Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 EML4-201ENST00000318522 5549 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.71□□□□□ -0.53
CCDC140Q96MF4 ALDOA-228ENST00000627059 2402 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC11.71□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 SEPT8-206ENST00000378706 4168 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC11.71□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 PBX3-203ENST00000373487 2902 ntTSL 5 BASIC11.71□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 UHRF2-201ENST00000276893 3452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.71□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 SELPLG-201ENST00000228463 1704 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.71□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 HMBOX1-210ENST00000523613 1730 ntTSL 1 (best) BASIC11.71□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 SYT13-201ENST00000020926 5144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.71□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 RBM14-201ENST00000310137 2828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.71□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 EOMES-201ENST00000295743 3386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.71□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 CCNE1-203ENST00000444983 1680 ntTSL 1 (best) BASIC11.71□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 COMP-203ENST00000542601 2707 ntTSL 1 (best) BASIC11.71□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 LIMK2-204ENST00000406516 2657 ntTSL 5 BASIC11.71□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 SNX2-201ENST00000379516 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.71□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 E2F6-212ENST00000546212 3191 ntTSL 1 (best) BASIC11.71□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 ZFPM2-201ENST00000407775 4700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.71□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 CROCC-201ENST00000375541 6656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.71□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 ZNF324-201ENST00000196482 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 ZNF497-201ENST00000311044 3468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 PRF1-201ENST00000373209 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 TMEM189-203ENST00000371656 1973 ntTSL 2 BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 AC123912.2-201ENST00000594927 2409 ntTSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 UBE3B-201ENST00000340074 1448 ntTSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 POLI-208ENST00000579534 6133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 SBF1-201ENST00000348911 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 ZNF563-201ENST00000293725 2754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 ZNF18-201ENST00000322748 2767 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 AIFM2-204ENST00000613322 3247 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 TBCEL-205ENST00000529397 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 AC018665.1-201ENST00000622927 1362 ntBASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 PCBP2-202ENST00000359462 1814 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 SRPX-206ENST00000544439 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 AC007292.2-201ENST00000593524 1812 ntBASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 GDAP1L1-201ENST00000342560 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 SLC39A1-204ENST00000368623 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 ARVCF-202ENST00000401994 2700 ntTSL 5 BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 TDRD10-201ENST00000368480 1776 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 SLC1A5-201ENST00000412532 1750 ntTSL 2 BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 AC134312.5-201ENST00000568031 1313 ntBASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 PCDHA4-203ENST00000530339 5251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 AKAP12-201ENST00000253332 6597 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 TBRG4-215ENST00000494076 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 BTBD11-204ENST00000420571 3478 ntTSL 5 BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 PERM1-201ENST00000341290 3035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 SCYL1-208ENST00000527009 2586 ntTSL 5 BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 NAT8-201ENST00000272425 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 C1QB-201ENST00000314933 1044 ntTSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 UBE2G2-201ENST00000330942 721 ntTSL 3 BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 FAM169B-201ENST00000332908 579 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 MGST3-203ENST00000367885 680 ntTSL 2 BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 PNRC1-203ENST00000369472 816 ntTSL 2 BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 ADIRF-201ENST00000372013 917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 CRYAA-202ENST00000398132 826 ntTSL 2 BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 BAATP1-201ENST00000412284 1225 ntBASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 ABHD11-AS1-201ENST00000427153 662 ntTSL 5 BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 GNB3-202ENST00000435982 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 RPSAP31-202ENST00000445165 716 ntTSL 2 BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 INE1-201ENST00000456273 945 ntBASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 GNG4-205ENST00000484517 684 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 AC011495.1-201ENST00000498085 584 ntBASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 ACRV1-202ENST00000527795 782 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 AC123777.1-201ENST00000534827 1247 ntTSL 3 BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 AL596325.1-201ENST00000563991 1082 ntBASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 SMIM24-203ENST00000587847 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 FP236240.1-204ENST00000624932 712 ntTSL 2 BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 AC233723.1-201ENST00000635921 386 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 AC232323.1-201ENST00000540724 2099 ntBASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 ARHGEF3-212ENST00000495373 2024 ntTSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 PCSK5-205ENST00000545128 9538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 ZNF586-202ENST00000396150 1977 ntTSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 RABL2A-206ENST00000409842 1979 ntTSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 ECSIT-201ENST00000252440 1501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 CKMT2-201ENST00000254035 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 KNSTRN-202ENST00000416151 1899 ntTSL 3 BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 AC025674.2-201ENST00000522622 2971 ntTSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 PKIG-204ENST00000372889 1489 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 ANKRD23-201ENST00000318357 2597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 ELFN2-201ENST00000402918 8361 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 PWP2-201ENST00000291576 3297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.7□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 GLG1-202ENST00000422840 4748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 STXBP6-201ENST00000323944 4132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 PUDP-202ENST00000412827 1376 ntTSL 2 BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 FAM110C-201ENST00000327669 3760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 BHMG1-201ENST00000457052 2749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 MVK-207ENST00000539575 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 NACC1-201ENST00000292431 4445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 GOLGA7B-201ENST00000370602 6447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 MLLT3-210ENST00000630269 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 CCDC22-201ENST00000376227 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 AL353997.2-201ENST00000579352 4955 ntTSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 AURKC-203ENST00000448930 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 ROBO1-209ENST00000495273 5600 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 LPAR1-203ENST00000374431 3637 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 GPSM1-205ENST00000440944 3633 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 GLIPR1L2-204ENST00000550916 2609 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 AC060234.2-201ENST00000428825 1610 ntTSL 5 BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 RCOR1-201ENST00000262241 5754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 RAB41-201ENST00000276066 1071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 NINJ2-201ENST00000305108 1252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.69□□□□□ -0.54
CCDC140Q96MF4 RAB41-202ENST00000374473 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.69□□□□□ -0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.9 ms