Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 AC008406.1-201ENST00000509530 541 ntTSL 3 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 ERICH5-202ENST00000545282 596 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 AC135983.4-201ENST00000564116 1262 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 AC005962.1-201ENST00000584100 773 ntBASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 AP1M2-207ENST00000590923 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 KIAA1614-AS1-201ENST00000415647 1440 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 PSMD13-215ENST00000621534 1572 ntTSL 5 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 ABCG5-202ENST00000405322 2896 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 LIPE-AS1-205ENST00000594688 2383 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 TARBP2-203ENST00000456234 1368 ntTSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 RPN1-201ENST00000296255 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.05■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 ZP3-204ENST00000416245 1846 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 ZNF707-223ENST00000532205 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 RFWD2-204ENST00000367669 3033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 CALCR-203ENST00000394441 1774 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 AC090616.6-203ENST00000579186 1945 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 RGR-202ENST00000359452 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 EWSR1-206ENST00000397938 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 MAP2K3-201ENST00000316920 1246 ntTSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 TMEM189-UBE2V1-201ENST00000341698 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 TOMM7-201ENST00000358435 778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 TEX33-202ENST00000402860 986 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 MIOS-202ENST00000405785 3095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 RPSAP31-201ENST00000416648 895 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 LINC01006-202ENST00000418309 640 ntTSL 3 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 MMADHC-203ENST00000428879 1726 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 ARFIP1-204ENST00000429148 1599 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 HRAT92-201ENST00000452622 3506 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 ST3GAL6-214ENST00000483910 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 TAPBP-241ENST00000489157 1299 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 AL049795.2-201ENST00000515055 667 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 AC246817.2-203ENST00000517357 569 ntTSL 4 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 AC246817.2-202ENST00000519393 564 ntTSL 4 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 CFL1-206ENST00000527344 962 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 ATG13-216ENST00000530500 2030 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 GOLGA8M-201ENST00000563027 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 HAUS2-208ENST00000568876 1702 ntTSL 4 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 MT1H-202ENST00000569155 697 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 WDR7-208ENST00000589935 544 ntTSL 4 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 FAM236A-201ENST00000593662 453 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 FAM236B-201ENST00000596535 465 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 MAP4K4-202ENST00000324219 7526 ntTSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 KCNQ2-207ENST00000370224 3004 ntTSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 ZNF786-202ENST00000491431 2874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 CROCCP3-201ENST00000263511 5368 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 DIABLO-208ENST00000464942 2569 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 AC005329.1-201ENST00000501448 3571 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 METTL9-201ENST00000358154 3256 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 PRAL-201ENST00000624952 3286 ntBASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 ZNF672-201ENST00000306562 2989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 ZNF500-201ENST00000219478 5880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 CFAP36-201ENST00000339012 1373 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 ASCL1-201ENST00000266744 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 ATP6AP2-217ENST00000636580 2337 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 RHOF-201ENST00000267205 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 SLAIN1-216ENST00000488699 1461 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 SERPINE2-202ENST00000409304 2161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 MLLT6-210ENST00000620609 2714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 IQCE-217ENST00000623361 6775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 THOC6-207ENST00000574549 1300 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 ZNF786-201ENST00000316286 3144 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 ASB3-202ENST00000394717 1734 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 CDKN1A-203ENST00000405375 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 HCLS1-202ENST00000428394 1560 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 NOTCH3-201ENST00000263388 8666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 SH3GLB2-205ENST00000416629 1415 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 VRK3-207ENST00000594092 1831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 KCNQ2-213ENST00000626839 9213 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 PROSER1-201ENST00000352251 5168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 IGF2-204ENST00000381406 5179 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 NCR3-201ENST00000340027 1042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 ALKBH2-201ENST00000343075 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 CMTM5-203ENST00000359320 1200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 AC012507.1-201ENST00000454890 600 ntTSL 4 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 AC106047.1-202ENST00000467484 482 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 NAT9-211ENST00000580632 799 ntTSL 3 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 ELOF1-202ENST00000586120 658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 MAP3K14-AS1-210ENST00000592422 831 ntTSL 3 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 AC005779.2-201ENST00000593083 550 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 AC011466.3-201ENST00000596563 852 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 NKIRAS1-201ENST00000388759 2335 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 AP005117.1-202ENST00000581724 1908 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 CTCFL-210ENST00000481655 1512 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 PRORSD1P-202ENST00000563365 2154 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 GLIS1-201ENST00000312233 2812 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 GLIS1-202ENST00000628545 2807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 KIAA0319L-201ENST00000325722 4789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 FOLH1-202ENST00000340334 2697 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 GLS2-216ENST00000610413 2296 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 DPEP1-202ENST00000393092 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 ARV1-201ENST00000310256 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 DGAT2L6-201ENST00000333026 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 TMCO5B-204ENST00000529696 1568 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 EVA1A-202ENST00000393913 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 HNRNPR-212ENST00000606561 1837 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 LRRC47-201ENST00000378251 4310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 DNAJC2-203ENST00000379263 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 ING1-203ENST00000375774 2870 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 SPATA20-202ENST00000356488 2634 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
CCDC87Q9NVE4 IER3-201ENST00000259874 1244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.1 ms