Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 AC004637.1-201ENST00000586675 482 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 FBXL12-211ENST00000591009 1005 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 AC073413.1-201ENST00000603927 732 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 TNFRSF14-AS1-202ENST00000432521 3608 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 PICALM-204ENST00000526033 3613 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 YIPF3-202ENST00000372422 1576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 TRIM46-203ENST00000368383 2666 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 COL25A1-201ENST00000399126 2674 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 RNF182-206ENST00000537388 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 MYB-201ENST00000316528 3571 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 MYB-241ENST00000616088 3573 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 CALD1-222ENST00000495522 2199 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 ADRA2A-201ENST00000280155 3745 ntAPPRIS P1 BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 SLCO5A1-203ENST00000524945 3725 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 PPP2R5C-204ENST00000422945 4481 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 ZBTB10-202ENST00000426744 9878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 NPRL3-201ENST00000399953 2784 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 PUDP-202ENST00000412827 1376 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 CANX-201ENST00000247461 4260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 UGGT2-204ENST00000397618 1547 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 ALG3-207ENST00000455059 1697 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 RTKN-202ENST00000272430 2142 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 GBA2-202ENST00000378094 3757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 GPRIN1-201ENST00000303991 4211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 WAPL-202ENST00000298767 6333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 PLCB1-201ENST00000338037 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 PPP3CA-207ENST00000512215 4007 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 CLIC6-202ENST00000360731 3860 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 HSPA1B-201ENST00000375650 2521 ntAPPRIS P1 BASIC15.21■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 PI16-203ENST00000611814 2083 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 ACP2-205ENST00000527256 1499 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 AKAP1-202ENST00000337714 3970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 POMP-201ENST00000380842 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 C19orf57-201ENST00000346736 2489 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 SEMA5B-211ENST00000616742 4933 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 ARHGEF3-212ENST00000495373 2024 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 CLDN22-201ENST00000323319 2581 ntAPPRIS P1 BASIC15.21■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 AP000593.2-201ENST00000542775 1433 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 ZXDA-201ENST00000358697 4113 ntAPPRIS P1 BASIC15.21■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 CTSD-201ENST00000236671 2123 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 BLVRB-201ENST00000263368 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 NOL4L-202ENST00000326071 701 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 TSPO-202ENST00000337554 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 LCE1E-202ENST00000368771 575 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 PEX13-202ENST00000401576 1108 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 SERF2-209ENST00000409646 559 ntTSL 4 BASIC15.21■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 Z82214.2-201ENST00000420269 531 ntTSL 4 BASIC15.21■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 GEMIN4-202ENST00000437269 1182 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 CNN2P10-201ENST00000443067 918 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 COX5BP1-201ENST00000507622 393 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 KCNK16-205ENST00000507712 889 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 C1RL-212ENST00000545337 813 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 AC023310.1-201ENST00000554836 735 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 AC020911.1-201ENST00000591038 578 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 YIF1B-215ENST00000592246 936 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 AC093326.2-201ENST00000640770 729 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 ENDOV-204ENST00000518137 2815 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 BICDL1-201ENST00000397558 3055 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 FANCA-213ENST00000563673 1694 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 NOS2P2-202ENST00000639528 1659 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 FBXO8-202ENST00000503293 1546 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 ENDOU-203ENST00000545824 1513 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 CYP4F22-201ENST00000269703 2641 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 RCOR2-201ENST00000301459 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 GARS-201ENST00000389266 2634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 GPC1-201ENST00000264039 3713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
LHX3Q9UBR4 PDGFRL-201ENST00000251630 1901 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.02
LHX3Q9UBR4 COX11-201ENST00000299335 2497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
LHX3Q9UBR4 RTL6-201ENST00000341255 5495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
LHX3Q9UBR4 MEF2C-AS1-210ENST00000514011 1754 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
LHX3Q9UBR4 AC087164.1-202ENST00000583062 2158 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
LHX3Q9UBR4 ZC3H14-204ENST00000336693 2007 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
LHX3Q9UBR4 FAM83A-202ENST00000518448 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.02
LHX3Q9UBR4 PEG3-206ENST00000598410 5304 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
LHX3Q9UBR4 WDR45-224ENST00000485908 1301 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
LHX3Q9UBR4 EPS8L2-231ENST00000614442 3188 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
LHX3Q9UBR4 RPS19-206ENST00000598742 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
LHX3Q9UBR4 PDE1B-201ENST00000243052 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
LHX3Q9UBR4 KDM6A-202ENST00000382899 5789 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
LHX3Q9UBR4 FBN2-205ENST00000508989 4987 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
LHX3Q9UBR4 YWHAE-208ENST00000571732 1818 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
LHX3Q9UBR4 NECAP2-201ENST00000337132 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
LHX3Q9UBR4 P3H1-201ENST00000236040 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
LHX3Q9UBR4 TSSC2-204ENST00000529482 2337 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
LHX3Q9UBR4 ABLIM2-201ENST00000341937 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
LHX3Q9UBR4 CDSN-202ENST00000376288 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
LHX3Q9UBR4 PIP5K1C-202ENST00000537021 3326 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
LHX3Q9UBR4 SPAG11B-203ENST00000359758 612 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
LHX3Q9UBR4 AGTRAP-202ENST00000376627 1055 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
LHX3Q9UBR4 MS4A13-201ENST00000378185 808 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
LHX3Q9UBR4 RN7SKP175-201ENST00000408472 289 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
LHX3Q9UBR4 ZFAND2B-203ENST00000409206 1159 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
LHX3Q9UBR4 MCFD2-204ENST00000409207 1113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
LHX3Q9UBR4 SAP30L-202ENST00000426761 777 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
LHX3Q9UBR4 C9orf116-205ENST00000429260 678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
LHX3Q9UBR4 OLR1-203ENST00000432556 950 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
LHX3Q9UBR4 AC007969.1-201ENST00000433675 447 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
LHX3Q9UBR4 RPS2P32-201ENST00000439199 892 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
LHX3Q9UBR4 GLYCTK-203ENST00000461183 889 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
LHX3Q9UBR4 AC106786.2-201ENST00000506859 561 ntTSL 4 BASIC15.2■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.2 ms