34 ms