Protein–RNA interactions for Protein: O43248

HOXC11, Homeobox protein Hox-C11, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC11O43248 NDUFV2P1-201ENST00000596415 907 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 HIST2H2AA4-201ENST00000607355 564 ntAPPRIS P1 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 IKZF1-217ENST00000612658 962 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 MAP3K10-201ENST00000253055 3436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 GLG1-202ENST00000422840 4748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 RCHY1-202ENST00000380840 1735 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 TMBIM7P-203ENST00000641617 1718 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 GSDMA-203ENST00000635792 1546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 GLS2-201ENST00000311966 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 AKAP1-202ENST00000337714 3970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 UGCG-201ENST00000374279 4007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 PSMD13-215ENST00000621534 1572 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 MIEF1-202ENST00000402881 2269 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 NEO1-207ENST00000560262 4315 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 KCNMA1-219ENST00000480683 2963 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 C7orf33-201ENST00000307003 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 PPP1CA-201ENST00000312989 1389 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 TRPV4-204ENST00000536838 2514 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 SLC37A1-201ENST00000352133 3664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 AC009093.2-202ENST00000620513 2079 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 TERF1-201ENST00000276602 3268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 DDX5-201ENST00000225792 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 GOLGA8M-201ENST00000563027 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 C5orf38-207ENST00000515640 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 AC092384.3-202ENST00000564646 2873 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 PEPD-201ENST00000244137 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 MAP4K1-208ENST00000589130 2654 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 STC2-201ENST00000265087 5353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 RABL2A-206ENST00000409842 1979 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 ASCL1-201ENST00000266744 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 NTRK3-203ENST00000357724 2980 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 TAOK2-203ENST00000416441 4780 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 C18orf15-201ENST00000623680 2534 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 MAGEA12-202ENST00000393869 1761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 TMEM40-204ENST00000435218 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 POLD4-201ENST00000312419 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 FRMD3-202ENST00000328788 964 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 RHCE-202ENST00000340849 1087 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 NFYC-202ENST00000372651 1202 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 CRYBA2-202ENST00000392096 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 CD8B-204ENST00000393759 1096 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 SMARCE1-204ENST00000400122 1263 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 AC010141.1-201ENST00000411585 623 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 EIF4HP1-201ENST00000453115 687 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 TUBB8P8-201ENST00000458717 1058 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 AC021723.1-201ENST00000486306 515 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 RCAN1-212ENST00000492600 935 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 AL136309.4-201ENST00000527831 640 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 AC104241.2-201ENST00000532748 789 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 AF111169.4-201ENST00000556368 749 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 SMARCE1-213ENST00000578044 1184 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 SMARCE1-216ENST00000580419 1228 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 FBXL12-204ENST00000586469 544 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 AC009955.4-201ENST00000597192 544 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 AL162426.1-201ENST00000624141 743 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 PPA1-206ENST00000625364 644 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 TUBB3-215ENST00000625617 570 ntTSL 4 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 MEF2C-227ENST00000626391 1182 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 MEF2C-231ENST00000628656 1254 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 AL358215.2-201ENST00000639693 946 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 S1PR2-201ENST00000590320 3582 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 SMAD3-201ENST00000327367 6247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 MROH4P-201ENST00000431302 1578 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 ASF1A-201ENST00000229595 2362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 ALPL-207ENST00000540617 2131 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 AP000845.1-201ENST00000581677 2131 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 NFATC4-231ENST00000557451 5613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 ACTL6A-202ENST00000429709 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 ZNF131-214ENST00000509634 3340 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 SYT17-201ENST00000355377 3081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 EXOC7-213ENST00000467929 2260 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 STYXL1-201ENST00000248600 1415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 MIF4GD-208ENST00000579297 1419 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 SHC1P1-201ENST00000425230 1745 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 NOMO1-207ENST00000610363 3765 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 FYN-205ENST00000368682 3234 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 APP-204ENST00000357903 3543 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 SFRP1-201ENST00000220772 4492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 CDKN2AIP-203ENST00000504169 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 AC009242.1-201ENST00000634300 2706 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 UCP2-201ENST00000310473 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 CLEC18B-201ENST00000339953 1865 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 CLEC18C-202ENST00000536907 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 ZNF212-201ENST00000335870 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 GSPT2-201ENST00000340438 2802 ntAPPRIS P1 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 FIS1-201ENST00000223136 734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 MRPL55-214ENST00000366741 603 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 MRPL55-218ENST00000366747 603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 NQO2-202ENST00000380430 1098 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 TXNRD3NB-202ENST00000383572 1131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 SEPT12-202ENST00000396693 1156 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 DMKN-204ENST00000408915 600 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 TLE1P1-201ENST00000422965 589 ntBASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 AC127070.2-201ENST00000424075 555 ntTSL 2 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 PRSS30P-202ENST00000475030 752 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 AC005586.1-201ENST00000488310 577 ntTSL 4 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 AC005920.3-202ENST00000512717 789 ntTSL 3 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 AC097103.2-206ENST00000514729 588 ntTSL 4 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 RCE1-204ENST00000525356 1270 ntTSL 5 BASIC15.34■□□□□ 0.05
HOXC11O43248 CRHR1-208ENST00000577353 1206 ntTSL 1 (best) BASIC15.34■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65 ms