Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC40.55■■■■■ 4.08
CCDC88BA6NC98 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC40.54■■■■■ 4.08
CCDC88BA6NC98 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC40.54■■■■■ 4.08
CCDC88BA6NC98 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC40.54■■■■■ 4.08
CCDC88BA6NC98 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.54■■■■■ 4.08
CCDC88BA6NC98 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC40.54■■■■■ 4.08
CCDC88BA6NC98 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC40.54■■■■■ 4.08
CCDC88BA6NC98 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC40.54■■■■■ 4.08
CCDC88BA6NC98 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC40.54■■■■■ 4.08
CCDC88BA6NC98 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC40.53■■■■■ 4.08
CCDC88BA6NC98 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC40.53■■■■■ 4.08
CCDC88BA6NC98 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC40.53■■■■■ 4.08
CCDC88BA6NC98 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC40.53■■■■■ 4.08
CCDC88BA6NC98 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC40.53■■■■■ 4.08
CCDC88BA6NC98 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.53■■■■■ 4.08
CCDC88BA6NC98 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC40.52■■■■■ 4.08
CCDC88BA6NC98 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC40.52■■■■■ 4.08
CCDC88BA6NC98 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC40.52■■■■■ 4.08
CCDC88BA6NC98 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC40.52■■■■■ 4.08
CCDC88BA6NC98 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.52■■■■■ 4.08
CCDC88BA6NC98 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC40.51■■■■■ 4.08
CCDC88BA6NC98 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC40.51■■■■■ 4.08
CCDC88BA6NC98 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC40.51■■■■■ 4.08
CCDC88BA6NC98 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC40.51■■■■■ 4.08
CCDC88BA6NC98 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.51■■■■■ 4.08
CCDC88BA6NC98 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC40.51■■■■■ 4.08
CCDC88BA6NC98 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC40.51■■■■■ 4.07
CCDC88BA6NC98 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC40.51■■■■■ 4.07
CCDC88BA6NC98 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.49■■■■■ 4.07
CCDC88BA6NC98 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC40.49■■■■■ 4.07
CCDC88BA6NC98 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC40.49■■■■■ 4.07
CCDC88BA6NC98 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.49■■■■■ 4.07
CCDC88BA6NC98 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC40.49■■■■■ 4.07
CCDC88BA6NC98 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC40.48■■■■■ 4.07
CCDC88BA6NC98 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC40.48■■■■■ 4.07
CCDC88BA6NC98 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC40.47■■■■■ 4.07
CCDC88BA6NC98 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC40.47■■■■■ 4.07
CCDC88BA6NC98 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC40.47■■■■■ 4.07
CCDC88BA6NC98 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC40.47■■■■■ 4.07
CCDC88BA6NC98 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC40.46■■■■■ 4.07
CCDC88BA6NC98 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.46■■■■■ 4.07
CCDC88BA6NC98 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC40.46■■■■■ 4.07
CCDC88BA6NC98 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC40.46■■■■■ 4.07
CCDC88BA6NC98 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC40.46■■■■■ 4.07
CCDC88BA6NC98 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC40.46■■■■■ 4.07
CCDC88BA6NC98 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.46■■■■■ 4.07
CCDC88BA6NC98 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.46■■■■■ 4.07
CCDC88BA6NC98 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC40.45■■■■■ 4.07
CCDC88BA6NC98 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.45■■■■■ 4.07
CCDC88BA6NC98 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC40.45■■■■■ 4.07
CCDC88BA6NC98 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC40.45■■■■■ 4.07
CCDC88BA6NC98 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.45■■■■■ 4.07
CCDC88BA6NC98 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC40.45■■■■■ 4.07
CCDC88BA6NC98 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC40.45■■■■■ 4.07
CCDC88BA6NC98 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC40.45■■■■■ 4.07
CCDC88BA6NC98 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC40.45■■■■■ 4.07
CCDC88BA6NC98 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.44■■■■■ 4.06
CCDC88BA6NC98 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC40.44■■■■■ 4.06
CCDC88BA6NC98 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC40.44■■■■■ 4.06
CCDC88BA6NC98 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC40.44■■■■■ 4.06
CCDC88BA6NC98 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC40.44■■■■■ 4.06
CCDC88BA6NC98 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC40.43■■■■■ 4.06
CCDC88BA6NC98 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.42■■■■■ 4.06
CCDC88BA6NC98 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC40.42■■■■■ 4.06
CCDC88BA6NC98 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC40.42■■■■■ 4.06
CCDC88BA6NC98 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC40.42■■■■■ 4.06
CCDC88BA6NC98 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC40.42■■■■■ 4.06
CCDC88BA6NC98 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.41■■■■■ 4.06
CCDC88BA6NC98 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC40.41■■■■■ 4.06
CCDC88BA6NC98 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC40.41■■■■■ 4.06
CCDC88BA6NC98 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC40.41■■■■■ 4.06
CCDC88BA6NC98 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC40.41■■■■■ 4.06
CCDC88BA6NC98 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.41■■■■■ 4.06
CCDC88BA6NC98 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC40.4■■■■■ 4.06
CCDC88BA6NC98 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC40.4■■■■■ 4.06
CCDC88BA6NC98 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC40.4■■■■■ 4.06
CCDC88BA6NC98 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC40.4■■■■■ 4.06
CCDC88BA6NC98 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC40.4■■■■■ 4.06
CCDC88BA6NC98 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC40.4■■■■■ 4.06
CCDC88BA6NC98 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC40.4■■■■■ 4.06
CCDC88BA6NC98 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.4■■■■■ 4.06
CCDC88BA6NC98 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC40.4■■■■■ 4.06
CCDC88BA6NC98 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC40.4■■■■■ 4.06
CCDC88BA6NC98 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC40.39■■■■■ 4.06
CCDC88BA6NC98 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC40.39■■■■■ 4.06
CCDC88BA6NC98 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.39■■■■■ 4.06
CCDC88BA6NC98 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC40.39■■■■■ 4.06
CCDC88BA6NC98 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC40.39■■■■■ 4.06
CCDC88BA6NC98 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC40.39■■■■■ 4.06
CCDC88BA6NC98 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC40.39■■■■■ 4.06
CCDC88BA6NC98 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC40.38■■■■■ 4.05
CCDC88BA6NC98 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC40.38■■■■■ 4.05
CCDC88BA6NC98 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC40.37■■■■■ 4.05
CCDC88BA6NC98 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC40.37■■■■■ 4.05
CCDC88BA6NC98 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC40.37■■■■■ 4.05
CCDC88BA6NC98 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.36■■■■■ 4.05
CCDC88BA6NC98 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC40.36■■■■■ 4.05
CCDC88BA6NC98 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC40.36■■■■■ 4.05
CCDC88BA6NC98 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC40.36■■■■■ 4.05
CCDC88BA6NC98 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC40.36■■■■■ 4.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.1 ms