Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,988 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 SLC39A8-201ENST00000356736 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 UBXN11-202ENST00000357089 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 TMEM132D-AS2-201ENST00000542578 1568 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 C12orf76-209ENST00000615315 1580 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 CD5L-201ENST00000368174 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 PUS1-208ENST00000542167 2151 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 KCND3-202ENST00000315987 2716 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 AC141586.1-201ENST00000399702 2748 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 SLC45A1-202ENST00000471889 2784 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 TNIP1-219ENST00000524280 1716 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 GAS7-213ENST00000580865 2417 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 THUMPD3-AS1-212ENST00000520447 1809 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 AC020658.6-201ENST00000623564 1870 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 GAL3ST4-201ENST00000360039 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 PSMB10-201ENST00000358514 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 IGHV3-48-201ENST00000390624 432 ntAPPRIS P1 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 AL139420.2-201ENST00000449439 410 ntTSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 RN7SL81P-201ENST00000493781 261 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 TPM1-223ENST00000560445 485 ntTSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 AC145207.3-201ENST00000576784 529 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 CELF4-223ENST00000603232 1906 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 DDX5-201ENST00000225792 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 SPRY1-207ENST00000610581 2608 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 AC005726.3-202ENST00000577814 1316 ntTSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 MOGAT2-201ENST00000198801 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 CCNC-209ENST00000520371 2186 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 IGSF8-202ENST00000368086 2366 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 ZNF703-201ENST00000331569 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 UBA6-202ENST00000420827 1664 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 AC022613.1-201ENST00000536835 2530 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 UCP2-201ENST00000310473 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 A1BG-AS1-204ENST00000595302 2130 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 KTN1-AS1-202ENST00000412224 2185 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 LRIT1-201ENST00000372105 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 TREML1-202ENST00000426005 981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 ZNF529-AS1-201ENST00000448373 1004 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 AC026410.1-201ENST00000507366 1101 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 AC107464.3-201ENST00000609172 737 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 HIST1H4I-201ENST00000615353 1294 ntAPPRIS P1 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 HIST1H3F-201ENST00000618052 411 ntAPPRIS P1 BASIC17.79■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 ENO3-202ENST00000518175 1448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 SLC25A19-205ENST00000442286 1496 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 HAUS3-204ENST00000506763 3166 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 NGFR-201ENST00000172229 3417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 RECQL5-202ENST00000340830 1749 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 ACTL6A-203ENST00000450518 1750 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 B3GNTL1-211ENST00000576599 1787 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 NAP1L1-202ENST00000393263 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 C16orf45-209ENST00000566490 1854 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 FAM210A-201ENST00000322247 4340 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 HDHD2-201ENST00000300605 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 GLCCI1-201ENST00000223145 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 NOMO2-212ENST00000622306 4252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 RHOBTB2-201ENST00000251822 5451 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 PLPPR2-201ENST00000251473 2727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 FGF2-201ENST00000264498 6775 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 CD8A-201ENST00000283635 2873 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 FGF11-201ENST00000293829 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 CNR1-201ENST00000362094 1252 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 FBXO5-202ENST00000367241 2221 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 S100A2-203ENST00000368709 457 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 PPP1R1B-202ENST00000394265 1419 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 HDDC2-202ENST00000398153 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 AC097065.1-201ENST00000425737 517 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 TSPY25P-201ENST00000429463 745 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 KRT8P28-201ENST00000433288 1390 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 MPZL3-203ENST00000525386 973 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 TMEM223-202ENST00000525631 736 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 NEU3-207ENST00000534628 746 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 PGAM1P5-201ENST00000548011 764 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 LINC00665-205ENST00000585356 1557 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 FBXL12-208ENST00000589626 1920 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 PGPEP1-206ENST00000597431 545 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 CD48-203ENST00000613788 1500 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 LYPLA1-214ENST00000618741 2526 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 ALKBH2-208ENST00000619381 895 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 GLDC-201ENST00000321612 3900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 LTBR-201ENST00000228918 2260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 RTP1-201ENST00000312295 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 DDOST-201ENST00000375048 2079 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 PLIN1-202ENST00000430628 2900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 SPPL2B-207ENST00000610743 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 NPTX1-201ENST00000306773 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 EWSR1-204ENST00000333395 1265 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 CRIP3-202ENST00000372569 962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 AC130709.1-201ENST00000484779 1212 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 ORAOV1P1-201ENST00000503108 395 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 MSRB3-206ENST00000535664 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 ATP6V1D-206ENST00000554236 888 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 KRTAP10-4-203ENST00000622352 1244 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 KHK-202ENST00000260599 2411 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 CCND3-201ENST00000372987 2233 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 MFSD5-202ENST00000534842 2038 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 PDGFB-201ENST00000331163 3497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
SCN9AQ15858 AC109460.1-201ENST00000567209 1478 ntTSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.43
SCN9AQ15858 CYB5R3-205ENST00000407623 2153 ntTSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.43
SCN9AQ15858 TRAK1-208ENST00000484786 2008 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.43
SCN9AQ15858 CNKSR1-214ENST00000531191 2673 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.43
SCN9AQ15858 AL157788.1-201ENST00000437838 229 ntTSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.1 ms