Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 TDRP-201ENST00000324079 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 AADAT-201ENST00000337664 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 MBP-204ENST00000382582 2281 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 SENP1-204ENST00000549518 2260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 ATF4-202ENST00000396680 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 LSP1-204ENST00000406638 2640 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 CCDC43-203ENST00000588210 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 TSC22D1-AS1-201ENST00000616360 2845 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 U73169.1-201ENST00000395152 367 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 PTTG1IP-202ENST00000397886 755 ntTSL 4 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 CRYZL1-205ENST00000399442 612 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 MORN2-205ENST00000410014 750 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 RORA-AS1-201ENST00000501579 761 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 NAA40-206ENST00000542163 1035 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 AL121790.2-202ENST00000556024 363 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 AC007193.3-201ENST00000598616 188 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 GSTT2-202ENST00000621118 1112 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 AC027601.3-201ENST00000622907 509 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 MIR762HG-203ENST00000570025 1429 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 WNT5B-201ENST00000310594 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 ELOVL1-201ENST00000372458 1477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 NAT9-210ENST00000580301 1860 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 MPL-201ENST00000372470 1908 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 TMEM169-204ENST00000437356 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 SEPHS1-201ENST00000327347 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 TMEM14C-201ENST00000229563 1113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 IQSEC2-205ENST00000498281 673 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 GLDC-201ENST00000321612 3900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 ARL1-202ENST00000536227 1322 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 PANK4-201ENST00000378466 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 C7orf57-201ENST00000348904 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 SPNS3-201ENST00000355530 2133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 HSPB7-204ENST00000411503 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 LINC00963-203ENST00000423918 1654 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 P2RY6-202ENST00000393590 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 MIR339-201ENST00000362153 94 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 GLRX2-202ENST00000367440 1131 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 AC018814.1-201ENST00000418972 357 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 AC006329.1-201ENST00000419422 705 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 AP001057.1-201ENST00000437557 799 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 LINC02344-201ENST00000443576 644 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 AC007679.1-201ENST00000458609 502 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 C11orf97-201ENST00000542198 701 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 CDC37P2-201ENST00000562287 1029 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 AC100786.1-201ENST00000583018 513 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 PPY-202ENST00000587006 431 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 BATF2-202ENST00000435842 1949 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 SLC43A1-201ENST00000278426 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 EEF1AKMT3-201ENST00000300209 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 CCNH-201ENST00000256897 1378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 AHRR-203ENST00000505113 2173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 ZNF140-207ENST00000440550 1663 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 TRIM11-201ENST00000284551 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 STRN3-202ENST00000357479 2799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 CYP4F11-202ENST00000326742 2877 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 SLC29A2-206ENST00000546034 2509 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 AL391839.2-201ENST00000412085 383 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 AC007391.1-201ENST00000433893 504 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 AC114488.1-201ENST00000435872 591 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 KCNE3-202ENST00000525550 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 TATDN3-208ENST00000526997 794 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 AC004923.1-201ENST00000527543 776 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 TATDN3-213ENST00000531963 1291 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 AC004801.1-201ENST00000549557 360 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 AL592146.2-201ENST00000565388 444 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 LOXL1-AS1-207ENST00000565689 735 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 POLI-207ENST00000579434 2705 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 BPIFB6-201ENST00000349552 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 KDM1A-202ENST00000400181 3059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 SLC20A1-201ENST00000272542 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 ETFA-203ENST00000557943 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 NRBP2-202ENST00000442628 3587 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 AXIN1-201ENST00000262320 3643 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 FTHL17-201ENST00000359202 813 ntAPPRIS P1 BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 SPAG6-202ENST00000376603 2770 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 IRF9-202ENST00000396864 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 VAC14-AS1-201ENST00000398177 2145 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 AC111149.2-202ENST00000518355 599 ntTSL 4 BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 JMJD8-203ENST00000562824 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 DHRS7C-202ENST00000571134 984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 ZNF286A-212ENST00000580259 527 ntTSL 4 BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 CCL5-201ENST00000603197 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 CTSD-213ENST00000637915 1982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 ESR1-214ENST00000638569 132 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 ZMYND10-202ENST00000360165 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 SYBU-201ENST00000276646 2870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 RPAIN-202ENST00000381208 1394 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 FNDC5-201ENST00000373471 2732 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 FIS1-201ENST00000223136 734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 CD8B-202ENST00000349455 849 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 IGLV3-9-201ENST00000390316 461 ntAPPRIS P1 BASIC15.15■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 FTH1P18-201ENST00000412071 549 ntBASIC15.15■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 LRRC3-AS1-201ENST00000426578 784 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 AL357033.2-201ENST00000430184 739 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 RAI1-AS1-201ENST00000443696 724 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 CD300LF-206ENST00000464910 996 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 LRRC75A-AS1-214ENST00000487066 763 ntTSL 3 BASIC15.15■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 AC005736.3-201ENST00000571169 244 ntTSL 5 BASIC15.15■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 ALOX15-205ENST00000574640 2422 ntTSL 2 BASIC15.15■□□□□ 0.02
COL6A3P12111 SLC27A2-201ENST00000267842 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 125.7 ms