Protein–RNA interactions for Protein: Q13099

IFT88, Intraflagellar transport protein 88 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 833 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
IFT88Q13099 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
IFT88Q13099 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
IFT88Q13099 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
IFT88Q13099 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
IFT88Q13099 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
IFT88Q13099 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
IFT88Q13099 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
IFT88Q13099 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
IFT88Q13099 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
IFT88Q13099 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
IFT88Q13099 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
IFT88Q13099 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
IFT88Q13099 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
IFT88Q13099 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
IFT88Q13099 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
IFT88Q13099 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
IFT88Q13099 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
IFT88Q13099 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
IFT88Q13099 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.18■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 FBXO25-203ENST00000352684 2360 ntTSL 5 BASIC23.18■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC23.16■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 MAP7D1-201ENST00000316156 3456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC23.15■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC23.15■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC23.14■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.3
IFT88Q13099 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
IFT88Q13099 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
IFT88Q13099 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC23.14■■□□□ 1.29
IFT88Q13099 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
IFT88Q13099 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
IFT88Q13099 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
IFT88Q13099 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
IFT88Q13099 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
IFT88Q13099 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
IFT88Q13099 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
IFT88Q13099 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
IFT88Q13099 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
IFT88Q13099 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
IFT88Q13099 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
IFT88Q13099 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
IFT88Q13099 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
IFT88Q13099 KIAA0895-204ENST00000415803 2865 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.5 ms