Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 AC058822.1-201ENST00000507166 2550 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 TMCC3-201ENST00000261226 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 ACVR1B-206ENST00000542485 2362 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 KCNH4-201ENST00000264661 3920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 BPIFB2-201ENST00000170150 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 PPP5D1-201ENST00000414155 1882 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 ZKSCAN7-202ENST00000341840 1757 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 AL607033.1-201ENST00000623900 1599 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 ZNF655-201ENST00000252713 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 RPS6KC1-201ENST00000366959 5454 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 RPS6KC1-202ENST00000366960 5490 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 MGRN1-202ENST00000399577 6425 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 AP003397.1-201ENST00000525706 1387 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 SWAP70-201ENST00000318950 4882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 RILPL1-202ENST00000376874 3932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 DKKL1-201ENST00000221498 1222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 ROMO1-201ENST00000336695 496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 ASTL-201ENST00000342380 1296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 GUK1-202ENST00000366716 940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 ALKBH6-202ENST00000378875 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 CRCP-205ENST00000431089 942 ntTSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 AC008127.1-201ENST00000548424 499 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 Z97055.2-201ENST00000563715 859 ntTSL 3 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 AP000845.1-201ENST00000581677 2131 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 Z83851.2-201ENST00000609564 659 ntBASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 SMAD2-202ENST00000356825 10445 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 IL9R-201ENST00000244174 1944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 APBB3-201ENST00000354402 1810 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 CAMK2D-207ENST00000505990 1802 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 DDX19B-203ENST00000393657 1717 ntTSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 NDUFV1-202ENST00000415352 1512 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 KDM1B-201ENST00000297792 3811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 PAWR-201ENST00000328827 9129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 ZFP90-209ENST00000570495 4636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 HENMT1-202ENST00000370032 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 BCL11B-201ENST00000345514 7603 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 GPR68-203ENST00000531499 2859 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 CACNA2D1-201ENST00000356253 3858 ntTSL 5 BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 SEMA4F-202ENST00000357877 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.95■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 ZNF561-AS1-204ENST00000587536 1799 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 SLC9A7P1-202ENST00000556476 2239 ntBASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 METTL13-202ENST00000362019 3022 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 ACE-201ENST00000290863 2479 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 TMEM230-202ENST00000342308 1562 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 SCRN1-205ENST00000425819 1552 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 STEAP2-201ENST00000287908 6873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 TPRX1-201ENST00000322175 1924 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 AC062028.1-203ENST00000447433 1472 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 HNRNPH1-203ENST00000393432 2279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 FAM107A-206ENST00000474531 2271 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 SRSF2-205ENST00000508921 1390 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 BIRC2-214ENST00000621637 3331 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 NR1H3-221ENST00000481889 1704 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 SFSWAP-201ENST00000261674 3246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 GABRA1-201ENST00000023897 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 AP000355.1-201ENST00000432032 480 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 PIGBOS1-201ENST00000436697 866 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 GSTK1-207ENST00000479303 1185 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 FBXL21-206ENST00000495672 589 ntTSL 4 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 AP000892.1-201ENST00000504906 488 ntTSL 3 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 SNCA-209ENST00000506244 570 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 RNA5SP410-201ENST00000516285 106 ntBASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 EFCAB1-209ENST00000523092 648 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 AL049869.3-201ENST00000554918 558 ntTSL 3 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 GZMH-203ENST00000557220 520 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 AC005606.1-201ENST00000567515 504 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 AL138918.1-201ENST00000568306 659 ntBASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 AC024592.3-202ENST00000586349 506 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 H3F3B-208ENST00000589599 576 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 GIPC1-213ENST00000591349 1068 ntTSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 HEXIM2-207ENST00000592695 1246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 AQP6-205ENST00000618286 829 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 AC011455.3-201ENST00000599996 1967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 MAPT-206ENST00000415613 2331 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 DMTN-214ENST00000519907 2658 ntTSL 5 BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 MRVI1-204ENST00000527509 2686 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 DEPTOR-201ENST00000286234 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 GOLGA2P7-207ENST00000559668 4253 ntTSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 AC152010.1-201ENST00000415779 2006 ntBASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 TNFRSF11A-205ENST00000616710 3809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 SACM1L-201ENST00000389061 3723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.94■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 CTSA-202ENST00000354880 1820 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 WASHC2A-203ENST00000351071 4642 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 WNT3A-201ENST00000284523 2932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 RAB3IP-202ENST00000362025 2055 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 CEP135-202ENST00000422247 2092 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 TOM1L2-205ENST00000478943 2098 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 PRKD1-202ENST00000415220 3189 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 GTF2IRD1-205ENST00000476977 5868 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 PHTF1-203ENST00000369600 3075 ntTSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 C11orf71-202ENST00000623205 1980 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 CCND3-201ENST00000372987 2233 ntTSL 2 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 CHIA-201ENST00000343320 1624 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 NDC1-201ENST00000371429 5134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 MPL-202ENST00000413998 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 TNPO2-202ENST00000425528 5122 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 AC027612.1-201ENST00000445234 2395 ntBASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 TARBP2-203ENST00000456234 1368 ntTSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 DACH1-204ENST00000620444 4627 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.93■□□□□ 0.3
CCDC112Q8NEF3 ADGRG2-207ENST00000379869 4768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.93■□□□□ 0.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.1 ms