Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
LIG3P49916 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.41
LIG3P49916 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIG3P49916 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIG3P49916 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIG3P49916 ZNF606-203ENST00000547121 1196 ntTSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIG3P49916 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIG3P49916 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIG3P49916 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
LIG3P49916 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIG3P49916 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIG3P49916 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIG3P49916 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIG3P49916 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
LIG3P49916 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIG3P49916 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIG3P49916 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIG3P49916 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
LIG3P49916 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC23.87■■□□□ 1.41
LIG3P49916 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIG3P49916 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIG3P49916 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIG3P49916 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIG3P49916 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIG3P49916 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIG3P49916 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
LIG3P49916 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
LIG3P49916 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
LIG3P49916 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
LIG3P49916 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
LIG3P49916 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
LIG3P49916 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
LIG3P49916 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
LIG3P49916 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
LIG3P49916 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
LIG3P49916 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
LIG3P49916 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIG3P49916 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIG3P49916 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIG3P49916 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIG3P49916 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIG3P49916 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIG3P49916 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIG3P49916 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIG3P49916 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIG3P49916 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
LIG3P49916 HOXB3-202ENST00000460160 1525 ntTSL 5 BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIG3P49916 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIG3P49916 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
LIG3P49916 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
LIG3P49916 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
LIG3P49916 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
LIG3P49916 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
LIG3P49916 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
LIG3P49916 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
LIG3P49916 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
LIG3P49916 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.4
LIG3P49916 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.4
LIG3P49916 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIG3P49916 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIG3P49916 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIG3P49916 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
LIG3P49916 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIG3P49916 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIG3P49916 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIG3P49916 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIG3P49916 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.82■■□□□ 1.4
LIG3P49916 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIG3P49916 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIG3P49916 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIG3P49916 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIG3P49916 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIG3P49916 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIG3P49916 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIG3P49916 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIG3P49916 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIG3P49916 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIG3P49916 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIG3P49916 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIG3P49916 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
LIG3P49916 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIG3P49916 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIG3P49916 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIG3P49916 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIG3P49916 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIG3P49916 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIG3P49916 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIG3P49916 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIG3P49916 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
LIG3P49916 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIG3P49916 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIG3P49916 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIG3P49916 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIG3P49916 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIG3P49916 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIG3P49916 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
LIG3P49916 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC23.79■■□□□ 1.4
LIG3P49916 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIG3P49916 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
LIG3P49916 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.5 ms