Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

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Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 NAT9-222ENST00000583476 583 ntTSL 3 BASIC14.77□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 AC010503.1-201ENST00000596027 520 ntTSL 5 BASIC14.77□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 RBM8A-206ENST00000632555 751 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.77□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 RASA1-201ENST00000274376 3752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 NIPA2-204ENST00000398014 3130 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.77□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 SCUBE2-207ENST00000520467 3148 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.77□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 NRSN2-210ENST00000621012 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 FBLN2-203ENST00000404922 4318 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC14.77□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 TRMT10C-201ENST00000309922 1819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 ARL6IP1-201ENST00000304414 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 C3-201ENST00000245907 5263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 KDM5B-202ENST00000367264 6449 ntTSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 HDAC11-214ENST00000446613 2875 ntTSL 5 BASIC14.77□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 PIK3R6-203ENST00000614407 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 SHH-201ENST00000297261 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 LAPTM5-201ENST00000294507 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 CCNA2-201ENST00000274026 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 NOP9-201ENST00000267425 6033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 ADCY1-204ENST00000621543 1647 ntTSL 5 BASIC14.77□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 FOLH1-201ENST00000256999 2635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 MASTL-203ENST00000375946 3623 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.77□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 SFTA3-204ENST00000518529 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 SPATA33-210ENST00000611218 1546 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 TRPV4-204ENST00000536838 2514 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 SEZ6-201ENST00000317338 4471 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 PPP2R5D-206ENST00000472118 2963 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 BRF1-203ENST00000379937 3314 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 CRY1-201ENST00000008527 3267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 NKIRAS1-201ENST00000388759 2335 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 BPGM-201ENST00000344924 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 KAT7-210ENST00000509773 1774 ntTSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 TPCN1-214ENST00000550785 5345 ntTSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 MCHR2-202ENST00000369212 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 EPN1-203ENST00000411543 2621 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 CATSPERZ-201ENST00000328404 743 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 LMO4-201ENST00000370542 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 PSTK-202ENST00000405485 1047 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 SLC25A24P2-201ENST00000415059 510 ntBASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 PTPA-218ENST00000435132 618 ntTSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 FAM8A4P-201ENST00000435433 1213 ntBASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 FGF13-204ENST00000436198 1165 ntTSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 AL450003.2-201ENST00000450445 428 ntTSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 TNFRSF14-AS1-206ENST00000452793 569 ntTSL 3 BASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 APOA2-204ENST00000464492 530 ntTSL 3 BASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 GTF2H2-204ENST00000517900 659 ntTSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 FBXL8-208ENST00000521920 574 ntTSL 4 BASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 LINC02205-201ENST00000559752 239 ntTSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 TXNDC17-202ENST00000570330 459 ntTSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 ANGPTL8-203ENST00000591200 504 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 ANKRD50-202ENST00000515641 4212 ntTSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 SLC46A2-201ENST00000374228 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 ZNF365-205ENST00000395254 4173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 KLC1-207ENST00000445352 2416 ntTSL 5 BASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 REEP3-201ENST00000373758 5205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 MN1-201ENST00000302326 7556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 DNM1-208ENST00000486160 3181 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 RUSC1-203ENST00000368349 1968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 NFE2L1-214ENST00000582155 1998 ntTSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 CIC-207ENST00000575354 5473 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 CYP11A1-201ENST00000268053 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 MIEF1-202ENST00000402881 2269 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 CHMP1A-202ENST00000535997 2295 ntTSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 FRMD3-201ENST00000304195 5297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 DBN1-202ENST00000309007 2995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 ARHGEF16-202ENST00000378373 2211 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 ZNF618-201ENST00000288466 9109 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.76□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 MAPKAP1-202ENST00000350766 3256 ntTSL 1 (best) BASIC14.76□□□□□ -0.05
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CCDC3Q9BQI4 INHBB-201ENST00000295228 3204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 ARRB2-204ENST00000412477 1779 ntTSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 SERTAD1-201ENST00000357949 2114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 AC019205.2-202ENST00000441363 2403 ntTSL 5 BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 AL023775.1-201ENST00000454907 1746 ntBASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 HSFX2-201ENST00000598963 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 CUX2-201ENST00000261726 6844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 ALOX15B-204ENST00000572022 2396 ntTSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 PDK2-201ENST00000007708 2384 ntTSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 AC009237.3-202ENST00000608013 3042 ntTSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 STX1B-201ENST00000215095 4697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 HILPDA-201ENST00000257696 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 GPAT4-201ENST00000396987 6298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 C11orf71-202ENST00000623205 1980 ntAPPRIS ALT2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 DNM1-201ENST00000341179 3254 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 PPM1B-204ENST00000378551 3877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 PITPNM2-201ENST00000280562 6785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 GRAMD1C-201ENST00000358160 4177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 BATF-201ENST00000286639 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 IP6K2-202ENST00000340879 1185 ntTSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 CTNNBIP1-202ENST00000377258 852 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 DBI-203ENST00000393103 599 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 DMKN-204ENST00000408915 600 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 AP1S3-204ENST00000409375 552 ntTSL 3 BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 AL450469.1-201ENST00000418953 461 ntTSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 LINC01840-201ENST00000421870 571 ntTSL 4 BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 IGHJ2P-201ENST00000454480 60 ntBASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 AKR7A2P1-201ENST00000460134 915 ntBASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 AC091804.1-201ENST00000486888 567 ntBASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 ANAPC13-205ENST00000511751 896 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 NIP7-208ENST00000569637 1099 ntTSL 2 BASIC14.75□□□□□ -0.05
CCDC3Q9BQI4 SLC35G4-201ENST00000588001 1017 ntAPPRIS P1 BASIC14.75□□□□□ -0.05
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