Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC39.22■■■■□ 3.87
CUX1P39880 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC39.22■■■■□ 3.87
CUX1P39880 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC39.22■■■■□ 3.87
CUX1P39880 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC39.22■■■■□ 3.87
CUX1P39880 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC39.22■■■■□ 3.87
CUX1P39880 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.21■■■■□ 3.87
CUX1P39880 SHF-206ENST00000560471 2499 ntTSL 5 BASIC39.21■■■■□ 3.87
CUX1P39880 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC39.2■■■■□ 3.87
CUX1P39880 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC39.2■■■■□ 3.87
CUX1P39880 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC39.2■■■■□ 3.87
CUX1P39880 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC39.2■■■■□ 3.87
CUX1P39880 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC39.2■■■■□ 3.87
CUX1P39880 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC39.19■■■■□ 3.86
CUX1P39880 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC39.19■■■■□ 3.86
CUX1P39880 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC39.19■■■■□ 3.86
CUX1P39880 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC39.19■■■■□ 3.86
CUX1P39880 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC39.19■■■■□ 3.86
CUX1P39880 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.19■■■■□ 3.86
CUX1P39880 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC39.19■■■■□ 3.86
CUX1P39880 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC39.18■■■■□ 3.86
CUX1P39880 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC39.18■■■■□ 3.86
CUX1P39880 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC39.18■■■■□ 3.86
CUX1P39880 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.18■■■■□ 3.86
CUX1P39880 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC39.18■■■■□ 3.86
CUX1P39880 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39.17■■■■□ 3.86
CUX1P39880 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.17■■■■□ 3.86
CUX1P39880 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC39.17■■■■□ 3.86
CUX1P39880 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC39.17■■■■□ 3.86
CUX1P39880 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC39.17■■■■□ 3.86
CUX1P39880 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC39.16■■■■□ 3.86
CUX1P39880 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC39.16■■■■□ 3.86
CUX1P39880 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC39.16■■■■□ 3.86
CUX1P39880 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39.16■■■■□ 3.86
CUX1P39880 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC39.16■■■■□ 3.86
CUX1P39880 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.16■■■■□ 3.86
CUX1P39880 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.15■■■■□ 3.86
CUX1P39880 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC39.15■■■■□ 3.86
CUX1P39880 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC39.15■■■■□ 3.86
CUX1P39880 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC39.15■■■■□ 3.86
CUX1P39880 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC39.15■■■■□ 3.86
CUX1P39880 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC39.14■■■■□ 3.86
CUX1P39880 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.14■■■■□ 3.86
CUX1P39880 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.14■■■■□ 3.86
CUX1P39880 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.14■■■■□ 3.86
CUX1P39880 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC39.14■■■■□ 3.86
CUX1P39880 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC39.14■■■■□ 3.86
CUX1P39880 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.13■■■■□ 3.85
CUX1P39880 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC39.12■■■■□ 3.85
CUX1P39880 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.12■■■■□ 3.85
CUX1P39880 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.12■■■■□ 3.85
CUX1P39880 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC39.12■■■■□ 3.85
CUX1P39880 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC39.12■■■■□ 3.85
CUX1P39880 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC39.12■■■■□ 3.85
CUX1P39880 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.12■■■■□ 3.85
CUX1P39880 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC39.11■■■■□ 3.85
CUX1P39880 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.11■■■■□ 3.85
CUX1P39880 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.11■■■■□ 3.85
CUX1P39880 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC39.11■■■■□ 3.85
CUX1P39880 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC39.1■■■■□ 3.85
CUX1P39880 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC39.1■■■■□ 3.85
CUX1P39880 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.09■■■■□ 3.85
CUX1P39880 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC39.09■■■■□ 3.85
CUX1P39880 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.09■■■■□ 3.85
CUX1P39880 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC39.09■■■■□ 3.85
CUX1P39880 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC39.09■■■■□ 3.85
CUX1P39880 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.09■■■■□ 3.85
CUX1P39880 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.09■■■■□ 3.85
CUX1P39880 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC39.09■■■■□ 3.85
CUX1P39880 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.09■■■■□ 3.85
CUX1P39880 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC39.09■■■■□ 3.85
CUX1P39880 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC39.09■■■■□ 3.85
CUX1P39880 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.08■■■■□ 3.85
CUX1P39880 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC39.08■■■■□ 3.85
CUX1P39880 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.08■■■■□ 3.85
CUX1P39880 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC39.08■■■■□ 3.85
CUX1P39880 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.07■■■■□ 3.85
CUX1P39880 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC39.07■■■■□ 3.85
CUX1P39880 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.07■■■■□ 3.85
CUX1P39880 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC39.07■■■■□ 3.85
CUX1P39880 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC39.07■■■■□ 3.84
CUX1P39880 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC39.07■■■■□ 3.84
CUX1P39880 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC39.07■■■■□ 3.84
CUX1P39880 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC39.07■■■■□ 3.84
CUX1P39880 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.07■■■■□ 3.84
CUX1P39880 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC39.06■■■■□ 3.84
CUX1P39880 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC39.06■■■■□ 3.84
CUX1P39880 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC39.06■■■■□ 3.84
CUX1P39880 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC39.05■■■■□ 3.84
CUX1P39880 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC39.05■■■■□ 3.84
CUX1P39880 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC39.05■■■■□ 3.84
CUX1P39880 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC39.04■■■■□ 3.84
CUX1P39880 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC39.04■■■■□ 3.84
CUX1P39880 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC39.04■■■■□ 3.84
CUX1P39880 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC39.04■■■■□ 3.84
CUX1P39880 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC39.04■■■■□ 3.84
CUX1P39880 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC39.04■■■■□ 3.84
CUX1P39880 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.04■■■■□ 3.84
CUX1P39880 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.03■■■■□ 3.84
CUX1P39880 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC39.03■■■■□ 3.84
CUX1P39880 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC39.03■■■■□ 3.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.3 ms