Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 TEX48-202ENST00000612244 662 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 AC073263.1-201ENST00000616370 494 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 RARG-202ENST00000394426 2640 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 PORCN-201ENST00000326194 1755 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 USP37-202ENST00000338465 1771 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 LSM6-201ENST00000296581 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 LRCH3-202ENST00000414675 2299 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 PEX5-206ENST00000434354 2253 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 RNF216-202ENST00000389902 3293 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 LINC00863-201ENST00000439559 3287 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 GTF2IRD1-202ENST00000424337 3077 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 UNG-201ENST00000242576 2071 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 PML-201ENST00000268058 4508 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 HIST3H2BB-201ENST00000620438 2364 ntAPPRIS P1 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 HMGA1-204ENST00000401473 1887 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 PPP5D1-201ENST00000414155 1882 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 SIGLEC6-205ENST00000425629 1852 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 ATP2A3-202ENST00000352011 3274 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 OFD1-202ENST00000380550 3296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 ACOT9-201ENST00000336430 1675 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIG3P49916 PGLYRP2-201ENST00000292609 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 TMEM92-201ENST00000300433 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 VSIR-201ENST00000394957 4689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 SPOCK3-218ENST00000511531 2908 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 UMODL1-AS1-201ENST00000329015 2141 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 RBL1-201ENST00000344359 3225 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 NOX5-209ENST00000530406 2289 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 PDGFA-201ENST00000354513 1308 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 PFDN4-201ENST00000371419 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 Z98749.3-201ENST00000400206 1770 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 TNFRSF11A-206ENST00000617039 3756 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 APBB1-217ENST00000608645 1925 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 PCYOX1L-201ENST00000274569 2546 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 RUSC1-204ENST00000368352 3403 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 TAAR5-201ENST00000258034 1014 ntAPPRIS P1 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 LINC00266-1-201ENST00000279067 928 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 CCDC182-201ENST00000299415 832 ntAPPRIS P1 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 SYCE1-202ENST00000343131 1113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 EFNA4-201ENST00000359751 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 CLDN19-202ENST00000372539 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 LINC01121-201ENST00000378479 1095 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 PQLC3-202ENST00000402361 696 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 AL035633.1-201ENST00000406139 838 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 PELP1-202ENST00000436683 3524 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 LINC01818-201ENST00000437118 368 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 EEF1DP4-201ENST00000446006 880 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 AC006001.2-201ENST00000448096 393 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 AC087521.1-201ENST00000501541 2045 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 AC055854.1-201ENST00000523627 570 ntTSL 4 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 RAB35-202ENST00000534951 939 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 NDRG4-255ENST00000570248 3207 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 AURKB-214ENST00000585124 1227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 KLK3-204ENST00000593997 1035 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 SNHG8-201ENST00000602414 672 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 SNHG8-205ENST00000602819 470 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 AL109936.8-201ENST00000641772 604 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 KLHDC7A-201ENST00000400664 5145 ntAPPRIS P1 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 TNK2-202ENST00000381916 4223 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 PAM-201ENST00000304400 3156 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 NFATC4-207ENST00000553469 2566 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 MPP2-208ENST00000520305 2111 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 PITPNM2-201ENST00000280562 6785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 FKBP6-202ENST00000413573 1507 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 IDH3G-204ENST00000427365 1526 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 GLMP-213ENST00000612353 1365 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 GLMP-215ENST00000622703 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 LMAN2L-201ENST00000264963 2397 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 ANO6-202ENST00000423947 5504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 SFSWAP-201ENST00000261674 3246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 CDYL2-203ENST00000562812 2086 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 CDYL2-204ENST00000563890 2086 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 CDYL2-205ENST00000566173 2086 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 ZNF362-201ENST00000373428 2936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIG3P49916 CMBL-201ENST00000296658 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIG3P49916 CCDC28A-201ENST00000332797 1496 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIG3P49916 LAT-202ENST00000360872 1459 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIG3P49916 AL163636.2-201ENST00000553909 1498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIG3P49916 AC067750.1-201ENST00000608826 6545 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
LIG3P49916 DLX4-201ENST00000240306 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIG3P49916 NFATC4-219ENST00000555167 4364 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIG3P49916 RNF34-202ENST00000392464 1722 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIG3P49916 AC010424.3-201ENST00000635510 1745 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIG3P49916 AGAP1-201ENST00000304032 10832 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIG3P49916 SWAP70-201ENST00000318950 4882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIG3P49916 PHKG1-210ENST00000537360 2139 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIG3P49916 LRRC41-201ENST00000343304 2947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIG3P49916 B3GNT4-202ENST00000535274 2938 ntAPPRIS P1 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIG3P49916 FAM219A-201ENST00000297620 3588 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIG3P49916 CCND3-201ENST00000372987 2233 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIG3P49916 CRLS1-201ENST00000378863 3958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIG3P49916 AL096814.1-202ENST00000372963 647 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIG3P49916 LRP5L-201ENST00000402785 1193 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIG3P49916 AZGP1P1-201ENST00000411909 902 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
LIG3P49916 GOLGA6L11P-201ENST00000417252 1298 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
LIG3P49916 SPTLC1P1-201ENST00000447199 261 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
LIG3P49916 AL928654.4-206ENST00000551180 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIG3P49916 AL391261.2-201ENST00000554907 773 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIG3P49916 AC004233.3-201ENST00000607794 1269 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
LIG3P49916 RNA5-8SN1-201ENST00000610460 153 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
LIG3P49916 RNA5-8SN5-202ENST00000612463 153 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.9 ms