Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

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Length 2,897 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 CAPN3-207ENST00000397200 1643 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 GRB7-205ENST00000445327 2197 ntTSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 MBP-201ENST00000354542 575 ntTSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 NQO2-202ENST00000380430 1098 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 PPM1N-205ENST00000401705 771 ntTSL 3 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 ATP1A4-205ENST00000470705 886 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 MSC-AS1-204ENST00000518916 864 ntTSL 3 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 AC009779.3-204ENST00000549424 367 ntTSL 3 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 SRRM2-205ENST00000570971 1132 ntTSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 FAM32A-204ENST00000588367 798 ntTSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 CSAG3-203ENST00000638835 793 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 CSAG2-204ENST00000640702 793 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 ZC3H14-204ENST00000336693 2007 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 MBD1-203ENST00000339998 2956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 MFSD11-207ENST00000586622 2952 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 MLLT6-210ENST00000620609 2714 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 C3orf52-202ENST00000431717 2054 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 CXXC1-201ENST00000285106 2936 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 GCH1-204ENST00000491895 2943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 CTSL-203ENST00000343150 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 FGD4-203ENST00000472289 1629 ntTSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 MARK2P16-201ENST00000605714 1723 ntBASIC15.67■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 HAUS3-204ENST00000506763 3166 ntTSL 2 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 MLPH-203ENST00000409373 2031 ntTSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 RFPL2-203ENST00000400237 2407 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 CRYGC-201ENST00000282141 629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 PDZK1IP1-201ENST00000294338 846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 HIST1H2BJ-201ENST00000339812 381 ntAPPRIS P1 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 AC093673.1-201ENST00000429630 648 ntTSL 2 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 AP001062.3-202ENST00000444409 619 ntTSL 2 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 APCDD1L-AS1-206ENST00000445984 566 ntTSL 3 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 APCDD1L-AS1-208ENST00000448374 546 ntTSL 4 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 AC026470.1-201ENST00000478038 846 ntBASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 AC138701.2-201ENST00000553634 226 ntBASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 AC025048.2-201ENST00000590744 786 ntTSL 2 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 AC106774.7-201ENST00000638408 597 ntAPPRIS P1 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 AC106774.6-201ENST00000638483 597 ntAPPRIS P1 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 AC233724.20-201ENST00000638842 597 ntAPPRIS P1 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 AC233724.19-201ENST00000639969 597 ntAPPRIS P1 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 AC106774.5-201ENST00000640558 597 ntAPPRIS P1 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 AC233724.18-201ENST00000640803 597 ntAPPRIS P1 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 AC233724.21-201ENST00000640846 597 ntAPPRIS P1 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 FTX-216ENST00000638985 1367 ntTSL 5 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 PRPS1-204ENST00000372435 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 AL121758.1-201ENST00000488788 2714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 OSBPL6-203ENST00000357080 2217 ntTSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 AUNIP-201ENST00000374298 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 AL603832.2-201ENST00000566195 2125 ntBASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 CISH-201ENST00000348721 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 TRMT10C-201ENST00000309922 1819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 RBM4B-201ENST00000310046 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 KLK3-216ENST00000617027 1341 ntTSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 TMED7-TICAM2-201ENST00000282382 3491 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 MIB2-201ENST00000355826 3290 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 AC007743.1-201ENST00000596663 3075 ntTSL 2 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 NXN-210ENST00000575801 2681 ntTSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 UBXN11-202ENST00000357089 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 MYH16-204ENST00000452010 1599 ntTSL 5 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 PELI3-209ENST00000618547 2508 ntTSL 2 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 ELP5-203ENST00000396627 1389 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 AL354893.2-201ENST00000423075 529 ntTSL 5 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 TMEM223-202ENST00000525631 736 ntTSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 IFITM1-204ENST00000528780 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 AC108471.2-201ENST00000533736 1061 ntTSL 3 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 SLC39A1-203ENST00000368621 2398 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 AHCYP4-201ENST00000419201 1315 ntBASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 DUS2-207ENST00000565263 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 GPD1-205ENST00000548814 1591 ntTSL 2 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 LETMD1-235ENST00000552739 1713 ntTSL 2 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 AC004834.1-201ENST00000640784 2412 ntTSL 3 BASIC15.66■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 PTPN5-201ENST00000358540 3135 ntTSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 EPM2A-201ENST00000367519 3465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 ATP5S-203ENST00000358473 801 ntTSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 HSPB7-203ENST00000406363 648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 C17orf58-202ENST00000449250 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 AP002387.1-201ENST00000529369 680 ntTSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 FAM192A-218ENST00000567439 1086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 RBFOX3-206ENST00000582043 1143 ntTSL 5 BASIC15.65■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 FBLIM1-202ENST00000375766 3695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 CNBP-201ENST00000422453 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 TCP10L2-202ENST00000366832 2185 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 CPA5-202ENST00000431780 1803 ntTSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 DOK1-202ENST00000340004 1722 ntTSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 SLC5A10-204ENST00000395647 2140 ntTSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 API5-208ENST00000531273 1868 ntTSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 PORCN-201ENST00000326194 1755 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 MBD3L3-201ENST00000333843 775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 Metazoa_SRP.4-201ENST00000366232 298 ntBASIC15.65■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 MBD3L4-201ENST00000381394 775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 AC005392.1-201ENST00000419624 500 ntTSL 5 BASIC15.65■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 ARPP19-206ENST00000564163 718 ntTSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 DHRS7C-202ENST00000571134 984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 ZNF281-203ENST00000367353 3080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 ACHE-202ENST00000302913 2956 ntTSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 IFT140-201ENST00000361339 2987 ntTSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 RTP1-201ENST00000312295 2217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 CYP4X1-201ENST00000371901 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 COQ3-201ENST00000254759 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 ARHGEF3-212ENST00000495373 2024 ntTSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
CHD9Q3L8U1 MINDY4B-201ENST00000465419 1383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.65■□□□□ 0.1
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