Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 PDHX-201ENST00000227868 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
LIG1P18858 DDHD2-205ENST00000520272 4532 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.55■□□□□ 0.4
LIG1P18858 OXTR-201ENST00000316793 4364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
LIG1P18858 TMEM237-202ENST00000409444 5592 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
LIG1P18858 FKBP9-201ENST00000242209 3462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
LIG1P18858 NRG2-209ENST00000541337 3723 ntTSL 5 BASIC17.55■□□□□ 0.4
LIG1P18858 TRIP10-208ENST00000596758 1920 ntTSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
LIG1P18858 CCNB1-201ENST00000256442 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
LIG1P18858 CCT3-201ENST00000295688 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.55■□□□□ 0.4
LIG1P18858 MYADM-205ENST00000391771 3111 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
LIG1P18858 LETMD1-203ENST00000418425 2123 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
LIG1P18858 FAM120A-202ENST00000375389 3585 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
LIG1P18858 TLL1-206ENST00000513213 1829 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
LIG1P18858 FAM47E-STBD1-204ENST00000515604 3029 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
LIG1P18858 TNFAIP8L3-201ENST00000327536 2262 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
LIG1P18858 SARM1-208ENST00000585482 10309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
LIG1P18858 GORASP2-201ENST00000234160 3173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
LIG1P18858 CROT-201ENST00000331536 3175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
LIG1P18858 HCST-201ENST00000246551 613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
LIG1P18858 SYCE1-202ENST00000343131 1113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
LIG1P18858 AC104457.1-201ENST00000401024 814 ntBASIC17.54■□□□□ 0.4
LIG1P18858 FLG-AS1-204ENST00000420707 906 ntTSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
LIG1P18858 SHBG-204ENST00000441599 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
LIG1P18858 APOA1-AS-201ENST00000444200 563 ntTSL 4 BASIC17.54■□□□□ 0.4
LIG1P18858 GNAQP1-201ENST00000444815 1067 ntBASIC17.54■□□□□ 0.4
LIG1P18858 TERF1P3-201ENST00000505638 1227 ntBASIC17.54■□□□□ 0.4
LIG1P18858 SPDYE18-201ENST00000510091 1050 ntBASIC17.54■□□□□ 0.4
LIG1P18858 CHMP4A-204ENST00000530996 967 ntTSL 3 BASIC17.54■□□□□ 0.4
LIG1P18858 AC084125.2-203ENST00000532766 821 ntTSL 3 BASIC17.54■□□□□ 0.4
LIG1P18858 AC067852.1-201ENST00000585572 594 ntTSL 4 BASIC17.54■□□□□ 0.4
LIG1P18858 AC004233.3-201ENST00000607794 1269 ntBASIC17.54■□□□□ 0.4
LIG1P18858 MALAT1-213ENST00000618227 593 ntTSL 3 BASIC17.54■□□□□ 0.4
LIG1P18858 ZMYND15-204ENST00000573751 2409 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
LIG1P18858 PRKD2-202ENST00000433867 3321 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
LIG1P18858 ZPBP2-202ENST00000377940 2177 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
LIG1P18858 LHCGR-202ENST00000401907 1477 ntTSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
LIG1P18858 EGOT-201ENST00000414938 1464 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
LIG1P18858 HSPA7-201ENST00000445535 1927 ntBASIC17.54■□□□□ 0.4
LIG1P18858 LDLRAD4-205ENST00000585931 2118 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
LIG1P18858 HIF3A-218ENST00000600383 2101 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
LIG1P18858 TK1-203ENST00000588734 1681 ntTSL 2 BASIC17.54■□□□□ 0.4
LIG1P18858 CASC3-201ENST00000264645 4116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
LIG1P18858 DUOXA1-216ENST00000613425 1867 ntTSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
LIG1P18858 KCNT1-207ENST00000487664 3845 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.54■□□□□ 0.4
LIG1P18858 ETNPPL-201ENST00000296486 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
LIG1P18858 ZNF663P-201ENST00000400371 2722 ntTSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
LIG1P18858 CLCNKA-201ENST00000331433 2475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
LIG1P18858 UBE2D4-201ENST00000222402 3974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.54■□□□□ 0.4
LIG1P18858 PGC-202ENST00000373025 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 MAGIX-208ENST00000616266 3295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 EFHC1-212ENST00000635984 3293 ntTSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 AL928921.2-201ENST00000641325 2442 ntBASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 BCAT2-201ENST00000316273 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 POLG2-201ENST00000539111 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 UBE2I-201ENST00000325437 2832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 SRSF5-203ENST00000553521 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 B3GNTL1-211ENST00000576599 1787 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 NTNG1-208ENST00000370074 3048 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 HOGA1-203ENST00000370647 1999 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 ANOS1-201ENST00000262648 6314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 CUEDC1-206ENST00000577830 3621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 GNE-202ENST00000396594 5298 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 GPR132-203ENST00000539291 2779 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 DDTL-201ENST00000215770 1545 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 RHOBTB2-206ENST00000522948 4959 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 SEPT8-212ENST00000458488 1726 ntTSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 SNX2-201ENST00000379516 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 TMEM209-202ENST00000462753 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 LINC00475-202ENST00000416438 2506 ntTSL 2 BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 PHLDA1-203ENST00000619060 5913 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 NFATC4-204ENST00000424781 5488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 AIFM1-209ENST00000535724 2468 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 HEY1-202ENST00000354724 2293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 AC104452.1-203ENST00000636166 2266 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 TFAP2A-213ENST00000482890 2071 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 PPL-205ENST00000590782 5845 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 ACOT9-201ENST00000336430 1675 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 TP73-209ENST00000603362 1668 ntTSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 PFDN4-201ENST00000371419 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 AC012508.2-201ENST00000567613 1472 ntBASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 TAAR5-201ENST00000258034 1014 ntAPPRIS P1 BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 GYPC-201ENST00000259254 1246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 LINC00266-1-201ENST00000279067 928 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 NDUFS8-201ENST00000313468 791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 NQO2-203ENST00000380441 1021 ntTSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 FAM166B-201ENST00000399742 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 GOLGA6L11P-201ENST00000417252 1298 ntBASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 AC016735.2-201ENST00000438736 569 ntTSL 4 BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 RPL10P19-202ENST00000520582 722 ntTSL 3 BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 REEP4-207ENST00000523293 913 ntTSL 3 BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 POLD4-211ENST00000539074 714 ntTSL 3 BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 AL161757.4-201ENST00000554149 621 ntTSL 3 BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 PRR29-204ENST00000577953 565 ntTSL 4 BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 ELOF1-205ENST00000589171 743 ntTSL 3 BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 KLK15-203ENST00000596931 692 ntTSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 KLK15-204ENST00000598239 855 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 AC010619.1-201ENST00000599536 675 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 RNA5-8SN1-201ENST00000610460 153 ntBASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 RNA5-8SN5-202ENST00000612463 153 ntBASIC17.53■□□□□ 0.4
LIG1P18858 RNA5-8SN4-201ENST00000613359 153 ntBASIC17.53■□□□□ 0.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.4 ms