Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBP4

DKK3, Dickkopf-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 350 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DKK3Q9UBP4 RHOT1-203ENST00000358365 3297 ntTSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 THSD4-202ENST00000355327 9200 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 ZNF165-201ENST00000377325 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 ORMDL3-204ENST00000579695 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.28■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 ARFGAP1-210ENST00000519273 3176 ntTSL 2 BASIC15.28■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 CTSD-211ENST00000637387 1597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 ACSL3-202ENST00000392066 3147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 AL121845.3-201ENST00000490623 3119 ntTSL 5 BASIC15.28■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 MLPH-203ENST00000409373 2031 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 SEMA4C-201ENST00000305476 3545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 KATNA1-203ENST00000367411 1984 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 AC023024.2-201ENST00000623561 1993 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 MAP1S-201ENST00000324096 3419 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 ZMYND15-202ENST00000433935 2411 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 ANKRD33-201ENST00000301190 1935 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 ZNF628-203ENST00000598519 3847 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 AHDC1-202ENST00000374011 6438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 FAM172A-206ENST00000509163 1369 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 AC018755.2-201ENST00000599649 1837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 ENDOV-213ENST00000520367 2680 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 SNRNP27-202ENST00000409116 1339 ntTSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 ANKRD26-201ENST00000376087 6591 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 KDM2B-201ENST00000377069 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 PAWR-201ENST00000328827 9129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 CARTPT-201ENST00000296777 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 TPM3P8-201ENST00000330554 643 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 PHACTR1-202ENST00000379329 707 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 SYNGR1-205ENST00000406293 564 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 AL445430.1-201ENST00000419796 699 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 Z82214.2-201ENST00000420269 531 ntTSL 4 BASIC15.27■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 DICER1-AS1-202ENST00000439819 810 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 AC245100.3-201ENST00000441281 285 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 PRSS50-201ENST00000460241 2960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 CHCHD7-211ENST00000521831 573 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 AC100818.1-201ENST00000524167 563 ntTSL 4 BASIC15.27■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 AC136475.5-202ENST00000524824 587 ntTSL 4 BASIC15.27■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 AP002992.1-201ENST00000527519 491 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 AP003385.5-201ENST00000533876 555 ntTSL 4 BASIC15.27■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 AC078819.1-201ENST00000547454 765 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 AC012085.1-201ENST00000548270 765 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 SMIM24-203ENST00000587847 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 AC138951.2-201ENST00000623455 1161 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 PAUPAR-201ENST00000630360 2965 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 AC006453.4-201ENST00000636949 1252 ntBASIC15.27■□□□□ 0.04
DKK3Q9UBP4 CKM-201ENST00000221476 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 TCP11-206ENST00000412155 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 ZNF74-209ENST00000611540 3714 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 TMEM19-201ENST00000266673 5656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 ARHGEF10-201ENST00000349830 5590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 RPS6KL1-201ENST00000354625 5195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 KRBOX4-202ENST00000344302 2774 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 ALDOA-201ENST00000338110 2384 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 HOXD3-202ENST00000410016 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 CCDC51-204ENST00000442740 1554 ntTSL 3 BASIC15.27■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 AL009178.2-201ENST00000597278 2719 ntBASIC15.27■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 KIAA2026-202ENST00000399933 6988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.27■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 PRMT2-207ENST00000440086 1932 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 RECQL4-209ENST00000617875 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 RRP1-207ENST00000497547 3022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 PAK1-210ENST00000528203 1878 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 CREB3L3-201ENST00000078445 2618 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 ATP2C1-224ENST00000533801 3690 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 PDE4A-203ENST00000380702 4781 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 RSPH3-201ENST00000252655 2175 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 LMNB1-201ENST00000261366 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 USP37-202ENST00000338465 1771 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 AK4-202ENST00000395334 6998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 LINC00910-206ENST00000592135 2438 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 CFLAR-204ENST00000341582 2056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 TOR4A-201ENST00000357503 4148 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 WDR20-202ENST00000322340 3060 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 ARHGAP5-205ENST00000433497 3047 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 TUBGCP2-204ENST00000417178 4029 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 RFK-201ENST00000376736 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 MPPED1-202ENST00000417669 3657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 PDE3A-201ENST00000359062 7576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 PHLDA1-203ENST00000619060 5913 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 CBS-204ENST00000398165 2605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 PITX2-205ENST00000394598 1906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 PFDN5-202ENST00000334478 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 DBNDD2-201ENST00000357275 1036 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 SS18L1-202ENST00000370848 1238 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 PEMT-203ENST00000395782 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 AC007319.1-202ENST00000412276 829 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 LARGE-AS1-202ENST00000424291 1065 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 AC099552.1-201ENST00000431083 744 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 C1QTNF6-203ENST00000434784 975 ntTSL 3 BASIC15.26■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 SYNPR-202ENST00000450542 1004 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 RNA5SP412-201ENST00000516234 123 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 C8orf37-AS1-202ENST00000517655 562 ntTSL 4 BASIC15.26■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 AC083973.1-206ENST00000518213 815 ntTSL 3 BASIC15.26■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 VASH1-AS1-201ENST00000554058 871 ntTSL 3 BASIC15.26■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 AL355102.5-201ENST00000554769 572 ntTSL 4 BASIC15.26■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 IFI27L1-210ENST00000556381 804 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 AL160412.1-202ENST00000616819 663 ntTSL 4 BASIC15.26■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 SLC9A7P1-202ENST00000556476 2239 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 RWDD4-205ENST00000510968 1551 ntTSL 4 BASIC15.26■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 RTEL1-205ENST00000370018 4955 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 SSFA2-202ENST00000409001 4987 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
DKK3Q9UBP4 MARK3-205ENST00000429436 3371 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27 ms