Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 MIF4GD-206ENST00000579119 856 ntTSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 RPS15-202ENST00000585665 467 ntTSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFS7-218ENST00000618074 688 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFS7-219ENST00000620479 754 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 CYP1A1-210ENST00000617691 2521 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 RASGRF1-203ENST00000558480 6237 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 CPEB3-201ENST00000265997 4851 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 CAMLG-201ENST00000297156 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 TOX3-201ENST00000219746 3233 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC20-204ENST00000373224 3095 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 GLUL-203ENST00000339526 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 TRMT2B-201ENST00000372935 2921 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 TRIP10-208ENST00000596758 1920 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 PCDHGB5-202ENST00000621169 2670 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 PORCN-201ENST00000326194 1755 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 GPAT3-201ENST00000264409 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 CASC3-201ENST00000264645 4116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 CTNS-202ENST00000381870 2470 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 NMNAT3-201ENST00000296202 1569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 C18orf25-203ENST00000615052 5462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 PRKD2-206ENST00000595515 3012 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 FBP1-203ENST00000415431 1487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 PNPLA5-204ENST00000593866 2197 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 BORCS8-MEF2B-203ENST00000514819 1406 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 GPANK1-205ENST00000375906 2793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 PRNP-201ENST00000379440 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 PRKD2-202ENST00000433867 3321 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 PES1-201ENST00000335214 1988 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 PRDX5-202ENST00000347941 463 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 DBNDD2-208ENST00000372723 1118 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 GABARAPL1-202ENST00000421801 855 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 BASP1P1-201ENST00000430708 665 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 SHBG-204ENST00000441599 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 AC139149.1-202ENST00000442532 783 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 AC007364.1-201ENST00000449714 1022 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 AC009902.2-201ENST00000518880 620 ntTSL 4 BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 DUX4L47-201ENST00000566374 394 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 ALDH3B1-203ENST00000612297 1231 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 AC106028.4-201ENST00000614509 607 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 PCDHGC4-204ENST00000618371 812 ntTSL 3 BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 BX539320.1-201ENST00000623759 877 ntBASIC17.83■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 CLN3-246ENST00000636228 1224 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 AP004608.1-203ENST00000528482 3679 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 PHF3-209ENST00000509330 2969 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 KRT32-201ENST00000225899 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 GLG1-202ENST00000422840 4748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 TTLL10-AS1-201ENST00000379317 3532 ntTSL 2 BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 SH2D3C-206ENST00000429553 2794 ntTSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 AC021683.3-202ENST00000592572 4440 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 GABARAP-201ENST00000302386 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 ZBTB7C-204ENST00000586438 4899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 GSTCD-206ENST00000507281 2091 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 KIF26A-201ENST00000315264 6714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.83■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 CKMT2-201ENST00000254035 1512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 CD300C-201ENST00000330793 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 AMT-232ENST00000636199 1546 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 GAD2-201ENST00000259271 2462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 PREP-201ENST00000369110 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 LRRN1-201ENST00000319331 3823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 KRT8P14-201ENST00000414254 1442 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 CNOT10-201ENST00000328834 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 UBAP1L-201ENST00000502113 1381 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 DPYSL3-201ENST00000343218 5476 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 TAF8-203ENST00000372982 1805 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 API5-203ENST00000455725 2257 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 DUSP27-201ENST00000271385 3597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 LRRC34-208ENST00000522830 1781 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 TBP-207ENST00000616883 1750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 AC055811.4-201ENST00000624039 1754 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 ACY3-201ENST00000255082 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 CCNY-201ENST00000265375 4768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 HCG27-201ENST00000383331 1720 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 H2BFWT-201ENST00000217926 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 MOSPD3-201ENST00000223054 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 AHNAK-201ENST00000257247 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 NPM2-201ENST00000289820 1100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 ZSCAN2-205ENST00000379358 906 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 NQO2-202ENST00000380430 1098 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 NPM2-202ENST00000381530 925 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 LRP5L-201ENST00000402785 1193 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 DERL3-204ENST00000406855 1063 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 GNAQP1-201ENST00000444815 1067 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 TMPRSS11CP-201ENST00000453277 683 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 RPS27L-204ENST00000455271 923 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 GLI4-203ENST00000517468 963 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 AC009686.1-201ENST00000522494 364 ntTSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 IL32-215ENST00000529550 772 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 AC005785.1-202ENST00000597164 237 ntTSL 3 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 AC141424.1-203ENST00000599026 887 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 MIR8072-201ENST00000614241 80 ntBASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 AGAP1-213ENST00000619456 1057 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 WDR45-230ENST00000634559 1192 ntTSL 5 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 AP4E1-201ENST00000261842 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 AL589740.1-203ENST00000433637 1984 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 PHKG2-204ENST00000563588 5539 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 RCSD1-202ENST00000367854 3135 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 TTC28-AS1-219ENST00000454741 5064 ntTSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 TSFM-207ENST00000540550 1935 ntTSL 2 BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 ATG5-201ENST00000343245 3092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
LIMCH1Q9UPQ0 DUOX1-201ENST00000321429 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.82■□□□□ 0.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.2 ms