Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 CXorf40A-201ENST00000359293 974 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 RCL1-204ENST00000381750 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 AP000350.4-201ENST00000433835 788 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 AC004522.2-201ENST00000456499 680 ntTSL 3 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 AC078785.1-201ENST00000496389 734 ntTSL 3 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 IL32-218ENST00000530890 774 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 AP005329.1-201ENST00000578800 1035 ntTSL 2 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 RN7SL48P-201ENST00000579283 293 ntBASIC14.85□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 AC005597.1-201ENST00000588092 420 ntTSL 3 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 YIF1B-215ENST00000592246 936 ntTSL 3 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 CKMT1A-208ENST00000626814 1073 ntTSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 LINC01002-220ENST00000632790 449 ntTSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 UHRF1BP1-202ENST00000452449 4706 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 AL365199.1-201ENST00000421320 1714 ntTSL 2 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 SLC38A10-202ENST00000374759 4300 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 TRIM45-203ENST00000369464 3495 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 VWA2-203ENST00000603594 2600 ntTSL 2 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 GABPA-202ENST00000400075 4814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 PDLIM5-202ENST00000318007 1960 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 THBS2-206ENST00000617924 5280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 MINDY1-201ENST00000312210 2400 ntTSL 2 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 PRMT2-202ENST00000334494 1334 ntTSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 CCDC51-204ENST00000442740 1554 ntTSL 3 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 AC084364.1-201ENST00000551967 1556 ntBASIC14.85□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 IER2-203ENST00000588173 2934 ntAPPRIS P1 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 CTSA-202ENST00000354880 1820 ntTSL 2 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 WARS-232ENST00000556645 2508 ntTSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 AC097376.2-201ENST00000608661 2510 ntTSL 5 BASIC14.85□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 LINC00116-201ENST00000414416 2051 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC14.85□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 NKIRAS1-203ENST00000415901 1644 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 AC007950.2-201ENST00000615045 2347 ntBASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 KCTD15-201ENST00000284006 4918 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 AMOTL2-201ENST00000249883 4488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 PGBD2-201ENST00000329291 2136 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 GLS2-201ENST00000311966 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 SUSD5-201ENST00000309558 5008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 FANCA-213ENST00000563673 1694 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 XPO6-201ENST00000304658 4422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 RAPSN-203ENST00000524487 1462 ntTSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 NR2E3-202ENST00000617575 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 CCDC144A-202ENST00000340621 2214 ntTSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 AL353608.3-201ENST00000603200 2211 ntTSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 ALPPL2-201ENST00000295453 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 ZFR2-201ENST00000262961 4756 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 AHNAK-201ENST00000257247 1024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 LCN9-201ENST00000277526 531 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 AC007952.1-202ENST00000399083 1173 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 EPDR1-203ENST00000425345 947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 AC128709.1-201ENST00000445908 600 ntTSL 3 BASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 AL591846.1-201ENST00000451736 433 ntBASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 APOPT1-207ENST00000477116 906 ntTSL 3 BASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 AC104596.1-201ENST00000507826 579 ntTSL 4 BASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 AC006487.1-201ENST00000514506 1221 ntTSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 IGHV3OR16-9-202ENST00000558425 288 ntAPPRIS ALT2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 TBC1D16-205ENST00000572862 1141 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 EEF1DP1-201ENST00000585891 896 ntBASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 INO80C-210ENST00000590757 595 ntTSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 AL121944.1-201ENST00000605945 686 ntTSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 AC005695.3-201ENST00000614522 232 ntBASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 LCN9-204ENST00000619315 528 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 AC106017.2-201ENST00000631194 1173 ntTSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 DSEL-201ENST00000310045 9531 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 ELOA-204ENST00000613537 4924 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 GRN-222ENST00000639447 1314 ntTSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 THOC5-203ENST00000397872 2676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 AC087481.3-201ENST00000602886 1894 ntBASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 SLC25A45-214ENST00000534028 2432 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 ASIC1-202ENST00000447966 3778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 STAU2-219ENST00000522509 2173 ntTSL 2 BASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 AP000704.1-201ENST00000637940 2182 ntTSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 C15orf59-204ENST00000569673 6573 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 CALR-201ENST00000316448 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 ALDOA-225ENST00000569545 1359 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 WDR6-222ENST00000615452 1949 ntTSL 5 BASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 MAP3K8-201ENST00000263056 3096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 AXIN2-202ENST00000375702 2541 ntTSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 FOXRED1-201ENST00000263578 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.84□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 AIFM3-203ENST00000405089 2333 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.83□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 IL17RA-201ENST00000319363 8607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.03
CCDC3Q9BQI4 LRP8-201ENST00000306052 7648 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 MAX-205ENST00000358664 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 KIAA0319-203ENST00000535378 6896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.83□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 CAMKK2-202ENST00000337174 5304 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 RPS15-201ENST00000233609 534 ntTSL 2 BASIC14.83□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 CSH1-201ENST00000316193 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 NOSIP-201ENST00000339093 1000 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.83□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 AL022323.1-201ENST00000366110 957 ntTSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 HIST3H3-201ENST00000366696 481 ntAPPRIS P1 BASIC14.83□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 TREM2-203ENST00000373122 1012 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 SMIM11A-203ENST00000399299 1033 ntTSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 AC233976.1-201ENST00000425150 451 ntTSL 3 BASIC14.83□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 OARD1-212ENST00000482515 832 ntTSL 2 BASIC14.83□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 AC004066.1-201ENST00000502488 802 ntBASIC14.83□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 AP000808.2-201ENST00000542410 569 ntTSL 4 BASIC14.83□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 COX14-203ENST00000550487 739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.83□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 SDR39U1-212ENST00000555365 976 ntTSL 3 BASIC14.83□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 AF111167.2-202ENST00000558267 599 ntTSL 4 BASIC14.83□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 AC012645.3-203ENST00000567153 520 ntTSL 2 BASIC14.83□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 CYBA-208ENST00000567174 1085 ntTSL 2 BASIC14.83□□□□□ -0.04
CCDC3Q9BQI4 AC007861.2-201ENST00000573819 571 ntTSL 4 BASIC14.83□□□□□ -0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 71 ms