Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 SMTN-202ENST00000347557 3130 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG3P49916 MAP7-204ENST00000454590 3119 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG3P49916 AADAT-208ENST00000515480 2193 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG3P49916 SHROOM1-208ENST00000617339 3638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG3P49916 IMPACT-201ENST00000284202 3792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG3P49916 AC022400.6-201ENST00000603027 5818 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG3P49916 CD8B-201ENST00000331469 832 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG3P49916 PSMB9-207ENST00000374859 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG3P49916 XAGE1A-203ENST00000375602 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG3P49916 XAGE1B-203ENST00000375616 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG3P49916 CIB3-202ENST00000379859 467 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG3P49916 PSMB9-208ENST00000395330 792 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG3P49916 AC021188.1-201ENST00000421534 740 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG3P49916 AC009477.1-201ENST00000452936 217 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG3P49916 AL627443.1-201ENST00000456477 1035 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG3P49916 CCDC85C-204ENST00000555822 930 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG3P49916 GREM1-201ENST00000560677 623 ntTSL 4 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG3P49916 AC092070.4-201ENST00000599803 507 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG3P49916 LINC02084-201ENST00000606069 1096 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG3P49916 ADAM12-201ENST00000368676 3313 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG3P49916 KDELR2-201ENST00000258739 2884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG3P49916 ABLIM2-213ENST00000514025 2974 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG3P49916 GDPD5-201ENST00000336898 3523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG3P49916 GGT1-202ENST00000400380 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG3P49916 GID4-201ENST00000268719 4237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG3P49916 PCDHB14-201ENST00000239449 4828 ntAPPRIS P1 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG3P49916 AL691432.1-201ENST00000596308 1422 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG3P49916 PTOV1-219ENST00000601638 1413 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG3P49916 MAGEA8-204ENST00000535454 2112 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG3P49916 CFAP65-203ENST00000409865 2769 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG3P49916 TMEM115-201ENST00000266025 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG3P49916 CRTC2-202ENST00000368630 1635 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
LIG3P49916 AC013460.1-202ENST00000435062 2253 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
LIG3P49916 IGFBP5-201ENST00000233813 6215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
LIG3P49916 CDCA2-201ENST00000330560 3731 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
LIG3P49916 TTLL4-212ENST00000457313 3723 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
LIG3P49916 IL11RA-202ENST00000441545 1700 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
LIG3P49916 HECW1-203ENST00000453890 5169 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
LIG3P49916 HBP1-212ENST00000485846 2420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
LIG3P49916 CAMK2D-205ENST00000394524 5294 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
LIG3P49916 SLCO4C1-201ENST00000310954 5334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
LIG3P49916 CYP1A1-210ENST00000617691 2521 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
LIG3P49916 PPHLN1-201ENST00000256678 1820 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
LIG3P49916 CASP2-207ENST00000619992 4006 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
LIG3P49916 TRIM65-201ENST00000269383 3439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIG3P49916 A1CF-202ENST00000373993 1997 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIG3P49916 WDR24-201ENST00000248142 2763 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIG3P49916 CSNK1D-202ENST00000314028 3712 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIG3P49916 SERINC2-206ENST00000536859 2072 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIG3P49916 FAM156A-221ENST00000622447 3757 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIG3P49916 LRRC28-202ENST00000331450 752 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIG3P49916 MUC1-201ENST00000337604 859 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIG3P49916 FAM19A3-202ENST00000369630 1282 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIG3P49916 RNF186-201ENST00000375121 1250 ntAPPRIS P1 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIG3P49916 PSMB8-203ENST00000395339 1025 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIG3P49916 AC236430.1-201ENST00000402231 743 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
LIG3P49916 CYSRT1-201ENST00000409414 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIG3P49916 SERBP1P3-201ENST00000459980 809 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
LIG3P49916 RAB1B-202ENST00000527397 991 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIG3P49916 BRK1-201ENST00000530758 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIG3P49916 TMEM63A-209ENST00000537914 1018 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIG3P49916 AC015712.4-202ENST00000558641 1007 ntTSL 4 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIG3P49916 COQ9-214ENST00000567933 882 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIG3P49916 PSMD7-204ENST00000567958 692 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIG3P49916 CCNB1-201ENST00000256442 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIG3P49916 TM2D3-207ENST00000559107 1353 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIG3P49916 ACTL9-201ENST00000324436 1426 ntAPPRIS P1 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIG3P49916 PRRT3-202ENST00000411976 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIG3P49916 RDM1-227ENST00000619876 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIG3P49916 LLGL2-201ENST00000167462 3480 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIG3P49916 SP8-203ENST00000617581 3496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIG3P49916 HM13-202ENST00000340852 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIG3P49916 LOX-206ENST00000639739 1626 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIG3P49916 SF1-201ENST00000227503 2850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIG3P49916 C2orf68-202ENST00000409734 1722 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIG3P49916 DTX4-204ENST00000532982 1708 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIG3P49916 KCNH6-202ENST00000456941 2928 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIG3P49916 CDH23-201ENST00000224721 11139 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIG3P49916 CDH23-214ENST00000622827 11122 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIG3P49916 CYP1B1-AS1-201ENST00000413828 1781 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIG3P49916 FXYD6-207ENST00000527717 1799 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIG3P49916 DCUN1D4-202ENST00000381441 4207 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LIG3P49916 HDAC2-206ENST00000519108 2000 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIG3P49916 MAX-219ENST00000618858 2141 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIG3P49916 CYP1B1-205ENST00000610745 5250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIG3P49916 ZNF576-201ENST00000336564 2566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIG3P49916 DFNA5-201ENST00000342947 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIG3P49916 GCK-204ENST00000403799 2729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIG3P49916 DLGAP4-205ENST00000401952 4881 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIG3P49916 SAR1A-204ENST00000373241 2996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIG3P49916 NUP98-203ENST00000359171 7023 ntTSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIG3P49916 IRF8-201ENST00000268638 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIG3P49916 FRMD3-201ENST00000304195 5297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIG3P49916 ADCY8-202ENST00000377928 3363 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIG3P49916 FOXF1-201ENST00000262426 3516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIG3P49916 RADIL-201ENST00000399583 3689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIG3P49916 C2orf40-201ENST00000238044 789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIG3P49916 PNKD-201ENST00000248451 758 ntTSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIG3P49916 NNAT-202ENST00000346199 1209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LIG3P49916 MIR661-201ENST00000384842 89 ntBASIC16.07■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.2 ms