Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
CCDC112Q8NEF3 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 WDR86-201ENST00000334493 2023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
CCDC112Q8NEF3 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
CCDC112Q8NEF3 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.7 ms