Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC27.78■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC27.77■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC27.77■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC27.77■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC27.76■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC27.76■■■□□ 2.04
SCN4AP35499 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
SCN4AP35499 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
SCN4AP35499 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
SCN4AP35499 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
SCN4AP35499 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
SCN4AP35499 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.75■■■□□ 2.03
SCN4AP35499 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
SCN4AP35499 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.75■■■□□ 2.03
SCN4AP35499 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
SCN4AP35499 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC27.75■■■□□ 2.03
SCN4AP35499 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC27.75■■■□□ 2.03
SCN4AP35499 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC27.75■■■□□ 2.03
SCN4AP35499 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
SCN4AP35499 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
SCN4AP35499 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
SCN4AP35499 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC27.74■■■□□ 2.03
SCN4AP35499 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
SCN4AP35499 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
SCN4AP35499 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC27.74■■■□□ 2.03
SCN4AP35499 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
SCN4AP35499 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC27.73■■■□□ 2.03
SCN4AP35499 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
SCN4AP35499 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
SCN4AP35499 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
SCN4AP35499 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.72■■■□□ 2.03
SCN4AP35499 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
SCN4AP35499 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
SCN4AP35499 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
SCN4AP35499 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
SCN4AP35499 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
SCN4AP35499 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
SCN4AP35499 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
SCN4AP35499 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
SCN4AP35499 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
SCN4AP35499 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC27.71■■■□□ 2.03
SCN4AP35499 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC27.71■■■□□ 2.03
SCN4AP35499 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
SCN4AP35499 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
SCN4AP35499 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
SCN4AP35499 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.03
SCN4AP35499 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC27.7■■■□□ 2.03
SCN4AP35499 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
SCN4AP35499 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
SCN4AP35499 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC27.7■■■□□ 2.02
SCN4AP35499 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
SCN4AP35499 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC27.69■■■□□ 2.02
SCN4AP35499 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
SCN4AP35499 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC27.69■■■□□ 2.02
SCN4AP35499 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
SCN4AP35499 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC27.69■■■□□ 2.02
SCN4AP35499 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
SCN4AP35499 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
SCN4AP35499 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
SCN4AP35499 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC27.68■■■□□ 2.02
SCN4AP35499 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC27.68■■■□□ 2.02
SCN4AP35499 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC27.68■■■□□ 2.02
SCN4AP35499 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC27.68■■■□□ 2.02
SCN4AP35499 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
SCN4AP35499 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC27.68■■■□□ 2.02
SCN4AP35499 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC27.67■■■□□ 2.02
SCN4AP35499 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
SCN4AP35499 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
SCN4AP35499 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC27.66■■■□□ 2.02
SCN4AP35499 MPV17L-202ENST00000396385 1037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
SCN4AP35499 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
SCN4AP35499 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.66■■■□□ 2.02
SCN4AP35499 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
SCN4AP35499 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
SCN4AP35499 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
SCN4AP35499 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC27.65■■■□□ 2.02
SCN4AP35499 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
SCN4AP35499 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
SCN4AP35499 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
SCN4AP35499 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
SCN4AP35499 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
SCN4AP35499 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.4 ms