Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 AC007342.4-201ENST00000566383 584 ntTSL 4 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 NIP7-208ENST00000569637 1099 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 AC005597.1-201ENST00000588092 420 ntTSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 SEPT9-233ENST00000590917 541 ntTSL 4 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 LCN9-204ENST00000619315 528 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 EIF4G1-216ENST00000427845 5038 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 GOLGA6L2-201ENST00000312015 1379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 ANKS6-202ENST00000375019 2586 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 KDM3A-201ENST00000312912 4886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 PROZ-202ENST00000375547 1488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 SPAG9-222ENST00000618113 8246 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 C16orf58-201ENST00000327237 2793 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 KATNA1-201ENST00000335643 1564 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 SHISA2-201ENST00000319420 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 USP43-201ENST00000285199 4169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 AC136621.1-201ENST00000624017 2304 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 ELFN1-202ENST00000561626 3742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 MARK4-202ENST00000300843 5209 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 MED26-201ENST00000263390 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 SYN1-202ENST00000340666 3172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 BUD13-202ENST00000375445 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 NR4A1-204ENST00000394825 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 GPAT4-201ENST00000396987 6298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 NEFL-203ENST00000619417 1879 ntTSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 SARM1-208ENST00000585482 10309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 ZNF7-207ENST00000528372 2905 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 SNHG20-204ENST00000566583 1338 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 CDK18-201ENST00000360066 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 APBA2-205ENST00000558330 3349 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 SYNRG-222ENST00000614941 3406 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 CHRDL1-205ENST00000482160 1537 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 LRRC59-203ENST00000576448 1531 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 ZNF385C-205ENST00000618554 2596 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 TLE3-202ENST00000440567 2657 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 C16orf58-211ENST00000570164 2783 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 FBXO44-204ENST00000376762 1734 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 RBM47-202ENST00000381793 4816 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 STAT5B-201ENST00000293328 5103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 RBM12-201ENST00000359646 5332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 ADAMTS15-201ENST00000299164 5673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 BATF-201ENST00000286639 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 BOLA3-201ENST00000295326 444 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 C8orf74-201ENST00000304519 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 CIDEC-201ENST00000336832 1277 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 RNU1-114P-201ENST00000365297 166 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 KNCN-202ENST00000396314 608 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 MIR663B-201ENST00000408361 115 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 LINC01840-201ENST00000421870 571 ntTSL 4 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 CIDEC-203ENST00000423850 1036 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 DHDDS-206ENST00000427245 868 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 AC106786.1-201ENST00000442777 792 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 CIDEC-206ENST00000455015 1123 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 BX322559.1-201ENST00000456613 319 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 UPF3AP2-201ENST00000457924 1132 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 PAX5-211ENST00000522003 1019 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 AC126915.1-201ENST00000522847 1038 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 ANO1-AS1-201ENST00000524987 646 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 EHF-205ENST00000527935 557 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 CNGA4-202ENST00000533426 936 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 NKG7-204ENST00000595217 816 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 HIST2H2AA4-201ENST00000607355 564 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 AC015967.2-201ENST00000624092 234 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 AC006435.4-201ENST00000625037 234 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 TUBB3-215ENST00000625617 570 ntTSL 4 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 AL356737.1-201ENST00000634391 234 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 PITPNM1-202ENST00000436757 4216 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 PKIG-204ENST00000372889 1489 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 PAX3-206ENST00000392070 2258 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 CES4A-207ENST00000540947 2284 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 ISLR-201ENST00000249842 2371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 CICP13-201ENST00000422015 2789 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 STK17B-201ENST00000263955 5287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 EIF2AK4-208ENST00000559624 3548 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 ZNF219-202ENST00000421093 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 PER2-201ENST00000254657 6385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 DARS-AS1-209ENST00000594219 1420 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 CLIC6-202ENST00000360731 3860 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 EPS8L2-231ENST00000614442 3188 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 TLE4-204ENST00000376537 2793 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 ACOX3-202ENST00000413009 2374 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 PDK2-201ENST00000007708 2384 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 PIK3CD-206ENST00000536656 5483 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 PIK3CD-208ENST00000628140 5483 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 CHRD-201ENST00000204604 3521 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 MLLT6-211ENST00000621332 7578 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 RSRP1-202ENST00000431849 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 PPL-201ENST00000345988 6238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 RPS15-201ENST00000233609 534 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 PGBD2-201ENST00000329291 2136 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 HIST2H2AA3-201ENST00000369159 549 ntAPPRIS P1 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 CLIC1-206ENST00000375779 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 IFITM5-201ENST00000382614 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 NDUFAB1P1-201ENST00000404262 460 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 AC079178.1-201ENST00000420915 656 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 AC244250.1-201ENST00000438185 451 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 CNN2P10-201ENST00000443067 918 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 REEP1-202ENST00000453231 940 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 C17orf49-209ENST00000552775 779 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 AC025810.1-201ENST00000569986 981 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 LGALS3BP-202ENST00000585407 936 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.6 ms